Este es el comando compstruct que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
compstruct: calcula la precisión de las predicciones de la estructura secundaria del ARN
SINOPSIS
componer [opciones] archivo_de_confianza archivo_prueba
DESCRIPCIÓN
componer evalúa la precisión de las predicciones de la estructura secundaria del ARN, en un
base de pares de bases. los archivo_de_confianza contiene una o más secuencias con ARN confiable (conocido)
anotación de estructura secundaria. los archivo_prueba contiene las mismas secuencias, en el mismo
orden, con anotación de estructura secundaria de ARN predicha. componer lee las estructuras
y los compara, y calcula tanto la sensibilidad (el número de pares de bases verdaderos que
se predicen correctamente) y la especificidad (valor predictivo positivo, el número de
pares de bases predichos que son verdaderos). Los resultados se informan para cada secuencia individual,
y en resumen para todas las secuencias juntas.
Ambos archivos deben contener una anotación de estructura secundaria en notación WUSS. Solo SELEX y
Los formatos de Estocolmo admiten el marcado de estructuras en la actualidad.
La definición predeterminada de un par de bases predicho correctamente es que un par verdadero (i, j) debe
coincidir exactamente con un par predicho (i, j).
Mathews, Zuker, Turner y colegas (ver: Mathews et al., JMB 288: 911-940, 1999) usan un
definición más relajada. Mathews define "correcto" de la siguiente manera: un par verdadero (i, j) es
predice correctamente si se predice cualquiera de los siguientes pares: (i, j), (i + 1, j), (i-1, j),
(i, j + 1) o (i, j-1). Esta regla permite "hélices deslizadas" en una base. los -m
La opción activa esta regla tanto para la sensibilidad como para la especificidad. Por especificidad, el
la regla se invierte: el par predicho (i, j) se considera verdadero si la estructura verdadera
contiene uno de los cinco pares (i, j), (i + 1, j), (i-1, j), (i, j + 1) o (i, j-1).
OPCIONES
-h Imprimir ayuda breve; incluye el número de versión y un resumen de todas las opciones, incluyendo
opciones de expertos.
-m Utilice la regla de precisión relajada de Mathews (ver arriba), en lugar de requerir
predicción de pares de bases.
-p Cuente los pares de bases pseudoanudados hacia la precisión, ya sea en confiables o pronosticados
estructuras. De forma predeterminada, se ignoran los pseudonudos.
Normalmente, solo el archivo_de_confianza tendría una anotación de pseudonudo, ya que la mayoría de ARN
Los programas de predicción de estructuras secundarias no predicen pseudonudos. Utilizando el -p
La opción le permite penalizar al programa de predicción por no predecir los datos conocidos.
pseudonudos. En un caso donde tanto el archivo_de_confianza así como el archivo_prueba have
anotación de pseudonudo, el -p La opción le permite contar pseudonudos al evaluar el
precisión de la predicción. Sin embargo, tenga cuidado con el caso en el que utilice un pseudonudo
programa de predicción para generar el archivo_de_prueba, pero el archivo_de_confianza no tiene
anotación de pseudonudo; en este caso, -p penalizará cualquier pseudonudo previsto
cuando calcula la especificidad, incluso si tienen razón, porque no aparecen en
la anotación de confianza; probablemente esto no sea lo que le gustaría hacer.
EXPERT OPCIONES
--informato
Especifique que los dos archivos de secuencia están en formato . In este vídeo caso, ambas archivos
deben be in los mismo formato. El valor predeterminado es detectar automáticamente los formatos de archivo, en los que
caso de que pudieran ser diferentes (una SELEX, una Estocolmo).
--tranquilo
No imprima ninguna información detallada del encabezado.
Use compstruct en línea usando los servicios de onworks.net
