bowtie2-align-s: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

bowtie2-align-s: herramienta de backend ultrarrápida y con memoria eficiente para alinear la secuenciación
lee secuencias de referencia largas

DESCRIPCIÓN

Bowtie 2 versión 2.2.6 de Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)

USO

bowtie2-align [opciones] * -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Prefijo de nombre de archivo de índice (menos .X.bt2 final). NOTA: índices Bowtie 1 y Bowtie 2
no son compatibles.

Archivos con compañeros n. ° 1, emparejados con archivos en .

Archivos con compañeros n. ° 2, emparejados con archivos en .

Archivos con lecturas no emparejadas.

Archivo para salida SAM (predeterminado: stdout)

, , pueden ser listas separadas por comas (sin espacios en blanco) y pueden especificarse
muchas veces. Por ejemplo, '-U archivo1.fq, archivo2.fq -U file3.fq '.

CAMPUS (valores predeterminados in paréntesis)

Entrada:
-q Los archivos de entrada de consulta son FASTQ .fq / .fastq (predeterminado)

--qseq Los archivos de entrada de consulta están en formato qseq de Illumina.

-f Los archivos de entrada de consulta son (multi) FASTA .fa / .mfa

-r Los archivos de entrada de consulta son sin procesar una secuencia por línea

-c , , son secuencias en sí mismas, no archivos

-s/--saltar
salta el primero lecturas / pares en la entrada (ninguna)

-u/--hasta
detente después de la primera lecturas / pares (sin límite)

-5/ - trim5
podar bases desde 5 '/ extremo izquierdo de lecturas (0)

-3/ - trim3
podar bases desde 3 '/ extremo derecho de lecturas (0)

--phred33
las cualidades son Phred + 33 (predeterminado)

--phred64
las cualidades son Phred + 64

--int-quals
cualidades codificadas como enteros delimitados por espacios

Presets:
Igual que:

--de extremo a extremo:

--muy rapido -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--rápido -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--sensible -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.15 (predeterminado)

--muy sensible -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

--local:

--muy-rápido-local -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S, 1,2.00

- local rápido -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.75

--sensible-local -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.75 (predeterminado)

--muy-sensible-local -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Alineación:
-N
número máximo de desajustes en la alineación de semillas; puede ser 0 o 1 (0)

-L
longitud de las subcadenas de semillas; debe ser> 3, <32 (22)

-i
intervalo entre subcadenas de semillas w / r / t read len (S, 1,1.15)

--n-techo
func para max # non-A / C / G / Ts permitido en aln (L, 0,0.15)

--dpad
incluir caracteres de referencia adicionales en los lados de la mesa DP (15)

--gbar
no permitir espacios dentro núcleos de extremos de lectura (4)

--ignorar-quals
tratar todos los valores de calidad como 30 en la escala Phred (desactivado)

--ahora no alinear la versión delantera (original) de la lectura (desactivada)

--norc no alinee la versión de complemento inverso de read (off)

--no-1 mm por adelantado
no permita 1 alineaciones no coincidentes antes de intentar escanear para el sembrado óptimo
alineaciones

--de extremo a extremo
toda la lectura debe alinearse; sin recorte (encendido)

OR

--local
alineación local; los extremos pueden estar recortados suavemente (apagados)

Puntuación:
--mamá
bonificación de partido (0 para --de extremo a extremo, 2 para --local)

--mp
pena máxima por falta de coincidencia; menor calidad = pena menor (6)

--notario público
penalización por no A / C / G / Ts en read / ref (1)

--rdg ,
leer hueco abierto, extender penalizaciones (5,3)

--rfg ,
brecha de referencia abierta, extender penalizaciones (5,3)

--puntuacion-min Puntuación mínima de alineación aceptable con longitud de lectura r / t
(G, 20,8 para local, L, -0.6, -0.6 de extremo a extremo)

Presentación de informes:
(Por defecto)
busque múltiples alineaciones, informe mejor, con MAPQ

OR

-k
informar hasta alns por lectura; MAPQ no es significativo

OR

-a/--todos
informar todas las alineaciones; muy lento, MAPQ no significativo

Esfuerzo:
-D
renunciar a extender después fallido se extiende en una fila (15)

-R
para lecturas con semillas repetitivas, intente juegos de semillas (2)

Extremo emparejado:

-I/ - minins
longitud mínima del fragmento (0)

-X/ - maxins
longitud máxima del fragmento (500)

--es/ - rf / - ff -1, -2 las relaciones de posición se alinean adelante / atrás, rev / adelante, adelante / atrás (--es)

--no mezclado
suprimir alineaciones no emparejadas para lecturas emparejadas

--no discordante
suprimir alineaciones discordantes para lecturas emparejadas

- sin cola de milano
no concordante cuando los compañeros se extienden uno al otro

--no contener
no concordante cuando una alineación de pareja contiene otra

--no superposición
no concordante cuando los compañeros se superponen en absoluto

Salida:
-t/--tiempo
imprimir tiempo de reloj de pared tomado por fases de búsqueda

--tranquilo
no imprima nada en stderr excepto errores graves

- archivo-met
enviar métricas para archivar en (apagado)

--met-stderr
enviar métricas a stderr (desactivado)

--reunió
informar contadores internos y métricas cada segundos (1)

--no-unal
Suprimir registros SAM para lecturas no alineadas

- sin cabeza
Suprimir líneas de encabezado, es decir, líneas que comienzan con @

--no-cuadrado
Suprimir líneas de encabezado @SQ

--rg-id
establecer la identificación del grupo de lectura, reflejada en la línea @RG y RG: Z: campo opt

--rg
agregar ("lab: value") a la línea @RG del encabezado SAM. Nota: línea @RG solo impresa
cuando --rg-id se establece.

--omitir-seg-seq
ponga '*' en los campos SEQ y QUAL para alineaciones secundarias.

Actuación:
-p/--hilos número de hilos de alineación para lanzar (1)

- reordenar
forzar el orden de salida SAM para que coincida con el orden de las lecturas de entrada

--mm utilice E / S mapeadas en memoria para el índice; muchos corbatines pueden compartir

Otro:
--qc-filtro
filtra las lecturas que son malas según el filtro QSEQ

--semilla
semilla para generador de números aleatorios (0)

--no determinista rand de semillas. gen. arbitrariamente en lugar de usar atributos de lectura

--versión
imprimir la información de la versión y salir

-h/--ayuda
imprimir este mensaje de uso

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