Este es el comando alf que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
alf - Comparación de secuencia libre de alineación
SINOPSIS
alf [OPCIONES] -i ENTRADA RÁPIDA [-o SALIDA.TXT]
DESCRIPCIÓN
Calcule la similitud de secuencias por pares utilizando métodos sin alineación en IN.FASTA
y escriba una matriz delimitada por tabuladores con puntuaciones por pares en OUT.TXT.
-h, --ayuda
Muestra este mensaje de ayuda.
--versión
Muestra información de la versión
-v, --verboso
Cuando se dan, los detalles sobre el progreso se imprimen en la pantalla.
De entrada y salida:
-i, --fichero de entrada ARCHIVO
Nombre del archivo de entrada multi-FASTA. Los tipos de archivo válidos son: fa y fasta.
-o, --archivo de salida ARCHIVO
Nombre del archivo al que se asignará la matriz delimitada por tabulaciones con puntuaciones por pares.
escrito a. El valor predeterminado es escribir en stdout. El tipo de archivo válido es: alf.tsv.
Parámetros generales del algoritmo:
-m, --método MÉTODO
Seleccione el método a utilizar. Uno de N2, D2, D2Star y D2z. Predeterminado: N2.
-k, --k-mer-tamaño K
Tamaño de los k-mers. Predeterminado: 4.
-mes, --orden-modelo-bg PEDIR
Orden de fondo Modelo de Markov. Predeterminado: 1.
Parámetros del algoritmo N2:
-rc, - complemento inverso MODO
Qué hebra anotar. Utilice both_strands para puntuar ambos capítulos simultáneamente. Uno
de entrada, both_strands, mean, min y max. Predeterminado: entrada.
-mm, - desajustes EQUIPOS
Número de desajustes, uno de 0 y 1. Cuando se usa 1, N2 usa el vecino k-mer
con un desajuste. Predeterminado: 0.
-mmw, - peso no coincidente PESO
Peso real de los recuentos de palabras con discrepancias. Predeterminado: 0.1.
-kwf, - archivo-k-mer-weights ARCHIVO.TXT
Imprima pesos k-mer para cada secuencia en este archivo si se proporciona. El tipo de archivo válido es:
TXT.
CONTACTO Y REFERENCIAS
Si tiene preguntas o comentarios, comuníquese con:
Jonathan Goeke[email protected]>
Consulte la siguiente publicación si utilizó ALF o el método N2 para
su análisis:
Jonathan Goeke, Marcel H. Schulz, Julia Lasserre y Martin Vingron. Estimación de
Similitud de secuencia por pares de potenciadores de mamíferos con recuentos de vecinos de palabras.
Bioinformática (2012).
Página de inicio del proyecto:
http://www.seqan.de/projects/alf
VERSION
versión alf: 1.1 Última actualización 5 de enero de 2012
Utilice alf en línea utilizando los servicios de onworks.net
