Este es el comando cmtk-detect_adni_phantom que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
detect_adni_phantom - Detecta puntos de referencia fantasmas ADNI en una imagen fantasma
SINOPSIS
detectar_adni_fantasma EntradaImagen SalidaXML
DESCRIPCIÓN
Esta herramienta detecta la ubicación de todos los puntos de referencia esféricos en una imagen 3D del Magphan
Fantasma de imágenes estructurales EMR051 (también conocido como ADNI Phantom).
OPCIONES
Alcance Herramientas (estas están compartido by que todas CMTK herramientas)
--ayuda
Escriba la lista de opciones básicas de la línea de comandos en la salida estándar.
--ayudar a todo
Escriba una lista completa de opciones de línea de comandos básicas y avanzadas en la salida estándar.
--wiki
Escriba la lista de opciones de la línea de comandos en la salida estándar en el marcado de MediaWiki.
--hombre
Escriba el código fuente de la página man con el marcado 'nroff' en la salida estándar.
--versión
Escriba la versión del kit de herramientas en la salida estándar.
--eco
Escribe la línea de comando actual en la salida estándar.
- nivel de verbo
Establecer el nivel de verbosidad.
--verboso, -v
Incrementar el nivel de verbosidad en 1 (obsoleto; admitido por compatibilidad con versiones anteriores).
--hilos
Establezca el número máximo de subprocesos paralelos (para subprocesos POSIX y OpenMP).
Fantasma Detección
--tolerante
Sea tolerante con problemas como esferas de marcador parcialmente truncadas. Esto debería usarse
con precaución solo cuando sea necesario, y tanto la imagen fantasma como los resultados de detección
deben inspeccionarse cuidadosamente para identificar la fuente de los problemas de detección y verificar
resultados fiables.
--cualquier orientación
No asuma la orientación estándar del fantasma, es decir, permita que los fantasmas escaneen
al revés. Esto hace que la detección de fantasmas defectuosos sea menos robusta.
--fallback-cnr-centroide
Forzar un retroceso para usar el centroide de las esferas CNR en lugar del centro de la esfera SNR para
orientación inicial. Esto se puede utilizar cuando, por ejemplo, la esfera SNR se ha roto.
apagado, pero se coloca de una manera que no activa el retroceso automático.
--erode-snr
Erosione la esfera de SNR en esta distancia antes de calcular la estimación de SNR. [Defecto: 10]
--erode-cnr
Erosione cada esfera de CNR en esta distancia antes de calcular la estimación de CNR. [Defecto: 5]
--refinar-xform
Refine la transformación afín estimada después de agregar cada nuevo hito.
- refinar valores atípicos
Refinar los puntos de referencia de valores atípicos en función de la transformación estimada después de la primera esfera
pase de detección.
--excluir valores atípicos
Excluya los puntos de referencia atípicos antes de ajustar las transformaciones finales.
--esferas-correctas-sin-sesgo
Desactive la corrección de campo de sesgo de intensidad para cada esfera detectada. Esto probablemente
reducen la precisión de las estimaciones de SNR / CNR y también afectan la precisión de localización de los
esferas, pero puede ser útil en casos extremos donde la corrección de sesgo falla por completo.
Salida
--escribir-etiquetas
Ruta de la imagen de la etiqueta de salida. Esta imagen contiene la máscara de esferas detectadas, cada una
etiquetados únicamente en su orden en la tabla fiducial fantasma ADNI de CMTK. [Defecto:
NINGUNO]
--escritura rígida
Ruta de salida para la transformación rígida ajustada del espacio fantasma a la imagen RAS
espacio estándar. Esta transformación define dónde debe estar cada esfera en la imagen.
[Defecto: NINGUNO]
--escribir afín
Ruta de salida para la transformación afín ajustada del espacio fantasma a la imagen RAS
espacio estándar. Ésta es la transformación de ajuste lineal más cercana y, como tal,
incluye componentes de escala y cortante que no están presentes en las transformaciones rígidas ajustadas.
Dado que estos componentes se deben a una mala calibración y distorsión del escáner,
La transformación NO especifica las ubicaciones correctas de spehre en la imagen, pero
más bien, permite la cuantificación del error de calibración de la escala. [Defecto: NINGUNO]
AUTORES
Torsten Rohlfing, con contribuciones de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff y Yaroslav Halchenko
Use cmtk-detect_adni_phantom en línea usando los servicios de onworks.net
