Este es el comando anfo que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
anfo: encuentra la mejor alineación de lecturas cortas a la base de datos
SINOPSIS
anfo [ opción | presentar ... ]
DESCRIPCIÓN
anfo alinea las lecturas de secuenciación (cortas) con una base de datos (del tamaño de una gigabase). Utiliza una heurística
método de siembra, pero luego aplica un alineador genuino que permite espacios, comprende el daño
patrones en el adn antiguo y produce una partitura fácil de interpretar.
Los archivos de entrada pueden ser cualquier variedad de archivos FastA o FastQ, o anfo archivo binario,
optinally comprimido usando gziporbzip2. El formato de archivo se reconoce automáticamente y
se pueden agregar otros formatos.
OPCIONES
-V, --versión
Imprime el número de versión y sal.
-o archivo, - archivo de salida
Escribir salida en presentar. presentar estará escrito en el idioma nativo anfo formato binario, que
se puede operar al usar anfo-herramienta o las uniones a engaño.
-c archivo de configuración, --config archivo de configuración
Leer configuración de confinar. Este archivo configura qué índices se utilizan y
por extensión a qué genomas se hace una alineación, qué parámetros usar en el
alineador y puede establecer rutas. Vea el archivo de ejemplo.
-p número, --hilos número
Sus datos Aqui número hilos para alineación. Uno de esos subprocesos por núcleo de procesador suele ser
mejor.
-x número, --ixthreads número
Sus datos Aqui número hilos para indexación. La indexación normalmente utiliza menos potencia de CPU que
alineación, por lo que normalmente es mejor tener menos indexadores que alineadores.
--escala de solexa
Al leer archivos FastQ, utilice la escala de Solexa (log-odds-ratios) en lugar de la
escala estándar de Phread (probabilidades). Si utiliza secuenciadores Solexa / Illumina,
consulte su documentación si lo necesita. De lo contrario, no lo harás.
--ori de origen rápido
Establezca el origen para la decodificación FastQ en o. El estándar y predeterminado es 33, pero debe
configurarse en 64 para algunas versiones del software Solexa / Illumina. Si utiliza
Secuenciadores Solexa / Illumina, consulte su documentación si lo necesita.
De lo contrario, no lo harás.
-q, - silencioso
Suprime toda la salida excepto los errores fatales.
-v, --detallado
Imprime un indicador de progreso durante la operación.
MEDIO AMBIENTE
ANFO_PATH
Lista de directorios separados por dos puntos en los que se buscaron archivos de índice y genoma.
Use anfo en línea usando los servicios de onworks.net
