dcm2xml: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

dcm2xml: convierte el archivo DICOM y el conjunto de datos a XML

SINOPSIS

dcm2xml [opciones] dcmfile-in [xmlfile-out]

DESCRIPCIÓN

La característica dcm2xml La utilidad convierte el contenido de un archivo DICOM (formato de archivo o conjunto de datos sin procesar) a
XML (lenguaje de marcado extensible). Hay dos formatos de salida. El primero es específico
a DCMTK con su DTD (Definición de tipo de documento) descrita en el archivo dcm2xml.dtd.
el segundo se refiere al 'Modelo DICOM nativo' que se especifica para la aplicación DICOM
Servicio de alojamiento que se encuentra en DICOM parte 19.

If dcm2xml lee un conjunto de datos sin procesar (datos DICOM sin un metaencabezado de formato de archivo)
Intente adivinar la sintaxis de transferencia examinando los primeros bytes del archivo. Está
no siempre es posible adivinar correctamente la sintaxis de transferencia y es mejor convertir un
datos establecidos en un formato de archivo siempre que sea posible (utilizando el dcmconv utilidad). Tambien es
posible utilizar el -f y -t [ieb] opciones para forzar dcm2xml para leer un conjunto de datos con un
sintaxis de transferencia particular.

PARÁMETROS

dcmfile-in nombre de archivo de entrada DICOM que se va a convertir

xmlfile-out nombre de archivo de salida XML (predeterminado: stdout)

OPCIONES

general opciones
-h --ayuda
imprima este texto de ayuda y salga

--versión
imprimir la información de la versión y salir

--argumentos
imprimir argumentos de línea de comando expandidos

-q - silencioso
modo silencioso, no imprime advertencias ni errores

-v --detallado
modo detallado, detalles de procesamiento de impresión

-d - depuración
modo de depuración, imprimir información de depuración

-ll --log-level [l] evel: constante de cadena
(fatal, error, advertencia, información, depuración, rastreo)
use el nivel l para el registrador

-lc --log-config [f] nombre de archivo: cadena
use el archivo de configuración f para el registrador

Las opciones de entrada opciones
formato de archivo de entrada:

+ f --leer-archivo
leer formato de archivo o conjunto de datos (predeterminado)

+ fo --read-file-only
leer formato de archivo solamente

-f --read-conjunto de datos
leer el conjunto de datos sin metainformación del archivo

sintaxis de transferencia de entrada:

-t = --read-xfer-auto
usar el reconocimiento TS (predeterminado)

-td --read-xfer-detectar
ignorar TS especificado en el meta encabezado del archivo

-te --read-xfer-pequeño
leer con VR explícito little endian TS

-tb --read-xfer-grande
leer con RV explícito big endian TS

-ti --read-xfer-implícito
leer con VR implícito little endian TS

valores de etiqueta largos:

+ M --cargar-todo
cargar valores de etiqueta muy largos (por ejemplo, datos de píxeles)

-M - carga-corta
no cargar valores muy largos (por defecto)

+ R --max-read-length [k] bytes: entero (4..4194302, predeterminado: 4)
establecer el umbral para valores largos en k kbytes

tratamiento opciones
juego de caracteres específico:

+ Cr --charset-require
requiere declaración de juego de caracteres extendido (predeterminado)

+ Ca --charset-asume [c] harset: cadena
asumir juego de caracteres c si no se declaró ningún juego de caracteres extendido

+ Cc --charset-check-all
comprobar todos los elementos de datos con valores de cadena
(predeterminado: solo PN, LO, LT, SH, ST y UT)

# esta opción solo se usa para el mapeo a un apropiado
# Codificación de caracteres XML, pero no para la conversión a UTF-8

+ U8: convertir a utf8
convertir todos los valores de los elementos que se ven afectados
por juego de caracteres específico (0008,0005) a UTF-8

# requiere soporte del kit de herramientas libiconv

salida opciones
formato XML general:

-dtk --dcmtk-formato
salida en formato específico de DCMTK (predeterminado)

-nat - formato-nativo
Salida en formato de modelo nativo DICOM (parte 19)

+ Xn --use-xml-namespace
agregar declaración de espacio de nombres XML al elemento raíz

Formato específico de DCMTK (no con --native-format):

+ Xd --add-dtd-reference
agregar referencia a la definición del tipo de documento (DTD)

+ Xe --embed-dtd-content
incrustar la definición del tipo de documento en un documento XML

+ Xf --use-dtd-file [f] nombre de archivo: cadena
usar el archivo DTD especificado (solo con + Xe)
(predeterminado: /usr/local/share/dcmtk/dcm2xml.dtd)

+ Wn --escribir-nombre-elemento
escribir el nombre de los elementos de datos DICOM (predeterminado)

-Wn --no-nombre-elemento
no escriba el nombre de los elementos de datos DICOM

+ Wb --escribir-datos-binarios
escribir datos binarios de elementos OB y ​​OW
(predeterminado: desactivado, tenga cuidado con --load-all)

codificación de datos binarios:

+ Eh --encode-hex
codificar datos binarios como números hexadecimales
(predeterminado para el formato específico de DCMTK)

+ Eu --encode-uuid
codificar datos binarios como referencia UUID
(predeterminado para el modelo DICOM nativo)

+ Eb --encode-base64
codificar datos binarios como Base64 (RFC 2045, MIME)

DCMTK Formato

La estructura básica de la salida XML específica de DCMTK creada a partir de un archivo DICOM se parece a
el seguimiento:



<formato-archivo xmlns="http://dicom.offis.de/dcmtk">

<elemento etiqueta="0002,0000" vr="UL" vm="1" len="4"
name = "MetaElementGroupLength">
166

...
<elemento etiqueta="0002,0013" vr="SH" vm="1" len="16"
name = "ImplementationVersionName">
OFFIS_DCMTK_353



<elemento etiqueta="0008,0005" vr="CS" vm="1" len="10"
name = "SpecificCharacterSet">
ISO_IR 100

...


<elemento etiqueta="0028,3002" vr="xs" vm="3" len="6"
nombre = "LUTDescriptor">
256 \ 0 \ 8

...

...

...
<element tag="7fe0,0010" vr="OW" vm="1" len="262144"
nombre = "PixelData" cargado = "no" binario = "oculto">




Las etiquetas 'file-format' y 'meta-header' están ausentes para los conjuntos de datos DICOM.

XML Codificación
Los atributos con campos de valores muy grandes (por ejemplo, datos de píxeles) no se cargan de forma predeterminada. Ellos
se puede identificar por el atributo adicional 'cargado' con un valor de 'no' (ver ejemplo
encima). La opción de línea de comando --cargar todo obliga a cargar todos los campos de valor, incluido el
muy largos.

Además, la información binaria de los atributos OB y ​​OW no se escribe en la salida XML
archivo de forma predeterminada. Estos elementos pueden identificarse mediante el atributo adicional 'binario'
con un valor de 'oculto' (el valor predeterminado es 'no'). La opción de línea de comando --escribir-datos-binarios
hace que también se impriman campos de valores binarios (el valor del atributo es 'sí' o 'base64'). Pero,
tenga cuidado al utilizar esta opción junto con --cargar todo debido a la gran cantidad de
datos de píxeles que pueden imprimirse en la salida. Tenga en cuenta que en este elemento de contexto
los valores con un VR de OD o OF no se consideran "información binaria".

Se separan varios valores (es decir, donde la multiplicidad de valores DICOM es mayor que 1)
por una barra invertida '\' (excepto para datos codificados en Base64). El atributo 'len' indica el
número de bytes para el campo de valor particular almacenado en el conjunto de datos DICOM, es decir,
podría desviarse de la longitud del valor codificado en XML, por ejemplo, debido a un relleno no significativo
que ha sido eliminado. Si falta este atributo en las etiquetas de inicio de "secuencia" o "elemento",
el elemento DICOM correspondiente se ha almacenado con una longitud indefinida.

Nativo DICOM integrado Modelo Formato

La descripción del formato del modelo nativo DICOM se puede encontrar en el estándar DICOM, parte
19 ('Alojamiento de aplicaciones').

Bulk Fecha
Datos binarios, es decir, valores de elementos DICOM con representaciones de valor (VR) de OB u OW, como
así como los valores OD, OF y UN no se escriben por defecto en la salida XML debido a su
Talla. En cambio, para cada elemento, se está utilizando un nuevo identificador único universal (UUID).
generado y escrito como un atributo de un Elemento XML. Hasta ahora, no hay
posibilidad de escribir un archivo adicional para contener los datos binarios para cada uno de los binarios
fragmentos de datos. Esto no es requerido por el estándar, sin embargo, podría ser útil para
implementar una interfaz de alojamiento de aplicaciones; por lo tanto, esta función puede estar disponible en
futuras versiones de dcm2xml.

Además, el Suplemento 163 (Almacenar en la Web mediante transferencia de estado representacional
Services) introduce un nuevo Elemento XML que permite codificar datos binarios
como Base64. Actualmente, la opción de línea de comando --codificar-base64 habilita esta codificación para
los siguientes VR: OB, OD, OF, OW y UN.

Conocido Temas
Además de lo que está escrito en la sección anterior sobre 'Datos masivos', hay más
Problemas conocidos con la implementación actual del formato del modelo DICOM nativo. Para
Por ejemplo, los valores de elementos grandes con un VR diferente a OB, OD, OF, OW o UN son actualmente
nunca escrito como datos masivos, aunque podría ser útil, por ejemplo, para elementos de texto muy largos
(especialmente UT) o campos numéricos muy largos (de varios VR).

NOTAS

Caracter Codificación
La codificación XML se determina automáticamente a partir del atributo DICOM (0008,0005)
'Conjunto de caracteres específico' utilizando la siguiente asignación:

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
Cirílico "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
Árabe "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
Griego "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
Hebreo "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

Si este atributo DICOM falta en el archivo de entrada, aunque es necesario, la opción --juego de caracteres-
asumir se puede usar para especificar un juego de caracteres apropiado manualmente (usando uno de los
Términos definidos por DICOM).

No se admiten varios juegos de caracteres que utilizan técnicas de extensión de código. Si es necesario,
opción --convertir a utf8 se puede utilizar para convertir el archivo DICOM o el conjunto de datos a UTF-8
codificación antes de la conversión a formato XML. Esto también es útil para archivos DICOMDIR
donde cada registro de directorio puede tener un juego de caracteres diferente.

REGISTRO

El nivel de salida de registro de las diversas herramientas de línea de comando y bibliotecas subyacentes puede
ser especificado por el usuario. De forma predeterminada, solo los errores y advertencias se escriben en el estándar
secuencia de error. Opción de uso --verboso también mensajes informativos como detalles de procesamiento
Están reportados. Opción --depurar se puede utilizar para obtener más detalles sobre la actividad interna,
por ejemplo, con fines de depuración. Se pueden seleccionar otros niveles de registro usando la opción --Iniciar sesión-
nivel. En --tranquilo modo solo se informan los errores fatales. En eventos de error tan graves,
la aplicación normalmente terminará. Para obtener más detalles sobre los diferentes niveles de registro,
consulte la documentación del módulo 'oflog'.

En caso de que la salida de registro deba escribirse en un archivo (opcionalmente con rotación de archivo de registro),
a syslog (Unix) o la opción de registro de eventos (Windows) --log-config puede ser usado. Esta
El archivo de configuración también permite dirigir solo ciertos mensajes a una salida en particular
stream y para filtrar ciertos mensajes basados ​​en el módulo o aplicación donde
son generadas. Se proporciona un archivo de configuración de ejemplo en /logger.cfg.

COMANDO LÍNEA

Todas las herramientas de línea de comando utilizan la siguiente notación para los parámetros: los corchetes encierran
valores opcionales (0-1), tres puntos finales indican que se permiten varios valores
(1-n), una combinación de ambos significa 0 an valores.

Las opciones de la línea de comandos se distinguen de los parámetros por un signo '+' o '-' inicial,
respectivamente. Por lo general, el orden y la posición de las opciones de la línea de comandos son arbitrarios (es decir,
puede aparecer en cualquier lugar). Sin embargo, si las opciones son mutuamente excluyentes, la apariencia del extremo derecho
se utiliza. Este comportamiento se ajusta a las reglas de evaluación estándar de los shells de Unix comunes.

Además, se pueden especificar uno o más archivos de comando usando un signo '@' como prefijo para
el nombre del archivo (p. ej. @ command.txt). Tal argumento de comando es reemplazado por el contenido de
el archivo de texto correspondiente (varios espacios en blanco se tratan como un solo separador a menos que
aparecen entre dos comillas) antes de cualquier evaluación adicional. Tenga en cuenta que
un archivo de comando no puede contener otro archivo de comando. Este enfoque simple pero efectivo
permite resumir combinaciones comunes de opciones / parámetros y evita alargar y
confusas líneas de comando (se proporciona un ejemplo en el archivo /dumppat.txt).

MEDIO AMBIENTE

La característica dcm2xml La utilidad intentará cargar los diccionarios de datos DICOM especificados en el
DCMDICTPATH Variable ambiental. Por defecto, es decir, si el DCMDICTPATH Variable ambiental
no está configurado, el archivo /dicom.dic se cargará a menos que el diccionario esté construido
en la aplicación (predeterminado para Windows).

Se debe preferir el comportamiento predeterminado y DCMDICTPATH solo variable de entorno
se utiliza cuando se requieren diccionarios de datos alternativos. los DCMDICTPATH Variable ambiental
tiene el mismo formato que el shell de Unix TRAYECTORIA variable en que dos puntos (':') separan
entradas. En los sistemas Windows, se utiliza un punto y coma (';') como separador. El diccionario de datos
El código intentará cargar cada archivo especificado en el DCMDICTPATH Variable ambiental. Eso
es un error si no se puede cargar un diccionario de datos.

Utilice dcm2xml en línea utilizando los servicios de onworks.net