eprimer32e: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

eprimer32: selecciona cebadores de PCR y oligos de hibridación

SINOPSIS

eprimer32 -secuencia Seqall [-cebador palanca] -tarea lista [-sonda híbrida palanca]
-mishyblibraryfile en archivo -archivodebiblioteca mal cebado en archivo [-numreturn entero]
[-región incluida distancia] [-región de destino distancia] [-región excluida distancia]
[-entrada directa cadena] [-entrada inversa cadena] -gccclamp entero -tamaño entero
-tamaño mínimo entero -tamaño máximo entero -otm flotar -menta flotar -maxtm flotar
-maxdifftm flotar -por ciento flotar -mingc flotar -maxgc flotar -salconc flotar
-dnaconc flotar -maxpolyx entero -psizeoptar entero -broma distancia -ptmopt flotar
-ptmmin flotar -ptmmax flotar -región excluida distancia -oligoentrada cadena
-osizeoptar entero -ominsize entero -maxsize entero -otmopt flotar
-otmmin flotar -otmmax flotar -ogcopto flotar -ogcmin flotar -ogcmax flotar
-osaltoconc flotar -odnaconc flotar -o mismo flotar -en sí mismo flotar
-opolyxmax entero -omishybmax flotar -explica la bandera booleano -bandera de archivo booleano
-primer índice base entero -coger de todos modos booleano -máxmispriming flotar
-parmaxmispriming flotar -numeros aceptados entero -auto flotar -elfend flotar
-corrección lista -tmfórmula lista -maxendestabilidad flotar -archivo de salida archivar

eprimer32 -ayuda

DESCRIPCIÓN

eprimer32 es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleic: Primers".

OPCIONES

Entrada .
-secuencia Seqall
La secuencia a partir de la cual elegir los cebadores. La secuencia debe presentarse de 5 'a 3'

-cebador palanca
Dígale a Eprimer32 que elija cebadores Valor predeterminado: Y

-tarea lista
Dígale a Eprimer32 qué tarea realizar. Los valores legales son 1: 'Elija cebadores de PCR', 2: 'Elija
Solo cebador directo ', 3:' Elija solo cebador inverso ', 4:' No se necesitan cebadores '. Defecto
valor: 1

-sonda híbrida palanca
Un 'oligo interno' está destinado a utilizarse como sonda de hibridación (sonda hyb) para
detectar el producto de PCR después de la amplificación. Valor predeterminado: N

-mishyblibraryfile en archivo
Similar a MISPRIMING-LIBRARY, excepto que el evento que buscamos evitar es la hibridación
del oligo interno a las secuencias de esta biblioteca en lugar de cebar a partir de ellas. los
El archivo debe estar en formato FASTA (un poco restringido) (WB Pearson y DJ Lipman,
PNAS 85: 8 págs. 2444-2448 [1988]); discutimos brevemente la organización de este archivo
debajo. Si se especifica este parámetro, Eprimer32 alinea localmente a cada candidato
oligo contra cada secuencia de la biblioteca y rechaza aquellos cebadores para los que el local
El puntaje de alineación multiplicado por un peso específico (ver más abajo) excede
INTERNO-OLIGO-MAX-MISHYB. (El valor máximo del peso se establece arbitrariamente en
12.0.) Cada entrada de secuencia en el archivo con formato FASTA debe comenzar con una 'línea de identificación' que
comienza con '>'. El contenido de la línea de identificación está 'ligeramente restringido' en que
Eprimer32 analiza todo después de cualquier asterisco opcional ('*') como un punto flotante
número a utilizar como el peso mencionado anteriormente. Si la línea de identificación no contiene asterisco, entonces
el peso predeterminado es 1.0. El sistema de puntuación de alineación utilizado es el mismo que para
calcular la complementariedad entre oligos (por ejemplo, SELF-ANY). El resto de una entrada
contiene la secuencia como líneas siguiendo la línea de identificación hasta una línea que comienza con '>'
o al final del archivo. Se ignoran los espacios en blanco y las nuevas líneas. Caracteres 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' se conservan y cualquier otro carácter se convierte a 'N' (con
la consecuencia de que cualquier código IUB / IUPAC para bases ambiguas se convierte en 'N').
No hay restricciones sobre la longitud de la línea. Un valor vacío para este parámetro indica
que no se debe utilizar ninguna biblioteca.

-archivodebiblioteca mal cebado en archivo
El nombre de un archivo que contiene una biblioteca de secuencias de nucleótidos de secuencias para evitar
amplificando (por ejemplo, secuencias repetitivas, o posiblemente las secuencias de genes en un
familia de genes que no debe amplificarse.) El archivo debe estar en (un poco restringido)
Formato FASTA (WB Pearson y DJ Lipman, PNAS 85: 8 págs. 2444-2448 [1988]); nosotros
discuta brevemente la organización de este archivo a continuación. Si se especifica este parámetro
luego Eprimer32 alinea localmente cada cebador candidato con cada secuencia de biblioteca y
rechaza aquellos cebadores para los que la puntuación de alineación local multiplicada por un peso específico
(ver más abajo) excede MAX-MISPRIMING. (El valor máximo del peso es arbitrariamente
establecido en 100.0.) Cada entrada de secuencia en el archivo de formato FASTA debe comenzar con un 'id
línea 'que comienza con'> '. El contenido de la línea de identificación está 'ligeramente restringido' en
que Eprimer32 analiza todo después de cualquier asterisco opcional ('*') como un punto flotante
número a utilizar como el peso mencionado anteriormente. Si la línea de identificación no contiene asterisco, entonces
el peso predeterminado es 1.0. El sistema de puntuación de alineación utilizado es el mismo que para
calcular la complementariedad entre oligos (por ejemplo, SELF-ANY). El resto de una entrada
contiene la secuencia como líneas siguiendo la línea de identificación hasta una línea que comienza con '>'
o al final del archivo. Se ignoran los espacios en blanco y las nuevas líneas. Caracteres 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' se conservan y cualquier otro carácter se convierte a 'N' (con
la consecuencia de que cualquier código IUB / IUPAC para bases ambiguas se convierte en 'N').
No hay restricciones sobre la longitud de la línea. Un valor vacío para este parámetro indica
que no se debe utilizar una biblioteca repetida.

Beneficios adicionales .
Programa opciones
-numreturn entero
El número máximo de pares de cebadores que se devolverán. Los pares de cebadores devueltos se ordenan por
su 'calidad', en otras palabras, por el valor de la función objetivo (donde una menor
número indica un mejor par de cebadores). Precaución: establecer este parámetro en un gran
El valor aumentará el tiempo de ejecución. Valor predeterminado: 5

Secuencia opciones
-región incluida distancia
Una subregión de la secuencia dada en la que seleccionar cebadores. Por ejemplo, a menudo el
La primera docena de bases de una secuencia son vectores y deben excluirse de
consideración. El valor de este parámetro tiene la forma (inicio), (final) donde (inicio)
es el índice de la primera base a considerar, y (final) es el último en el
región de recolección de imprimación.

-región de destino distancia
Si se especifica uno o más objetivos, entonces un par de cebadores legales debe flanquear al menos uno
de ellos. Un objetivo puede ser un sitio de repetición de secuencia simple (por ejemplo, una repetición de CA) o
un polimorfismo de un solo par de bases. El valor debe ser una lista separada por espacios de
(inicio), (final) pares donde (inicio) es el índice de la primera base de un objetivo, y
(final) es el último Ej. 50,51 requiere cebadores para rodear las 2 bases en las posiciones 50
y 51.

-región excluida distancia
Los oligonucleótidos cebadores no pueden superponerse a ninguna región especificada en esta etiqueta. El valor asociado
debe ser una lista separada por espacios de (inicio), (final) pares donde (inicio) es el índice de
la primera base de la región excluida y y (final) es la última. Esta etiqueta es útil
para tareas como excluir regiones de baja calidad de secuencia o para excluir regiones
que contienen elementos repetitivos como ALU o LINE. Por ejemplo, 401,407 68,70 prohíbe
selección de cebadores en las 7 bases comenzando en 401 y las 3 bases en 68.

-entrada directa cadena
La secuencia de un cebador directo para verificar y alrededor de la cual diseñar cebadores inversos.
y oligos internos opcionales. Debe ser una subcadena de SEQUENCE.

-entrada inversa cadena
La secuencia de un cebador inverso para verificar y alrededor del cual diseñar cebadores directos.
y oligos internos opcionales. Debe ser una subcadena de la cadena inversa de SEQUENCE.

Primer opciones
-gccclamp entero
Requerir el número especificado de G y C consecutivos en el extremo 3 'de ambos
cebador de avance y retroceso. (Este parámetro no tiene ningún efecto sobre el oligo interno si uno
se solicita.)

-tamaño entero
Longitud óptima (en bases) de un oligo cebador. Eprimer32 intentará elegir cebadores
cerca de esta longitud. Valor predeterminado: 20

-tamaño mínimo entero
Longitud mínima aceptable de una imprimación. Debe ser mayor que 0 y menor o igual
a MAX-SIZE. Valor predeterminado: 18

-tamaño máximo entero
Longitud máxima aceptable (en bases) de una imprimación. Actualmente, este parámetro no se puede
mayor que 35. Este límite se rige por el tamaño máximo de oligo para el cual Eprimer32's
la temperatura de fusión es válida. Valor predeterminado: 27

-otm flotar
Temperatura de fusión óptima (grados Celsius) para un oligo de imprimación. Eprimer32 intentará elegir
los cebadores con temperaturas de fusión están cerca de esta temperatura. El oligo derritiéndose
fórmula de temperatura en Eprimer32 es la dada en Rychlik, Spencer y Rhoads, Nucleic
Acids Research, vol 18, núm 21, págs. 6409-6412 y Breslauer, Frank, Bloecker y Marky,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol 83, págs. 3746-3750. Consulte el documento anterior para
discusión de fondo. Valor predeterminado: 60.0

-menta flotar
Temperatura de fusión mínima aceptable (Celsius) para un oligo de imprimación. Valor por defecto:
57.0

-maxtm flotar
Temperatura de fusión máxima aceptable (Celsius) para un oligo de imprimación. Valor por defecto:
63.0

-maxdifftm flotar
Diferencia máxima aceptable (sin firmar) entre las temperaturas de fusión del
cebadores de avance y retroceso. Valor predeterminado: 100.0

-por ciento flotar
Primer porcentaje óptimo de GC. Valor predeterminado: 50.0

-mingc flotar
Porcentaje mínimo permitido de G y C en cualquier imprimación. Valor predeterminado: 20.0

-maxgc flotar
Porcentaje máximo permitido de G y C en cualquier imprimación generada por Primer. Defecto
valor: 80.0

-salconc flotar
La concentración milimolar de sal (generalmente KCl) en la PCR. Eprimer32 usa esto
argumento para calcular las temperaturas de fusión del oligo. Valor predeterminado: 50.0

-dnaconc flotar
La concentración nanomolar de oligos de hibridación en la PCR. Eprimer32 usa esto
argumento para calcular las temperaturas de fusión del oligo. El valor predeterminado (50 nm) funciona bien con
el protocolo estándar utilizado en el Whitehead / MIT Center for Genome Research - 0.5
microlitros de concentración de 20 micromolar por cada oligo cebador en un microlitro de 20
reacción con plantilla de 10 nanogramos, 0.025 unidades / microlitro de polimerasa Taq en 0.1 mM
cada dNTP, MgCl1.5 2 mM, KCl 50 mM, Tris-HCL 10 mM (pH 9.3) usando 35 ciclos con un
temperatura de recocido de 56 grados Celsius. Este parámetro corresponde a 'c' en
Ecuación (ii) de Rychlik, Spencer y Rhoads (Nucleic Acids Research, vol 18, núm 21)
donde un valor adecuado (para una concentración inicial más baja de plantilla) es 'empíricamente
determinado'. El valor de este parámetro es menor que la concentración real de
oligos en la reacción porque es la concentración de oligos de recocido, que en
El turno depende de la cantidad de molde (incluido el producto de PCR) en un ciclo dado. Esta
la concentración aumenta mucho durante una PCR; afortunadamente, PCR parece bastante robusto
para una variedad de temperaturas de fusión de oligo. Consulte CONSEJOS PARA LA SELECCIÓN DE IMPRIMADORES. Defecto
valor: 50.0

-maxpolyx entero
La longitud máxima permitida de una repetición de mononucleótidos en un cebador, por ejemplo
AAAAAA. Valor predeterminado: 5

Producto opciones
-psizeoptar entero
El tamaño óptimo para el producto de PCR. 0 indica que no hay un producto óptimo
Talla. Valor predeterminado: 200

-broma distancia
Los valores asociados especifican las longitudes del producto que el usuario desea
cebadores para crear, y es una lista separada por espacios de elementos de la forma (x) - (y) donde
un par (x) - (y) es un rango legal de longitudes para el producto. Por ejemplo, si uno quiere
Los productos de PCR deben estar entre 100 y 150 bases (inclusive), entonces se establecería esto
parámetro a 100-150. Si uno desea productos de PCR en el rango de 100 a 150
bases o en el rango de 200 a 250 bases, entonces se establecería este parámetro en
100-150 200-250. Eprimer32 favorece los rangos al lado izquierdo de la cadena de parámetros.
Eprimer32 devolverá pares de cebadores legales en el primer rango independientemente del valor de
la función objetivo para estos pares. Solo si hay un número insuficiente de
los cebadores en el primer rango devolverán Eprimer32 cebadores en un rango posterior.
Valor predeterminado: 100-300

-ptmopt flotar
La temperatura de fusión óptima para el producto de PCR. 0 indica que no hay
temperatura óptima. Valor predeterminado: 0.0

-ptmmin flotar
La temperatura de fusión mínima permitida del amplicón. Por favor, consulte la documentación.
sobre la temperatura máxima de fusión del producto para obtener más detalles. Valor por defecto:
-1000000.0

-ptmmax flotar
La temperatura de fusión máxima permitida del amplicón. Se calcula la Tm del producto
utilizando la fórmula de Bolton y McCarthy, PNAS 84: 1390 (1962) como se presenta en
Sambrook, Fritsch y Maniatis, Molecular Cloning, pág. 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6 (log10 ([Na +])) + .41 * (% GC) - 600 / longitud Donde [Na +} es el sodio molar
concentración, (% GC) es el porcentaje de Gs y Cs en la secuencia, y la longitud es la
longitud de la secuencia. La selección del cebador primario utiliza una fórmula similar.
programa en GCG, que en su lugar usa 675.0 / longitud en el último término (después de F.Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet y ME Lewis, Methods in Enzymology 168: 766 (1989) eqn (1) en
página 766 sin los términos de desajuste y formamida). Las fórmulas aquí y en Baldino
et al. suponga Na + en lugar de K +. Según JG Wetmur, Critical Reviews en
BioChem. y Mol. Bio. 26: 227 (1991) 50 mM K + debería ser equivalente en estas fórmulas
a 2 M Na +. Eprimer32 utiliza el mismo valor de concentración de sal para calcular tanto el
la temperatura de fusión de la imprimación y la temperatura de fusión del oligo. Si planeas
use el producto de PCR para la hibridación más tarde, este comportamiento no le dará la Tm
en condiciones de hibridación. Valor predeterminado: 1000000.0

Interno oligo Las opciones de entrada
-región excluida distancia
Los oligos medios no pueden superponerse a ninguna región especificada por esta etiqueta. El valor asociado
debe ser una lista separada por espacios de (inicio), (final) pares, donde (inicio) es el índice de
la primera base de una región excluida y (final) es la última. A menudo uno haría
Las regiones objetivo excluyeron las regiones para los oligos internos.

-oligoentrada cadena
La secuencia de un oligo interno para verificar y alrededor del cual diseñar hacia adelante y hacia atrás.
cebadores inversos. Debe ser una subcadena de SEQUENCE.

Interno oligo opciones
-osizeoptar entero
Longitud óptima (en bases) de un oligo interno. Eprimer32 intentará elegir cebadores
cerca de esta longitud. Valor predeterminado: 20

-ominsize entero
Longitud mínima aceptable de un oligo interno. Debe ser mayor que 0 y menor que
o igual a INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Valor predeterminado: 18

-maxsize entero
Longitud máxima aceptable (en bases) de un oligo interno. Actualmente este parámetro
no puede ser mayor que 35. Este límite se rige por el tamaño máximo de oligo para el cual
La temperatura de fusión de Eprimer32 es válida. Valor predeterminado: 27

-otmopt flotar
Temperatura de fusión óptima (Celsius) para un oligo interno. Eprimer32 intentará
Elija oligos con temperaturas de fusión cercanas a esta temperatura. El oligo
La fórmula de temperatura de fusión en Eprimer32 es la dada en Rychlik, Spencer y Rhoads,
Investigación de ácidos nucleicos, vol 18, núm 21, págs. 6409-6412 y Breslauer, Frank, Bloecker
y Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol 83, págs. 3746-3750. por favor refiérase a
documento anterior para discusión de antecedentes. Valor predeterminado: 60.0

-otmmin flotar
Temperatura de fusión mínima aceptable (Celsius) para un oligo interno. Valor por defecto:
57.0

-otmmax flotar
Temperatura de fusión máxima aceptable (Celsius) para un oligo interno. Valor por defecto:
63.0

-ogcopto flotar
Porcentaje de GC óptimo de oligo interno. Valor predeterminado: 50.0

-ogcmin flotar
Porcentaje mínimo permitido de Gs y Cs en un oligo interno. Valor predeterminado: 20.0

-ogcmax flotar
Porcentaje máximo permitido de Gs y Cs en cualquier oligo interno generado por Primer.
Valor predeterminado: 80.0

-osaltoconc flotar
La concentración milimolar de sal (generalmente KCl) en la hibridación. Eprimer32
utiliza este argumento para calcular las temperaturas internas de fusión del oligo. Valor por defecto:
50.0

-odnaconc flotar
La concentración nanomolar de hibridación de oligonucleótidos internos en la hibridación. Defecto
valor: 50.0

-o mismo flotar
La puntuación de alineación local máxima permitida cuando se prueba un oligo interno para (local)
autocomplementariedad. La autocomplementariedad local se toma para predecir la tendencia de
oligos para recocerse a sí mismos El sistema de puntuación da 1.00 para las bases complementarias,
-0.25 para una coincidencia de cualquier base (o N) con una N, -1.00 para una falta de coincidencia y -2.00 para una
brecha. Solo se permiten espacios de un solo par de bases. Por ejemplo, la alineación 5 'ATCGNA 3'
|| | | 3 'TA-CGT 5' está permitido (y arroja una puntuación de 1.75), pero la alineación 5 '
ATCCGNA 3 '|| | | 3 'TA - CGT 5' no se considera. Las puntuaciones no son negativas y una
una puntuación de 0.00 indica que no hay una alineación local razonable entre dos
oligos. Valor predeterminado: 12.00

-en sí mismo flotar
La puntuación de alineación global anclada a 3 'máxima permitida cuando se prueba un solo oligo
para la autocomplementariedad. El sistema de puntuación es como para la Complementariedad Máxima
argumento. En los ejemplos anteriores, las puntuaciones son 7.00 y 6.00 respectivamente. Las puntuaciones son
no negativo, y una puntuación de 0.00 indica que no hay un 3 'anclado razonable
alineación global entre dos oligos. Con el fin de estimar globalmente anclado en 3 '
alineaciones para oligos candidatos, Primer asume que la secuencia de la cual elegir
oligos se presenta de 5 'a 3'. INTERNAL-OLIGO-SELF-END no tiene sentido cuando se aplica a
oligos internos utilizados para la detección basada en hibridación, ya que el dímero de cebador no
ocurrir. Recomendamos que INTERNAL-OLIGO-SELF-END se establezca al menos tan alto como
INTERNO-OLIGO-AUTO-CUALQUIER. Valor predeterminado: 12.00

-opolyxmax entero
La longitud máxima permitida de una repetición de oligonucleótido interno, por ejemplo
AAAAAA. Valor predeterminado: 5

-omishybmax flotar
Similar a MAX-MISPRIMING excepto que este parámetro se aplica a la similitud de
oligos internos candidatos a la biblioteca especificada en INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Valor predeterminado: 12.0

Avanzada .
-explica la bandera booleano
Si esta bandera es verdadera, produzca LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN y INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
etiquetas de salida, que están destinadas a proporcionar información sobre el número de oligos y
pares de cebadores que examinó Eprimer32, y estadísticas sobre el número descartado para
varias razones. Valor predeterminado: N

-bandera de archivo booleano
Si el valor asociado es verdadero, entonces Eprimer32 crea dos archivos de salida para cada
SECUENCIA de entrada. File (sequence-id) .for enumera todos los cebadores directos aceptables para
(ID de secuencia) y (ID de secuencia) .rev enumera todos los cebadores inversos aceptables para
(secuencia-id), donde (secuencia-id) es el valor de la etiqueta SEQUENCE-ID (que debe ser
suministrado). Además, si la etiqueta de entrada TASK es 1 o 4, Eprimer32 produce un archivo
(secuencia-id) .int, que enumera todos los oligos internos aceptables. Valor predeterminado: N

-primer índice base entero
Este parámetro es el índice de la primera base en la secuencia de entrada. Para entrada y
salida usando indexación basada en 1 (como la que se usa en GenBank y a la que muchos usuarios
están acostumbrados) establezca este parámetro en 1. Para entrada y salida usando indexación basada en 0
establezca este parámetro en 0. (Este parámetro también afecta a los índices en el contenido de
los archivos producidos cuando se establece el indicador de archivo de cebador.) Valor predeterminado: 1

-coger de todos modos booleano
Si es verdadero, elija un par de cebadores incluso si ENTRADA IZQUIERDA, ENTRADA DERECHA o ENTRADA OLIGO INTERNO
viola restricciones específicas. Valor predeterminado: N

-máxmispriming flotar
La similitud ponderada máxima permitida con cualquier secuencia en MISPRIMING-LIBRARY.
Valor predeterminado: 12.00

-parmaxmispriming flotar
La suma máxima permitida de similitudes ponderadas de un par de cebadores (una similitud para
cada cebador) con cualquier secuencia única en MISPRIMING-LIBRARY. Valor predeterminado: 24.00

-numeros aceptados entero
Número máximo de bases desconocidas (N) permitidas en cualquier cebador.

-auto flotar
La puntuación de alineación local máxima permitida al probar un solo cebador para (local)
autocomplementariedad y la máxima puntuación de alineación local permitida al realizar pruebas para
complementariedad entre cebadores directos e inversos. La autocomplementariedad local es
tomado para predecir la tendencia de los cebadores a aparearse entre sí sin necesariamente
causando autocebado en la PCR. El sistema de puntuación da 1.00 para complementarios.
bases, -0.25 para una coincidencia de cualquier base (o N) con una N, -1.00 para una falta de coincidencia y -2.00
por un hueco. Solo se permiten espacios de un solo par de bases. Por ejemplo, la alineación 5 '
ATCGNA 3 '... || | | 3 'TA-CGT 5' está permitido (y arroja una puntuación de 1.75), pero la
alineación 5 'ATCCGNA 3' ... || | | 3 'TA - CGT 5' no se considera. Las puntuaciones son
no negativo, y una puntuación de 0.00 indica que no hay un local razonable
alineación entre dos oligos. Valor predeterminado: 8.00

-elfend flotar
La puntuación de alineación global anclada a 3 'máxima permitida cuando se prueba un solo cebador
para la autocomplementariedad y la puntuación máxima de alineación global anclada en 3 '
al probar la complementariedad entre cebadores directos e inversos. El 3 'anclado
La puntuación de alineación global se toma para predecir la probabilidad de cebado de PCR.
dímeros de cebadores, por ejemplo 5 'ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' ............. ||| |||||
.......... 3 'AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' o 5 'AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
............... |||||| ............ 3 'AGCGCTCCGGTATCGGA 5' El sistema de puntuación es el
para el argumento de máxima complementariedad. En los ejemplos anteriores, las puntuaciones son 7.00
y 6.00 respectivamente. Las puntuaciones no son negativas y una puntuación de 0.00 indica que
no hay una alineación global razonable anclada en 3 'entre dos oligos. Con el fin de
estimar alineaciones globales ancladas en 3 'para cebadores candidatos y pares de cebadores, Primer
supone que la secuencia de la que elegir los cebadores se presenta de 5 'a 3'. Está
No tiene sentido proporcionar un valor mayor para este parámetro que para el Máximo (local)
Parámetro de complementariedad porque la puntuación de una alineación local siempre estará en
al menos tan grande como la puntuación de una alineación global. Valor predeterminado: 3.00

-corrección lista
Especifica la fórmula de corrección de sal para el cálculo de la temperatura de fusión. Defecto
valor: 1

-tmfórmula lista
Especifica los detalles del cálculo de la temperatura de fusión. Valor predeterminado: 1

Primer multa pesos
-maxendestabilidad flotar
La máxima estabilidad para las cinco bases 3 'de un cebador directo o inverso. Más grande
los números significan extremos 3 'más estables. El valor es el delta G máximo para dúplex
interrupción para las cinco bases de 3 'calculadas utilizando los parámetros del vecino más cercano
publicado en Breslauer, Frank, Bloecker y Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos, vol 83,
págs. 3746-3750. Eprimer32 usa un valor predeterminado completamente permisivo para retroceso
compatibilidad (que podemos cambiar en la próxima versión). Rychlik recomienda un máximo
valor de 9 (Wojciech Rychlik, 'Selección de cebadores para la reacción en cadena de la polimerasa' en
BA White, Ed., 'Methods in Molecular Biology, vol. 15: Protocolos de PCR: métodos actuales
and Applications ', 1993, págs. 31 - 40, Humana Press, Totowa NJ). Valor predeterminado: 9.0

Salida .
-archivo de salida archivar

Utilice eprimer32e en línea utilizando los servicios de onworks.net