dcmstack: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

dcmstack - convertidor DICOM a NIfTI

DESCRIPCIÓN

uso: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o NOMBRE_SALIDA] [--salida-ext SALIDA_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translate DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--regex-predeterminadas] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs...]]

Apile archivos DICOM de cada directorio de origen en volúmenes 2D a 5D, extrayendo opcionalmente
metadatos.

posicional argumentos:
src_dirs
Los directorios de origen que contienen archivos DICOM.

opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir

Entrada opciones:
--forzar lectura
Intente leer todos los archivos como DICOM, incluso si les falta el preámbulo.

--archivo-ext ARCHIVO_EXT
Solo intente leer archivos con la extensión dada. Predeterminado: .dcm

- maniquíes permitidos
Permita archivos DICOM a los que les falten datos de píxeles, llenando esa porción de la salida
nifti con el valor máximo representable.

Salida opciones:
--dest-dir DEST_DIR
Directorio de destino, por defecto es el directorio de origen.

-o SALIDA_NOMBRE, - nombre de salida SALIDA_NOMBRE
Cadena de formato Python que determina los nombres de archivo de salida basados ​​en etiquetas DICOM.

--salida-ext SALIDA_EXT
La extensión para el tipo de archivo de salida. Predeterminado: .nii.gz

-d, --volcado-meta
Vierta los metadatos extraídos en un archivo JSON con el mismo nombre base que el
Nifti generado

--incrustar-meta
Incruste los metadatos extraídos en una extensión de encabezado Nifti (en formato JSON).

Apilado Opciones:
-g AGRUPAR POR, --agrupar por AGRUPAR POR
Lista separada por comas de claves de metadatos para agrupar archivos de entrada en pilas.

--orden de vóxeles VOXEL_ORDER
Ordene los vóxeles para que los índices espaciales comiencen desde estas direcciones en el paciente.
espacio. Las instrucciones en el espacio del paciente se deben dar como un código de tres caracteres:
(l) eft, (r) ight, (a) nterior, (p) osterior, (s) superior, (i) inferior. Pasando un vacío
string desactivará la reorientación. Predeterminado: LAS

-t TIEMPO_VAR, --var-tiempo TIEMPO_VAR
La palabra clave del elemento DICOM que se utilizará para ordenar la pila a lo largo de la dimensión de tiempo.

--vector-var VECTOR_VAR
La palabra clave del elemento DICOM que se utilizará para ordenar la pila a lo largo de la dimensión vectorial.

--orden de tiempo TIME_ORDER
Proporcione un archivo de texto con el orden deseado para los valores (uno por línea) del
atributo utilizado como variable de tiempo. Rara vez se necesita esta opción.

--orden de vector VECTOR_ORDEN
Proporcione un archivo de texto con el orden deseado para los valores (uno por línea) del
atributo utilizado como variable vectorial. Rara vez se necesita esta opción.

Meta Extracción y Filtración Opciones:
-l, - lista-traductores
Listar traductores habilitados y salir

--disable-traductor DESHABILITAR_TRADUCTOR
Desactive los traductores para las etiquetas proporcionadas. Las etiquetas se deben dar en el formato
"0x0_0x0". Se puede dar más de uno en una lista separada por comas. Si la palabra "todos"
se proporciona, todos los traductores estarán inhabilitados.

--extracto-privado
Extraiga metadatos de elementos privados, incluso si no hay traductor. Si el
El valor para el elemento contiene bytes que no son ASCII, aún se ignorará. los
Los metadatos extraídos aún pueden filtrarse por las expresiones regulares.

-i INCLUYE_REGEX, --incluir-expresiones regulares INCLUYE_REGEX
Incluya cualquier metadato donde la clave coincida con la expresión regular proporcionada. Esta
anulará cualquier expresión de exclusión. Se aplica a todos los metadatos.

-e EXCLUIR_REGEX, --excluir-regex EXCLUDE_REGEX
Excluya los metadatos en los que la clave coincida con la expresión regular proporcionada. Esta
complementará las expresiones de exclusión predeterminadas. Se aplica a todos los metadatos.

--predeterminado-expresiones regulares
Imprima la lista de expresiones regulares predeterminadas para incluir y excluir y salir.

General Opciones:
-v, --verboso
Imprime información adicional.

--estricto
Falla en la primera excepción en lugar de mostrar una advertencia.

--versión
Muestre la versión y salga.

ES SU RESPONSABILIDAD SABER SI HAY INFORMACIÓN DE SALUD PRIVADA EN LOS METADATOS
EXTRAÍDO POR ESTE PROGRAMA.

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