Este es el comando clustalo que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
clustalo: programa de alineación de secuencias múltiples de propósito general para proteínas
SINOPSIS
clustalo [-h]
DESCRIPCIÓN
Clustal-Omega es un programa de alineación de secuencias múltiples (MSA) de propósito general para proteínas.
Produce MSA de alta calidad y es capaz de manejar conjuntos de datos de cientos de
miles de secuencias en un tiempo razonable.
En el modo predeterminado, los usuarios dan un archivo de secuencias para alinear y estas se agrupan para
producir un árbol guía y esto se utiliza para guiar una "alineación progresiva" de las secuencias.
También hay instalaciones para alinear alineaciones existentes entre sí, alineando un
secuencia a una alineación y para usar un modelo de Markov oculto (HMM) para ayudar a guiar un
alineación de nuevas secuencias que son homólogas a las secuencias utilizadas para hacer el HMM.
Este último procedimiento se denomina "alineación de perfil externo" o EPA.
Clustal-Omega utiliza HMM para el motor de alineación, basado en el paquete HHalign de
Johannes Soeding [1]. Los árboles guía se crean utilizando una versión mejorada de mBed [2] que puede
agrupan un gran número de secuencias en el tiempo O (N * log (N)). Entonces, alineación múltiple
procede alineando alineaciones cada vez más grandes usando HHalign, siguiendo la agrupación
dado por el árbol guía.
En su forma actual, Clustal-Omega solo puede alinear secuencias de proteínas pero no ADN / ARN
secuencias. Se prevé que el ADN / ARN estará disponible en una versión futura.
USO
El uso de herramientas está disponible en / usr / share / doc / clustalo / README.
DESARROLLO
Los encabezados y las bibliotecas están disponibles en el paquete libclustalo-dev.
CITAR
Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, López R, McWilliam H,
Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). Generación rápida y escalable de
Alineaciones de múltiples secuencias de proteínas de calidad
utilizando Clustal Omega. Mol Syst Biol 7.
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