Este es el comando e-PCR que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
e-PCR: encuentre sitios etiquetados con secuencia (STS) en secuencias de ADN
SINOPSIS
PCR electrónica [-hV] [opciones-posix] archivosts [fasta ...] [opciones de compatibilidad]
DESCRIPCIÓN
El programa sustituye blast en la ubicación de pares de cebadores en el genoma que pueden
producir un producto de PCR.
CAMPUS
Posix-options son:
-m =## Margen (predeterminado 50)
-w =## Tamaño de palabras (predeterminado 7)
-n =## Máximo de desajustes permitidos (predeterminado 0)
-g =## Máximo de indeles permitido (predeterminado 0)
-f =## Use ## palabras no contiguas, lento si ##> 1
-o =## Establecer archivo de salida
-t =## Establecer formato de salida:
1 - clásico, rango (pos1..pos2)
2 - clásico, punto medio
3 - tabular
4 - tabular con alineación en comentarios (lento)
-d =## - ## Establecer rango de tamaño predeterminado (predeterminado 100-350)
-p =+- Activar / desactivar el posproceso de hits
-v =## Banderas de verbosidad
-a =a | f Use alineaciones de tamaño previo (solo si los espacios> 0), lento
a: siempre o f: como alternativa
-x =+- Utilice enmascaramiento de cebadores en minúsculas en el extremo 5 '(predeterminado -)
-u =+- Todos los cebadores en mayúsculas (predeterminado -)
las opciones de compatibilidad (opciones de posix duplicadas) son
M=## Margen (predeterminado 50)
W=## Tamaño de palabras (predeterminado 7)
N=## Número de discrepancias permitidas (predeterminado 0)
G=## Máximo de indeles permitido (predeterminado 0)
F=## Usa ## palabras discontinuas
O=## Establecer el archivo de salida en ##
T=## Establecer formato de salida (1..3)
D=## - ## Establecer rango de tamaño predeterminado
P=+- Posproceso activa / desactiva
V=## Banderas de verbosidad
A=a | f Use alineaciones de tamaño previo (solo si los espacios> 0), lento
a: siempre o f: como alternativa
X=+- Utilice enmascaramiento de cebadores en minúsculas en el extremo 5 '(predeterminado -)
U=+- Todos los cebadores en mayúsculas (predeterminado -)
-medio Igual que T = 2
Para obtener información sobre otras opciones, simplemente llame PCR electrónica sin opciones.
Utilice e-PCR en línea utilizando los servicios de onworks.net
