bowtie - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

bowtie - alineador de lectura corta ultrarrápido y eficiente en memoria

DESCRIPCIÓN

Uso: pajarita [opciones] * {-1 -2 | - 12 | } [ ]

Lista separada por comas de archivos que contienen compañeros de flujo ascendente (o las secuencias
ellos mismos, si -c está configurado) emparejado con compañeros en

Lista separada por comas de archivos que contienen relaciones de posición descendentes (o las secuencias
ellos mismos si -c está configurado) emparejado con compañeros en

Lista de archivos separados por comas que contienen lecturas estilo ballesta. Puede ser una mezcla de
emparejados y desemparejados. Especifique "-" para stdin.

Lista separada por comas de archivos que contienen lecturas no emparejadas o las secuencias
ellos mismos, si -c Está establecido. Especifique "-" para stdin.

Archivo para escribir hits (predeterminado: stdout)

Entrada:
-q Los archivos de entrada de consulta son FASTQ .fq / .fastq (predeterminado)

-f Los archivos de entrada de consulta son (multi) FASTA .fa / .mfa

-r Los archivos de entrada de consulta son sin procesar una secuencia por línea

-c secuencias de consulta dadas en la línea cmd (como , )

-C las lecturas y el índice están en el espacio de color

-Q/ - quals
Archivo (s) QV correspondientes a entradas CSFASTA; usar con -f -C

--Q1/ - Q2
mismo como -Q, pero para los archivos mate 1 y 2 respectivamente

-s/--saltar
salta el primero lecturas / pares en la entrada

-u/ - qupto
detente después de la primera lecturas / pares (excepto lecturas omitidas)

-5/ - trim5
podar bases de 5 '(izquierda) al final de las lecturas

-3/ - trim3
podar bases de 3 '(derecha) final de lecturas

--phred33-quals
los valores de entrada son Phred + 33 (predeterminado)

--phred64-quals
Los valores de entrada son Phred + 64 (igual que --solexa1.3-calificaciones)

--solexa-quals
las calidades de entrada son de GA Pipeline ver. <1.3

--solexa1.3-calificaciones
las calidades de entrada son de GA Pipeline ver. > = 1.3

- enteros-quals
las cualidades se dan como números enteros separados por espacios (no ASCII)

- índice grande
forzar el uso de un índice 'grande', incluso si hay uno pequeño

Alineación:
-v
informe de aciertos de extremo a extremo con <= v discrepancias; ignorar cualidades

or

-n/ - seedmms máx. de desajustes en la semilla (puede ser 0-3, predeterminado: -n 2)

-e/ - maqerr
Suma máxima de quals de desajuste en la alineación para -n (definición: 70)

-l/ - semillas longitud de la semilla para -n (predeterminado: 28)

--nomaqredondo
deshabilitar el redondeo de calidad similar a Maq para -n (10 más cercano <= 30)

-I/ - minins
tamaño mínimo de inserción para alineación de extremos emparejados (predeterminado: 0)

-X/ - maxins
tamaño máximo de inserción para alineación de extremos emparejados (predeterminado: 250)

--es/ - rf / - ff -1, -2 las relaciones de posición alinean fw / rev, rev / fw, fw / fw (predeterminado: --es)

--ahora/ - norc
no se alinea con la hebra de referencia de complemento directo / inverso

--maxbts
max # retrocesos para -n 2/3 (predeterminado: 125, 800 para --mejor)

--parejas
número máximo de intentos de encontrar pareja para el golpe de anclaje (predeterminado: 100)

-y/--intenta fuerte
esforzarse por encontrar alineaciones válidas, a expensas de la velocidad

--chunkmbs
máx. de megabytes de RAM para los mejores primeros fotogramas de búsqueda (def: 64)

Presentación de informes:
-k
informar hasta buenas alineaciones por lectura (predeterminado: 1)

-a/--todos
reportar todas las alineaciones por lectura (mucho más lento que bajo -k)

-m
suprimir todas las alineaciones si> existir (def: sin límite)

-M
como uno -m, pero informa 1 acierto aleatorio (MAPQ = 0); requiere --mejor

--mejor golpes garantizados mejor estrato; lazos rotos por la calidad

--Estratos
los impactos en estratos subóptimos no se informan (requiere --mejor)

Salida:
-t/--tiempo
imprimir tiempo de reloj de pared tomado por fases de búsqueda

-B/--Fuera de la base desplazamiento de referencia más a la izquierda = en salida de pajarita (por defecto: 0)

--tranquilo
imprimir nada más que las alineaciones

--refutar
escribir alineaciones en archivos refXXXXX.map, 1 mapa por referencia

--refidx
consulte la ref. seqs por índice basado en 0 en lugar de nombre

--Alabama
escribir lecturas / pares alineados en archivo (s)

--Naciones Unidas
escribir lecturas / pares no alineados en archivos

--máx
escribir lecturas / pares sobre -m límite de archivo (s)

--reprimir
suprime las columnas dadas (delimitadas por comas) en la salida predeterminada

--ref completo
escriba el nombre completo de la referencia (predeterminado: solo hasta el primer espacio)

Espacio de color:
--snpphred
Penalización de phred para SNP al decodificar el espacio de color (def: 30)

or

--snpfrac
aprox. fracción de bases SNP (por ejemplo, 0.001); conjuntos --snpphred

--col-cseq
imprimir secuencias de espacio de color alineadas como colores, no como bases decodificadas

--col-cqual
imprime quals de espacio de color original, no quals decodificado

--col-mantiene
mantener los nucleótidos en los extremos de la alineación decodificada

Sam:
-S/ - sam
escribir hits en formato SAM

--mapq
calidad de mapeo predeterminada (MAPQ) para imprimir para alineaciones SAM

--sam-sin cabeza
Suprimir líneas de encabezado (comenzando con @) para salida SAM

--sam-nosq
Suprimir líneas de encabezado @SQ para salida SAM

--sam-RG
agregar (generalmente "lab = value") a la línea @RG del encabezado SAM

Actuación:
-o/ - offrate anular la tasa de índice; debe ser> = índice de descuento

-p/--hilos número de hilos de alineación para lanzar (predeterminado: 1)

--mm utilice E / S mapeadas en memoria para el índice; muchos corbatines pueden compartir

--shmem
use mem compartida para el índice; muchos corbatines pueden compartir

Otro:
--semilla
semilla para generador de números aleatorios

--verboso
salida detallada (para depuración)

--versión
imprimir la información de la versión y salir

-h/--ayuda
imprimir este mensaje de uso

64 bits Construido en lgw01-11 Jue. 26 de noviembre 11:11:48 UTC 2015 Compilador: gcc versión 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opciones: -O3 -Wl, - estilo hash = ambos -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
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-Formato -Error=seguridad de formato -Wl, -B funciones-simbólicas -Wl, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

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