Este es el comando cmfetch que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
cmfetch: recupera modelos de covarianza de un archivo
SINOPSIS
cmfetch [opciones]
(recupera CM llamado )
cmfetch -f [opciones]
(recupera todos los CM enumerados en )
cmfetch --índice [opciones]
(índices para buscar)
DESCRIPCIÓN
Recupera uno o más CM de un (una gran base de datos Rfam, por ejemplo).
Para permitir una recuperación muy rápida, indexe el primero, usando cmfetch --índice. El índice
es un archivo binario llamado .ssi.
El modo predeterminado es recuperar un solo CM por nombre o accesión, llamado .
ejemplo:
% cmfetch Rfam.cm ARNt
% cmfetch Rfam.cm RF00005
Con la -f opción, una que contiene una lista de una o más claves se lee en su lugar.
El primer campo delimitado por espacios en blanco en cada línea sin comentarios que no esté en blanco del
se usa como , y se ignora cualquier dato restante en la línea. Esto permite una variedad
de archivos de datos delimitados por espacios en blanco que se utilizarán como s.
Cuando usas -f y , if ha sido indexado, las claves se recuperan en el
orden en que ocurren en el , pero si no está indexado, las claves se recuperan en
el orden en que ocurren en el . Este es un efecto secundario de una implementación que
permite recuperar varias claves incluso si el es una secuencia que no se puede rebobinar, como
una tubería de entrada estándar.
En uso normal (sin --índice or -f opciones), puede ser '-' (guión), que significa
leyendo la entrada de stdin en lugar de un archivo. Con el --índice opción, puede no ser
'-'; no tiene sentido indexar un flujo de entrada estándar. Con el -f opción, ya sea
or (pero no ambos) puede ser '-'. A menudo es particularmente útil leer
desde la entrada estándar, porque esto permite usar una línea de comando arbitraria
invocaciones para crear una lista de nombres de CM o accesiones, luego buscarlas todas en un nuevo archivo,
solo con un comando.
De forma predeterminada, el CM se imprime en salida estándar en formato Infernal-1.1.
CAMPUS
-h Ayudar; imprima un breve recordatorio del uso de la línea de comandos y todas las opciones disponibles.
-f El segundo argumento de la línea de comandos es un en lugar de un solo . El
primer campo en cada línea del se utiliza como recuperación (un nombre de CM
o adhesión). Las líneas en blanco y las líneas de comentarios (que comienzan con un carácter #) son
ignorado
-o Salida de CM (s) a archivo en lugar de la salida estándar.
-O Salida CM (s) a archivos individuales nombrados en lugar de salida estándar. Con el
-f opción, esto puede resultar en la creación de muchos archivos.
--índice
En lugar de recuperar uno o más perfiles de , indexar el para
futuras recuperaciones. Esto crea una .ssi archivo de índice binario.
Utilice cmfetch en línea utilizando los servicios de onworks.net
