anfo-tool - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

anfo-tool - procesa archivos binarios ANFO nativos

SINOPSIS

anfo-herramienta [ opción | patrón ... ]

DESCRIPCIÓN

anfo-herramienta se utiliza para filtrar, procesar y convertir los archivos creados por anfo. Cada patrón
en la línea de comando se expande el comodín, luego para cada archivo de entrada (o el estándar
entrada, si no se proporciona un patrón), anfo-herramienta construye una cadena de filtros de entrada, luego se fusiona
estos flujos de entrada de una de varias formas, divide el resultado en múltiples salidas
corrientes, cada una de las cuales puede tener una cadena de filtro de salida aplicada.

OPCIONES

General
Estas opciones se aplican globalmente y modifican el comportamiento de todo el programa. Ellos pueden ser
colocado en cualquier lugar de la línea de comando.

-V, --versión
Imprime el número de versión y sal.

-q, - silencioso
Suprime toda la salida excepto los mensajes de error fatal.

-v, --detallado
Genere más resultados, incluidos indicadores de progreso para la mayoría de las operaciones.

--depurar
Produzca resultados de depuración además de información de progreso.

-n, --secar
Analizar la línea de comando, opcionalmente imprimir una descripción de las operaciones previstas, luego
salida.

--vmemX
Limitar la memoria virtual a X megabytes. Si la memoria se agota, anfo-herramienta intenta liberar
aumentar la memoria olvidándose de archivos grandes, por ejemplo, genomas. Utilice esta opción para evitar
condiciones de intercambio o falta de memoria cuando las operaciones implican grandes o múltiples
genomas.

Fijar Parámetros
Un parámetro se puede configurar varias veces en la línea de comando y sobrescribirá el anterior
ajustes. Cualquier opción de filtro que necesite un parámetro toma la última definición que
apareció antes de la opción de filtro.

--set-pendiente S
Establezca el parámetro de pendiente en S. pendiente se utiliza junto con el interceptar dónde
los filtros se aplican a las puntuaciones de alineación; alineaciones que no puntúan peor que pendiente * (Longitud
- interceptar) se consideran buenas. El valor predeterminado es 7.5.

--conjunto-intersección L
Establezca el parámetro de intercepción en L. interceptar se utiliza junto con el pendiente
dónde se aplican los filtros a las puntuaciones de alineación; alineaciones que no puntúan peor que pendiente *
(Longitud - interceptar) se consideran buenas. El valor predeterminado es 20.

--conjunto-contexto C
Establezca el parámetro de contexto en C. El contexto es el número de bases circundantes de
la referencia incluida al imprimir alineaciones en forma de texto. El valor predeterminado es 0.

--conjunto-genoma G
Establezca el parámetro del genoma en G. Muchos filtros solo considerarán las mejores alineaciones
a este genoma específico si está configurado. Si no se establece un genoma, el mejor
se utiliza la alineación.

- genoma claro
Borre el parámetro del genoma. Los filtros se aplican a la mejor alineación global
después.

Filtrar
Los filtros se pueden aplicar antes de fusionar las entradas o después de dividir la copia de seguridad.

-s, --sort-pos = n
Ordene por posición de alineación mientras almacena en búfer no más de n MiB en memoria. Si un
se establece el genoma, se utilizan alineaciones con ese genoma.

-S, - sort-name = n
Ordene por nombre leído mientras almacena en búfer no más de n MiB en memoria.

-l, --longitud-del-filtro = L
Conserve las alineaciones solo para lecturas de al menos L longitud de las bases. Los se leen
se mantienen.

-f, - puntuación de filtro
Conserve las alineaciones solo si su puntuación es lo suficientemente buena. Usospendiente y interceptar.

--filter-mapq = Q
Eliminar alineaciones con la calidad de mapeo a continuación Q.

-h, --filter-hit = SEQ
Conserve solo las lecturas que tengan un acierto en una secuencia denominada SEQ. Si SEQ está vacío, lee
se mantienen si tienen algún acierto. Si el genoma El parámetro está configurado, solo acierta a ese
recuento del genoma.

--delete-hit = SEQ
Eliminar alineaciones para SEQ. Si SEQ está vacío, se eliminan todas las alineaciones. Si el
genoma se establece el parámetro, solo se eliminan las alineaciones con ese genoma.

--filter-qual = Q
Enmascara las bases con la calidad a continuación Q. Tal base es reemplazada por el N ambigüedad
código.

--multiplicidad = N
Mantenga solo lecturas de moléculas que hayan sido secuenciadas al menos N veces. Las lecturas son
se considera que proviene de la misma molécula original si sus coordenadas alineadas son
idéntico.

--submuestra = F
Submuestra de una fracción F de los resultados. Cada lectura es independiente y aleatoria.
elegido para mantenerse o no.

--inside-Regions = ARCHIVO
Leer una lista de regiones de ARCHIVO, luego mantenga solo las alineaciones que se superponen
región anotada.

--outside-region = ARCHIVO
Leer una lista de regiones de ARCHIVO, luego mantenga solo las alineaciones que no se superpongan
región anotada.

Especial Filtros
-d, --rmdup = Q
Elimine duplicados de PCR, pince las puntuaciones de calidad para Q. Dos lecturas se consideran
duplicados, si sus coordenadas alineadas son idénticas. Si un genoma está configurado, el
se utiliza la mejor alineación con ese genoma, de lo contrario, la mejor alineación global. Ambos
Las alineaciones deben ser buenas, según lo determinado por pendiente y interceptar. Para un conjunto de
duplicados, se llama consenso, generalmente aumentando los puntajes de calidad. Si un
el puntaje de calidad resultante excede Q, está configurado para Q. Este filtro requiere la entrada
para ser ordenados por coordenadas de alineación en el seleccionado genoma.

--duct-tape = NOMBRE Cinta adhesiva superpuesta alineaciones en contigs y llame a un consenso
para ellos. Si un genoma se establece, las alineaciones a ese genoma se utilizan, de lo contrario, el
mejores alineaciones a nivel mundial. Este filtro requiere que la entrada se ordene por alineación
coordinar en el genoma. La salida es un conjunto de contigs, cada posición se asigna
una base de consenso, una puntuación de calidad y probabilidades para cada diallelo posible. (Eso
se llama cinta adhesiva porque parece un conjunto, pero no es ni mucho menos
como sólido.)

--edit-header = ED
Invocar al editor ED en la representación de texto del encabezado de la secuencia. Esto puede ser
se utiliza para limpiar el cabezal que ha acumulado demasiado cruft.

La fusión de Filtros
Se debe proporcionar exactamente un filtro de fusión en la línea de comando, todas las opciones de filtro
que ocurran antes de que formen parte de las cadenas de filtros de entrada, todos los filtros adicionales se convierten en
cadenas de producción. Si no se proporciona un filtro de fusión, --concat se asume, y todos los filtros son
filtros de entrada.

-c, --concat
Concatenar todos los flujos de entrada en el orden en que aparecen en la línea de comando.

-m, - fusionar
Fusionar flujos de entrada ordenados, produciendo un resultado ordenado. Todas las entradas deben estar ordenadas
del mismo modo.

-j, --unir
Únase a los flujos de entrada y conserve los mejores resultados individuales para cada genoma. Cada entrada
la secuencia debe contener un registro para cada lectura, las lecturas se almacenan en memoria intermedia hasta que
de sus visitas se recopilan. De esta forma, la unión funciona bien si todas las entradas están casi
en el mismo orden. Si faltan lecturas en algunas transmisiones, unirlas desperdiciará
memoria.

--mega-fusión
Fusionar muchas secuencias, como las producidas al ejecutar anfo-sge. Corrientes que
operado en las mismas lecturas se unen, luego todo se fusiona.

Salida
Si se proporciona una opción de salida en la línea de comando, la cadena de filtro de salida actual finaliza
y se inicia uno nuevo. Si no se da ninguna opción de salida, una representación textual del
el flujo final está escrito en stdout. Aceptan todas las opciones de salida - escribir en stdout.

-o, --salida ARCHIVO
Escriba una secuencia binaria nativa (un mensaje protobuf comprimido) en ARCHIVO. Escribiendo un
flujo binario y volver a leerlo no tiene pérdidas.

- ARCHIVO de texto de salida
Escribir flujo de texto protobuf en ARCHIVO. Si los genomas necesarios están disponibles, un
Se incluye representación textual de las alineaciones. Si el contexto el parámetro es
conjunto, que muchas bases adicionales de la referencia aguas arriba y aguas abajo de la
La alineación está incluida.

--output-sam = ARCHIVO
Escriba alineaciones en formato SAM para ARCHIVO.

--output-glz ARCHIVO
Escriba contigs en formato GLZ 0.9 para ARCHIVO. La generación de GLZ solo funciona después
aplicación de --cinta adhesiva, cada contigs se convierte en un registro GLZ.

--output-3aln ARCHIVO
Escriba contigs en un formato basado en tabla para ARCHIVO. El formato todavía está sujeto a
cambiar, consulte el código fuente para obtener documentación detallada.

--Archivo de salida-fasta
Escriba alineaciones (!) En formato FastA para ARCHIVO. Las alineaciones se escriben como par de
secuencia de consulta y referencia, las coordenadas alineadas se indican en la descripción
de la secuencia de consultas. Si el contexto se establece el parámetro, que muchas bases adicionales
de la referencia aguas arriba y aguas abajo de la alineación se incluyen. Esta
El formato no se sugiere para ningún uso serio, existe para admitir versiones heredadas.
aplicaciones.

--output-fastq ARCHIVO
Escriba secuencias (!) En formato FastQ para ARCHIVO. Escribir FastQ de forma eficaz
reconstituye la entrada a ANFO si no se realizó ningún filtrado en los resultados.

--Archivo de tabla de salida
Escribir estadísticas por alineación en ARCHIVO. El archivo tiene tres columnas: Âsequence
longitud, puntuación de alineación, diferencia con la siguiente mejor alineación. Es principalmente útil para
analizar / visualizar la distribución de las puntuaciones de alineación.

--archivo de estadísticas
Escribe estadísticas simples para ARCHIVO. Esto da como resultado algunas estadísticas de resumen simples de
una secuencia completa: número de secuencias alineadas, longitud promedio, contenido de GC.

MEDIO AMBIENTE

ANFO_PATH
Lista de directorios separados por dos puntos en los que se buscaron archivos de índice y genoma.

ANFO_TEMP
Espacio temporal utilizado para clasificar archivos grandes.

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