Este es el comando bp_fastam9_to_tablep que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastm9_to_table - convierte la salida FASTA -m 9 en salida tabular NCBI -m 9
SINOPSIS
fastm9_to_table [-e evaluefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] inputfile1 inputfile2 ...
DESCRIPCIÓN
Opciones de línea de comando:
-e / - evalue evalue - filtrar por evalue
-b / - bitscore bitscore - filtrar por bitscore
--header - bandera booleana para imprimir el encabezado de la columna
-o / - out - archivo de salida opcional para escribir datos,
de lo contrario escribirá en STDOUT
-h / - ayuda - muestra esta documentación
Técnicamente, no es un script de SearchIO, ya que no utiliza ningún componente de Bioperl, pero es un
útil y rápido. La salida es una salida tabular con las columnas estándar NCBI -m9.
nombre de consulta
nombre de golpe
porcentaje de identidad
longitud de alineación
desajustes numéricos
huecos numéricos
inicio de la consulta (si está en el inicio de la cadena de revoluciones> final)
extremo consulta
presione inicio (si en el inicio de la cadena de revoluciones> final)
golpear el final
evaluar
puntaje de bits
Además, se proporcionan 3 columnas más
puntuación fasta
puntuación sw
porcentaje similar
longitud de la consulta
longitud de golpe
lagunas de consulta
golpear huecos
AUTOR - Jason Stajich
Jason Stajich jason_at_bioperl-punto-org
Use bp_fastam9_to_tablep en línea usando los servicios de onworks.net
