Este es el comando bp_indexp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_index.pl: indexa archivos para que los utilice bp_fetch.pl
SINOPSIS
bp_index.pl nombre_índice archivo1 archivo2 etc.
DESCRIPCIÓN
bp_index.pl construye un índice bioperl para los archivos de secuencia dados en la lista de argumentos,
bajo el nombre del índice. Por ejemplo
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
construiría un índice llamado 'nrdb' como el nombre de índice para el archivo nrdb.fasta, y
bp_index.pl -fmt EMBL suizo /data/swiss/*.dat
construiría un índice llamado swiss para todos los archivos en / data / swiss que terminan en .dat que
están en formato EMBL.
Los índices se construyen utilizando los módulos Bio / Index / *, en particular, Bio :: Index :: EMBL y
los módulos Bio :: Index :: Fasta. Cualquier script que use estos módulos puede usar el archivo index. A
Un buen ejemplo de script es bp_fetch que busca secuencias y las canaliza a STDOUT, para
ejemplo
bp_fetch suizo: ROA1_HUMAN
obtiene la secuencia ROA1_HUMAN del índice suizo y la escribe en formato fasta en STDOUT.
CAMPUS
-fmt - Fasta (predeterminado), suizo o EMBL
-dir - directorio donde se encuentran los archivos de índice
(anula la variable de entorno BIOPERL_INDEX)
Opciones para uso experto
-escribe - Tipo de archivo DBM.
(anula la variable de entorno BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - reporta cada adición de índice (depuración)
MEDIO AMBIENTE
bp_index y bp_fetch coordinan donde se encuentran las bases de datos usando la variable de entorno
BIOPERL_INDEX. Esto se puede anular usando la opción -dir. No hay un valor predeterminado, por lo que
debe utilizar la opción -dir o establecer BIOPERL_INDEX.
El tipo de base de datos está coordinado con BIOPERL_INDEX_TYPE que si no está allí, por defecto es
sea lo que sea que los módulos de bioperl hayan instalado, que por defecto es SDBM_File.
USO IT TÚ MISMO
bp_index.pl es un script que controla los módulos de índice. Si quieres usar este script
mucho en su trabajo, si está basado en Perl, es casi seguro que es mejor mirar el
código en este script y cópielo (probablemente será más probable que desee utilizar
el código bp_fetch).
EXTENSIÓN IT
bp_index es solo un resumen de los excelentes módulos de índice de James Gilbert que se encuentran en bioperl
REALIMENTACIÓN
Correo Listas
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sus comentarios y sugerencias preferiblemente a la lista de correo de Bioperl. Tu participación
es muy apreciado
[email protected] - Discusión General
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Informes Errores
Informe los errores al sistema de seguimiento de errores de Bioperl para ayudarnos a realizar un seguimiento de los errores y sus
resolución. Los informes de errores se pueden enviar a través de la web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTOR - Ewan birney
Ewan Birney[email protected]>
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