Este es el comando bamtools que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bamtools: kit de herramientas para manipular archivos BAM (alineación del genoma)
SINOPSIS
bamtools [--help] COMANDO [ARGS]
DESCRIPCIÓN
BamTools facilita el análisis de la investigación y la gestión de datos utilizando archivos BAM. Se enfrenta a
la enorme cantidad de datos producidos por las tecnologías de secuenciación actuales que normalmente
almacenados en formatos binarios comprimidos que no son fácilmente manejados por los analizadores basados en texto
de uso común en la investigación bioinformática.
CAMPUS
convertir
Convierte entre BAM y otros formatos
count Imprime el número de alineaciones en los archivos BAM
cobertura
Imprime estadísticas de cobertura del archivo BAM de entrada
filter Filtra los archivos BAM por criterios especificados por el usuario
encabezado Imprime la información del encabezado de BAM
index Genera un índice para el archivo BAM
fusionar Fusionar varios archivos BAM en un solo archivo
aleatorio Seleccione alineaciones aleatorias de archivos BAM existentes, más como una prueba
.
Resolvemos
Resuelve lecturas de pares (marcando el indicador IsProperPair según sea necesario)
revertir Elimina las marcas duplicadas y restaura las calidades de base originales
sort Ordena el archivo BAM según algunos criterios
split Divide un archivo BAM en una propiedad especificada por el usuario, creando un nuevo archivo de salida BAM para
cada valor encontrado
stats Imprime algunas estadísticas básicas de los archivos BAM de entrada
Consulte 'bamtools help COMMAND' para obtener más información sobre un comando específico.
Use bamtools en línea usando los servicios de onworks.net
