Esta es la comparación de comandos que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
compalign - comparar dos alineaciones múltiples
SINOPSIS
compalignar [-opciones]
DESCRIPCIÓN
compalignar calcula la "identidad" fraccionaria entre la alineación confiable y la prueba
alineación. Los dos archivos deben contener exactamente las mismas secuencias, exactamente en el mismo
orden.
La identidad de las alineaciones de secuencias múltiples se define como la identidad promediada sobre
todas las N (N-1) / 2 alineaciones por pares.
La identidad fraccionaria de dos conjuntos de alineaciones por pares se define a su vez de la siguiente manera
(para secuencias conocidas alineadas k1 y k2, y secuencias de prueba alineadas t1 y t2):
columnas coincidentes / columnas totales
donde columnas totales = el número total de columnas en las que hay
un símbolo válido (sin espacio) en k1 o k2;
columnas coincidentes = el número de columnas en las que uno de los
lo siguiente es cierto:
k1 y k2 tienen ambos símbolos válidos en una columna dada; t1 y t2
tener los mismos símbolos alineados en una columna de t1 / t2
alineación;
k1 tiene un símbolo alineado con un espacio en k2; ese símbolo en t1 es
también alineado a una brecha;
k2 tiene un símbolo alineado con un espacio en k1; ese símbolo en t2 es
también alineado a un hueco.
Debido a que se calculan las puntuaciones para todos los pares posibles, el algoritmo es de orden (N ^ 2) L para
N secuencias de longitud L; los conjuntos de secuencias grandes tomarán un tiempo.
CAMPUS
Opciones Disponibles:
-h Imprima ayuda breve e información de uso.
-c Compare únicamente bajo la estructura de consenso marcada con # = CS.
--informato
Especifique que ambas alineaciones están en formato (MSF, por ejemplo).
--tranquilo
Suprime el encabezado detallado (utilizado en las pruebas de regresión).
Use compalign en línea usando los servicios de onworks.net
