Este es el comando conse que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
contras: crea una secuencia de consenso a partir de una alineación múltiple
SINOPSIS
cons -secuencia conjunto de secuencias [-archivo de datos matriz] [-pluralidad flotar] [-identidad entero]
[-setcase flotar] -outseq seguimiento [-nombre cadena]
cons -ayuda
DESCRIPCIÓN
cons es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“el software abierto europeo de biología molecular
Suite"). Es parte del grupo de mando "Alineación: Consenso".
OPCIONES
Entrada .
-secuencia conjunto de secuencias
Archivo que contiene una alineación de secuencia.
-archivo de datos matriz
Este es el archivo de matriz de puntuación que se utiliza al comparar secuencias. Por defecto es el
archivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) o el archivo 'EDNAFULL' (para secuencias nucleicas). Estas
Los archivos se encuentran en el directorio "datos" de la instalación de EMBOSS.
Beneficios adicionales .
-pluralidad flotar
Establezca un límite para el número de coincidencias positivas por debajo del cual no hay consenso.
La pluralidad predeterminada se toma como la mitad del peso total de todas las secuencias en el
alineación. Valor predeterminado: @ ($ (sequence.totweight) / 2)
-identidad entero
Proporciona la posibilidad de configurar el número requerido de identidades en un sitio para que
dar un consenso en esa posición. Por lo tanto, si se establece en el número de
Las secuencias en la alineación sólo las columnas de identidades contribuyen al consenso.
-setcase flotar
Establece el umbral para las coincidencias positivas por encima del cual el consenso está en mayúsculas
y debajo del cual el consenso está en minúsculas. Valor por defecto: @(
$ (secuencia.totweight) / 2)
Salida .
-outseq seguimiento
-nombre cadena
Utilice conse en línea utilizando los servicios de onworks.net
