Este es el comando bp_sreformatp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bpsreformat - convertir formatos de secuencia
DESCRIPCIÓN
Este script usa el sistema SeqIO que permite la conversión de formatos de secuencia ya sea
datos de secuencia o datos de alineación de múltiples secuencias. El nombre proviene del hecho de que Sean
El sreformat del programa de Eddy (parte del paquete HMMER) ya hace esto. El programa de Sean intenta
para adivinar los formatos de entrada, mientras que en nuestro código, actualmente requerimos que especifique cuál es el
Los formatos de entrada y salida son y si los datos son de una alineación de secuencia múltiple o de
archivos de secuencia recta.
Uso:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o salida.FORMAT
-h / - ayuda Imprimir esta ayuda
-if / - informat Especifica el formato de entrada
-of / - outformat Especifica el formato de salida
-i / - entrada Especifica el nombre del archivo de entrada
(para pasar datos en STDIN, use el signo menos como nombre de archivo)
-o / - salida Especifica el nombre del archivo de salida
(para pasar datos en STDOUT use el signo menos como nombre de archivo)
--msa Especifique que se trata de datos de alineación de secuencia múltiple
--special Pasará parámetros especiales a AlignIO / SeqIO
objeto: la mayoría de estos son para objetos Bio :: AlignIO
Lista separada por comas de lo siguiente
nointerleaved - para phylip, formato no intercalado
idlinebreak - para phylip, lo convierte en formato molphy
porcentajes: para clustalw, muestre% id por línea
Utilice bp_sreformatp en línea utilizando los servicios de onworks.net
