Dies ist die Linux-App namens UniPyRange, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als UniPyRangeSuite.py heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens UniPyRange herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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UniPyRange zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
Sehr einfaches Python-Skript, das Ihnen das mühsame Zählen der Aminosäuren/DNA-Basen in Fasta-Dateien aus der Uniprot- und NCBI RefSeq-Datenbank (1, 2) erspart.Nehmen wir an, Sie möchten die Aminosäuresequenz im Bereich 128–387 aus einem 1000-Aminosäuren-Protein. Dieses Skript hilft Ihnen, Zählfehler zu vermeiden, indem es Ihnen lediglich die angegebene Sequenz in Aminosäuren und kodierenden DNA-Basenpaaren anzeigt (ideal für das Design von Amplifikationsprimern). ) einer angegebenen Uniprot-ID.
- Erfordert BioPython (3) und Bioservices-Paket (4)
(1)
Das UniProt-Konsortium
UniProt: eine Drehscheibe für Proteininformationen
Nukleinsäuren Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: ein Update zu Säugetier-Referenzsequenzen. Nukleinsäuren Res. 2014 1. Jan.;42(1):D756-63.
(3)
Cock PJ et al. Bioinformatik (2009)
(4)
Cokelaer et al, Bioinformatik (2013)
Programmiersprache
Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/unipyrange/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
