Este es el comando demux que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
demux: convierte las restricciones de distancia XPLOR al formato Gromacs
SINOPSIS
demux md0.log extra
DESCRIPCIÓN
Si desea que sus trayectorias vuelvan a ser continuas, puede utilizar demux leer
su archivo md0.log (puede concatenar varios si es necesario) y producir algunos resultados
archivos. Uno de ellos es un archivo .xvg (réplica_ndx.xvg) que se puede pasar a trjcat(1) a lo largo de
con los archivos de trayectoria originales, con el fin de producir trayectorias continuas. El otro
archivo (réplica_temp.xvg) contiene las temperaturas para cada réplica, comenzando en el
temperatura original. Entonces, si su réplica de interés comienza en, digamos, 300 K, puede seguir
su trayectoria a través del espacio de temperatura. Sería interesante agregar algunos
funcionalidad para hacer histogramas de distribuciones de temperatura para cada réplica, que
según la mayoría de los autores, debería ser plano. Las trayectorias demuxed se pueden utilizar con
g_cinética(1) para obtener la cinética de plegamiento de proteínas a partir de trayectorias REMD.
CAMPUS
md0.log Archivo de registro de la trayectoria que desea hacer continua. Se pueden
adjuntados juntos.
extra Número de veces que se copiará cada entrada del archivo de registro. (Entero)
LIMITACIONES
Si su intercambio fue de cada N ps y guardó cada M ps, puede hacer lo que falta.
fotogramas por configuración extra a (N / M - 1). Si N / M no es un número entero, no tiene suerte y
no podrá desmultiplicar sus trayectorias en absoluto.
Use demux en línea usando los servicios de onworks.net
