Este es el complejo de comandos que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
complex: encuentra la complejidad lingüística en secuencias de nucleótidos
SINOPSIS
integraciones -secuencia Seqall -lwin entero -paso entero -jmin entero -jmax entero
-omnia palanca -sim entero -frecuencia booleano -impresión booleano -archivo de salida archivar
-ujtablefile archivar -outseq Seqoutall
integraciones -ayuda
DESCRIPCIÓN
integraciones es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleic: Composición".
CAMPUS
Entrada .
-secuencia Seqall
-lwin entero
Valor predeterminado: 100
-paso entero
Desplazamiento de la ventana sobre la secuencia Valor por defecto: 5
-jmin entero
Valor predeterminado: 4
-jmax entero
Valor predeterminado: 6
Avanzado .
-omnia palanca
Calcular sobre un conjunto de secuencias Valor predeterminado: N
-sim entero
Calcule la complejidad lingüística comparándola con una serie de simulaciones que tienen
una distribución uniforme de bases
-frecuencia booleano
Ejecuta la simulación de una secuencia basada en la frecuencia base del original.
secuencia Valor predeterminado: N
Salida .
-impresión booleano
Genere un archivo llamado UjTable que contenga los valores de Uj para cada palabra j en el real
secuencia (s) y en cualquier secuencia simulada Valor predeterminado: N
-archivo de salida archivar
-ujtablefile archivar
Valor predeterminado: complex.ujtable
-outseq Seqoutall
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