Dies ist die Windows-App namens Scaffold_Builder, deren neueste Version als scaffold_builder_v2.2.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Scaffold_Builder mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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Gerüstbauer
BESCHREIBUNG
Scaffold_builder ist eine Software zum Ordnen von Contigs, die durch Entwurfssequenzierung entlang einer Referenzsequenz generiert wurden. Lücken werden mit N gefüllt und kleine Überlappungen werden mit dem Needleman-Wunsch-Algorithmus ausgerichtet und der Konsens mit IUPAC-Codes erstellt. Scaffold_builder kann bei der Zusammenstellung und Annotation von Genomen helfen, indem er aufdeckt, was fehlt, und eine gezielte Sequenzierung ermöglicht, um diese Lücken zu schließen.(c) Silva GG, Dutilh BE, Matthews TD, Elkins K, Schmieder R, Dinsdale EA, Edwards RA.
Bitte zitieren Sie: "Combining de novo and reference-guided assembly with Scaffold_builder", Source Code for Biology and Medicine 2013.
Eigenschaften
- Gerüst
- Genomentwurf
- Bioinformatik
Benutzeroberfläche
Webbasiert, Befehlszeile
Programmiersprache
Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/scaffold-b/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
