Este es el comando dwgsim que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
dwgsim: - un simulador de lectura breve
SINOPSIS
dwgsim [opciones]
DESCRIPCIÓN
DWGSIM es un simulador de lectura corta que simula lecturas de plataformas de secuenciación modernas.
OPCIONES
-e FLOAT
por base / color / tasa de error de flujo de la primera lectura [de 0.020 a 0.020 por 0.000]
-E FLOAT
por base / color / tasa de error de flujo de la segunda lectura [de 0.020 a 0.020 por 0.000]
-i utilice la distancia interior en lugar de la distancia exterior para los pares [Falso]
-d INT distancia exterior entre los dos extremos para pares [500]
-s Desviación estándar INT de la distancia para pares [50.000]
-N Número INT de pares de lectura (-1 para deshabilitar) [-1]
-C FLOAT
cobertura media en las posiciones disponibles (-1 para deshabilitar) [100.00]
-1 INT longitud de la primera lectura [70]
-2 INT longitud de la segunda lectura [70]
-r FLOAT
tasa de mutaciones [0.0010]
-F FLOAT
frecuencia de una determinada mutación para simular mutaciones somáticas de baja frecuencia [0.5000] NB:
frecuencia F se refiere a la primera cadena de mutación, por lo tanto, mutaciones en el
la segunda hebra ocurre con una frecuencia de 1-F
-R FLOAT
fracción de mutaciones que son indeles [0.10]
-X FLOAT
probabilidad de que se extienda un indel [0.30]
-I INT la longitud mínima indel [1]
-y FLOAT
probabilidad de una lectura de ADN aleatoria [0.05]
-n INT número máximo de N permitidos en una lectura determinada [0]
-c INT genera lecturas para [0]: 0: Illumina 1: SOLiD 2: Ion Torrent
-S INT generar lee [0]: 0: predeterminado (hebra opuesta para Illumina, misma hebra para
SOLiD / Ion Torrent) 1: misma hebra (par mate) 2: hebra opuesta (extremo emparejado)
-f CADENA
el orden de flujo de los datos de Ion Torrent [(nulo)]
-B utilizar una tasa de error por base para los datos de Ion Torrent [Falso]
-H modo haploide [falso]
-z INT semilla aleatoria (-1 usa la hora actual) [-1]
-M generar un archivo de mutaciones solamente [Falso]
-m ARCHIVO
el archivo txt de mutaciones para volver a crear [sin usar]
-b ARCHIVO
el conjunto de archivos en forma de cama de mutaciones candidatas [(nulo)]
-v ARCHIVO
el conjunto de archivos vcf de mutaciones candidatas (use la etiqueta pl para la cadena) [(nulo)]
-x ARCHIVO
el lecho de regiones para cubrir [sin usar]
-P CADENA
un prefijo de lectura para anteponer a cada nombre de lectura [sin usar]
-q CADENA
una calidad base fija para aplicar (carácter único) [sin usar]
-Q FLOAT
desviación estándar de las puntuaciones de calidad base [2.00]
-s Desviación estándar INT de la distancia para pares [50.000]
-h imprime este mensaje
Nota: Para lecturas de pares de relaciones de pareja SOLIDAS y BFAST, la primera lectura es F3 y la segunda es R3. Para
SOLiD mate par lee y BWA, las lecturas en el primer archivo son R3 las lecturas anotadas como
la primera lectura, etc.
Nota: La inserción admitida más larga es 4294967295.
Utilice dwgsim en línea utilizando los servicios de onworks.net
