Dies ist die Linux-App namens Subread zur Ausführung unter Linux online, deren neueste Version als subread-2.0.1-source.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Subread herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
Subread zur Ausführung unter Linux online
Ad
BESCHREIBUNG
Das Subread-Softwarepaket ist ein Toolkit zur Verarbeitung von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. Es umfasst den Subread-Aligner, den Subjunc-Exon-Exon-Junction-Detektor und das FeatureCounts-Read-Zusammenfassungsprogramm.Der Subread-Aligner kann verwendet werden, um sowohl gDNA-seq- als auch RNA-seq-Reads auszurichten. Der Subjunc-Aligner wurde speziell für die Erkennung von Exon-Exon-Übergängen entwickelt. Für die Kartierung von RNA-seq-Reads führt Subread lokale Alignments und Subjunc globale Alignments durch. Subread und Subjunc wurden in der folgenden Arbeit veröffentlicht: Yang Liao, Gordon K Smyth und Wei Shi. „Der Subread-Aligner: schnelle, genaue und skalierbare Lesezuordnung durch Seed-and-Vote“, Nucleic Acids Research, 2013, 41(10):e108
Eigenschaften
- Read-Aligner
- Sequenzierung der nächsten Generation
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
C
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/subread/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
