Este es el comando circos que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
____ _
/ ___ (_) _ __ ___ ___ ___
| | | | '__ / __ / _ \ / __ |
| | ___ | | | | (_ | (_) \ __ \
\ ____ | _ | _ | \ ___ \ ___ / | ___ /
ronda es buena
circos: genera gráficos de información compuestos de forma circular
SINOPSIS
# adivinar la ubicación del archivo de configuración
circos
# utilizar un archivo de configuración específico
circos -conf circos.conf [-silencio]
# diagnosticar los módulos necesarios
circos -módulos
# página man
circos-hombre
# depuración detallada de componentes de código
# ver http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1, [GROUP2, ...]
# depuración completa
circos -debug_group _todos
# volcado de configuración de un bloque (o árbol de bloques) de
# cualquier parámetro que coincida con REGEXP (opcional)
circos -cdump [BLOQUE1 / [BLOQUE2 / ...]] {: REGEXP}
# parámetros de configuración primordiales
circos -param image / radio = 2000p -param ideogram / show = no
# por diversión: aleatoriza todos los colores de la imagen excepto
# COLOR1 y COLOR2
circos -randomcolor COLOR1, [COLOR2, ...]
DESCRIPCIÓN
Circos es para visualizar datos en un diseño circular, ideal para explorar relaciones
entre objetos o posiciones. Hay otras razones por las que un diseño circular es
ventajoso, no menos importante el hecho de que es atractivo.
Circos no es una solución. Es una herramienta para resolver problemas de visualización. Para una dada
problema, no se le garantiza que sea apropiado.
Tiene un control preciso sobre cómo se muestra cada elemento de datos, lo que le ayuda a hacer coincidir
prominencia a la pertinencia.
CONFIGURACIÓN
Las configuraciones están diseñadas para pasarse mediante un archivo de configuración de texto sin formato. Este archivo puede ser
creado manualmente o por otro script, lo que permite que Circos esté completamente automatizado.
Para obtener la documentación completa, consulte
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>
Sintaxis
La configuración es de texto sin formato y se compone de bloques jerárquicos. Algunos bloques, como
" son obligatorios, mientras que otros como " son opcionales.
Para comenzar, consulte el tutorial de la guía rápida.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>
Un archivo de configuración típico podría verse así
# tamaño y formato de la imagen
...
# posición y tamaño de los ideogramas
...
# posición, tipo y formato de pistas de datos
...
...
# colores, fuentes y patrones de relleno
< >
# parámetros del sistema
< >
Modularidad
El "< > la directiva importa un archivo de configuración a otro. Esta
La instalación ayuda a mantener los archivos de configuración modulares.
Definiciones de parámetros que no cambian con frecuencia, como las definiciones de color y fuente,
se importan convencionalmente de archivos que se encuentran en etc / en la distribución.
En los tutoriales, encontrará que el " y " los bloques se importan a
el archivo de configuración principal. Debido a que estos bloques pueden volverse bastante grandes, la principal
El archivo de configuración es más legible si se relega a archivos separados.
Primordial *
Para anular un parámetro que se ha incluido desde un archivo, use el sufijo "*". El sufijo
es necesario porque no se permiten múltiples definiciones de un parámetro, excepto en los casos
donde un parámetro puede tener más de un valor.
# archivo incluido define 'radio'
< >
# esto anulará el valor del radio
radio * = 2500p
El sufijo "*" se puede repetir para especificar qué valor tiene prioridad en un bloque.
radio = 1500p
radio * = 2500p
radio ** = 3000p # se utilizará esta instancia de radio
Primordial Comando línea
Cualquier parámetro de configuración en un nombre de bloque único se puede especificar en la línea de comando
usando
-param RUTA / PARAM = valor
Por ejemplo,
mostrar = no
...
-param ideograma / show = no
y
predeterminado = 0.01r
...
-param ideogram / spacing / default = 0.01r
Cuándo conf () se utiliza en el archivo de configuración para recuperar el valor de un parámetro (cualquier
parámetro, no solo los establecidos por -param), obtiene un sistema flexible para cambiar el
configuración en la línea de comando.
especie = humano
karytotype = data / karyotype / karyotype.conf (especie) .txt
-param especies = rata
Se pueden redefinir varios parámetros, cada uno con su propia marca "-param"
-param show_ticks = no -param image / radio = 2000p
La fusión de Bloques
Se fusionan automáticamente varias instancias de los siguientes bloques: " ,
" , " , " , " , " , " y " .
El propósito de esto es permitirle agregar definiciones canónicas.
# este archivo define por defecto , y
< >
# agregar al bloque de colores
micolor = 150,25,25
CAMPUS
Configuración
-configfile ARCHIVO
Nombre del archivo de configuración. Esto es requerido.
Circos intentará adivinar la ubicación de este archivo, buscando "circos.conf" en
".", "..", y "../ ..".
Salida Formato
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Alterna la salida de archivos PNG y SVG.
Imagen Elements
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Anula la visualización de marcas y sus etiquetas. Ambos generalmente se definen en el
cuadra.
Salida Caminos
-salidadir DIR, -dir DIR
-archivo de salida ARCHIVO, -archivo ARCHIVO
Cambie el directorio de salida y el nombre del archivo. El ARCHIVO puede contener una ruta.
Depuración
-depurar
Active la salida de depuración básica. Informa información de
imagen, io, capa, resumen, temporizador
grupos de depuración (ver más abajo).
-grupo_debug {+ -} GRUPO1, [{+ -} GRUPO2, ...]
Active la salida de depuración para grupos específicos. Para obtener una lista de grupos, consulte
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>
Para agregar un grupo a la salida, prefíjelo con +. Para eliminarlo, con -.
# use grupos de depuración predeterminados pero excluya la capa y io
-debug -debug_group -layer, -io
# use grupos de depuración predeterminados y agregue espaciado
-debug -debug_group + espaciado
# especificar explícitamente los grupos
-grupo_debug png, io, temporizador
Para enumerar los grupos que son compatibles, use la bandera sin un argumento
-grupo_debug
-hora
Informar la información de tiempo. Igual que -debug_group + timer
-silencio
No genere informes.
-paranoico, -noparanoico
Corre en modo paranoico (predeterminado), o no. El valor predeterminado de esta configuración está definido por
'paranoico' en etc / housekeeping.conf.
-advertencias, -advertencias
Mostrar advertencias o no (predeterminado). El valor predeterminado de esta configuración está definido por
'advertencias' en etc / housekeeping.conf.
-fakeerror = artículo -fakeerror CAT = artículo -fakeerror, ID = artículo -fakeerror CAT, ID
False un error mostrando el mensaje de error para la categoría CAT y el ID del nombre del error. Si
se especifica uno o ninguno, enumera qué errores están disponibles.
A menos que realmente disfrute viendo mensajes de error, debe haber pocas razones para que
quiero usar esto.
Uso
-versión
Muestra la versión.
-ayuda
Muestre una breve sinopsis de uso.
-hombre
Mostrar página de manual.
hacer el tonto Aproximadamente
-color aleatorio [color1, color2, ...]
Aleatorice el color de todos los elementos de la imagen, excepto una lista opcional de
colores.
Por ejemplo, para mantener el fondo blanco y todo lo que sea negro,
-color aleatorio blanco, negro
Utilice circos en línea utilizando los servicios de onworks.net
