Este es el comando cmconvert que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
cmconvert - convertir archivos de modelo de covarianza infernal
SINOPSIS
cmconvertir [opciones]
DESCRIPCIÓN
La característica cmconvertir La utilidad convierte un archivo de modelo de covarianza de entrada a diferentes
formatos.
Por defecto, el archivo CM de entrada puede ser cualquier archivo CM creado por Infernal versión 1.0 o posterior;
el archivo CM de salida es un formato infernal actual. Archivos de versiones anteriores a la versión
1.0 no se puede convertir.
puede ser '-' (guión), lo que significa leer esta entrada de stdin en lugar de un archivo.
OPCIONES
-h Ayudar; imprima un breve recordatorio del uso de la línea de comandos y todas las opciones disponibles.
-a Perfiles de salida en formato de texto ASCII. Este es el predeterminado.
-b Perfiles de salida en formato binario.
-1 Salida en formato de texto ASCII heredado Infernal1 (Infernal v1.0 a v1.0.2). Debido a
cambios importantes entre la versión v1.0.2 y v1.1, cualquier parámetro estadístico de valor E
calculado por cmcalibrar in no se escribirá en la salida convertida
.
--mlhmm
No genere un archivo CM. En su lugar, genere un HMM de máxima probabilidad p7 construido a partir de
cada CM en en formato de texto HMMER3 ASCII. El HMM habrá sido construido
para ser lo más similar posible al CM, sin modelar la estructura secundaria. Esta
Esta opción podría ser útil para estudios comparativos de Infernal y HMMER3.
--mmmm No genere un archivo CM. En su lugar, emita el filtro p7 HMM para cada CM en
en formato de texto HMMER3 ASCII.
Use cmconvert en línea usando los servicios de onworks.net
