Dies ist die Linux-App namens trj_cavity, deren neueste Version als trj_cavity_v2.1.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations betrieben werden.
Laden Sie diese App namens trj_cavity mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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trj_cavity
BESCHREIBUNG
trj_cavity findet Proteinhohlräume in Molecular Dynamics (MD)-Simulationstrajektorien. Das Programm arbeitet mit Dateien im PDB-Format, kann aber auch GROMACS-kompatible Formate wie XTC lesen/generieren.
Das gleiche Projekt kann als GROMACS-Tool oder als Standalone-Version kompiliert werden. Installationsanweisungen finden Sie in der INSTALL-Datei des Projekts und in https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
Wenn Sie Unterstützung bei der Verwendung dieses Tools benötigen (oder Fehler melden), posten Sie dies bitte im Diskussionsforum.
Anmerkungen: v2 läuft parallel und unterstützt die GROMACS v5.1+ Serie. Wenn Sie GROMACS v4.x weiterhin verwenden möchten, verwenden Sie bitte trj_cavity_v1.1.
Eigenschaften
- Findet Proteinhohlräume in MD-Simulationstrajektorien.
- Erzeugt MD-Trajektorien von Proteinhohlräumen im Vergleich zur Zeit.
- Liefert Statistiken über die Verteilung der Proteinkavitäten.
- Berechnet den Hohlraumvolumendeskriptor.
- Normalachsen-Porentunnel-Radiusprofil.
Programmiersprache
C + +
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/trjcavity/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
