Este es el comando exonerate-server que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
exonerate-server: un servidor de comparación de secuencias para exonerar
SINOPSIS
exonerar al servidor [ opciones ] <índice camino>
DESCRIPCIÓN
exonerar al servidor es un servidor multiproceso para el programa exonerado de alineación de secuencias.
Utiliza un conjunto de secuencias y un archivo de índice correspondiente para permitir grandes conjuntos de datos rápidamente.
Visión general
En primer lugar, un .esd El archivo debe hacerse a partir de los archivos de secuencia. los .esd el archivo es una exoneración
Sequence Dataset, y se puede utilizar para agrupar cualquier conjunto de secuencias donde cada
secuencias que contienen identificadores únicos. Esto se hace usando el fasta2esd utilidad.
fasta2esd genoma.fasta genoma.esd
Luego, un .esi archivo mi ser hecho desde el .esd archivo. los .esi el archivo es una secuencia exonerada
Archivo de índice y contiene un índice o conjunto de índices correspondientes a un conjunto de datos en particular.
Esto se hace usando el esd2esi utilidad.
esd2esi genoma.esd genoma.esi
Una vez que la .esi se ha generado el archivo, se puede iniciar exonerate-server.
exonerar al servidor genoma.esi
Mientras el servidor se está ejecutando, exonerar se puede utilizar para consultar el servidor reemplazando el
secuencias de destino en la línea de comandos con el nombre del servidor y el número de puerto. los
El número de puerto predeterminado para el servidor exonerado es 12886.
exonerar consulta.fasta localhost: 12886
CAMPUS
Algunas de las opciones de la línea de comandos para exonerate-server son las mismas que para el
exonerar al cliente, y estos están documentados en la página de manual para exonerar. El
otras opciones que son específicas de exonerar al servidor están documentados aquí.
--Puerto
Especifique el puerto en el que debe escuchar el servidor. Por defecto, exonerar al servidor
escuchará en el puerto 12886, pero se pueden especificar puertos alternativos con esta opción.
--aporte <índice archivo>
Especifique el archivo de índice que se utilizará cuando se inicie el servidor. Esta opcion es
obligatorio. El archivo de índice es un .esi archivo generado por el esd2esi utilidad.
--precarga
Por defecto, los índices contenidos en el .esi archivo, y las secuencias referenciadas en
el correspondiente .esd Los archivos se cargan en la memoria cuando se inicia el servidor.
Esto es necesario para lograr un rendimiento rápido que de otro modo se vería obstaculizado por
accesos frecuentes al disco. Esta opción permite que la precarga de índice y secuencia sea
desactivado, lo que permite que el servidor se ejecute mucho más lento, pero con
inicio y una huella de memoria más pequeña. No se recomienda desactivar la precarga
a menos que pruebe o depure el servidor.
--maxconexiones
El servidor es multiproceso. Esta opción establece el número de procesos del cliente que
pueden conectarse al servidor simultáneamente. Para un buen desempeño,
no debe establecerse en más del número de CPU en la máquina en la que el
el servidor se está ejecutando.
--verbosidad
Establezca el nivel de verbosidad del servidor. Si es cero, el servidor estará en silencio,
y cuanto mayor sea el número, más mensajes informará el servidor sobre lo que
está sucediendo.
INTERFAZ
Esta sección documenta la interfaz de comunicación entre
el cliente y el servidor. La interfaz está documentada para personas que deseen escribir.
su propio servidor personalizado para sentarse detrás de exonerar - para el uso normal de exonerar,
no es necesario saber esto.
La interfaz funciona cuando el cliente envía líneas de comando simples y el servidor envía
líneas de respuesta simples sobre un enchufe. Todos los comandos y respuestas son líneas simples de ASCII
text, por lo que es posible utilizar telnet como cliente para probar un servidor.
Cualquier comando es una sola línea de texto, pero una respuesta puede contener muchas líneas de texto. los
las respuestas tienen la forma de :
Cualquier respuesta puede incluir líneas con la etiqueta. advertencia: or error: Estas advertencia: y error: etiquetas
son repetidos por el cliente, y el cliente saldrá después de recibir cualquier error: que respondan.
Cuando el servidor devuelve una respuesta de varias líneas, la primera línea debe mostrar el número de
líneas en toda la respuesta como: recuento de líneas: Para ver ejemplos, consulte las respuestas del obtener
hsp comandos en la sesión de ejemplo a continuación.
El cliente solo abrirá una única conexión a cualquier servidor, aunque un multiproceso
El servidor es obviamente necesario para permitir que varios clientes se conecten simultáneamente.
Comandos y respuestas usado in para las de la interfaz del.
comando: versión
Responder: versión
comando: salida
Responder: (sin respuesta - el servidor cierra la conexión)
comando: información db
Respuesta: dbinfo:
El información db El comando devuelve información sobre la base de datos cargada en el servidor.
Los campos devueltos son:
ya sea adn o proteína
ya sea enmascarado o desenmascarado
el número de secuencias en la base de datos
la longitud de la secuencia más larga en la base de datos
la longitud total de todas las secuencias en la base de datos
comando: búsqueda
Respuesta: búsqueda:
El comando de búsqueda se utiliza para asignar un identificador externo a un interno.
identificador.
comando: obtener info
Respuesta: seqinfo: [ ]
El comando get info devuelve información sobre una secuencia en la base de datos. los
los campos devueltos son:
la longitud de la secuencia
una suma de comprobación en formato gcg (ver más abajo)
la identificación externa (por ejemplo, del encabezado fasta)
una línea de descripción de la secuencia (también de la fasta
header), este campo es opcional y puede omitirse.
comando: obtener ss
Responder: seq:
El comando get seq devuelve una secuencia completa en una línea.
comando: obtener subsiguiente
Respuesta: subseq:
El comando get subseq devuelve parte de una secuencia. El inicio de la secuencia es
posición cero. p.ej. get subseq 0 0 10 devolverá las primeras 10 bases del
primera secuencia en la base de datos.
comando: set pregunta
Responder: ok:
El comando seq query se utiliza para enviar una secuencia de consulta al servidor. Eso
devuelve la longitud de la secuencia y una suma de comprobación gcg
comando: comp. de revoluciones
Responder: ok: hebra
El comando de consulta revcomp hace que el servidor complemente de forma inversa la consulta. Esta
es ahorrar el ancho de banda de enviar la consulta dos veces.
El comando revcomp target es decirle al servidor que trate la base de datos como su
complemento inverso. El cliente solo envía este comando cuando busca un
base de datos traducida, por lo que no es necesario implementarla para la mayoría de los tipos de búsqueda.
comando: set detener
Responder: ok:
El comando set parameter envía parámetros desde la línea de comando exonerate a
el servidor. El cliente puede ignorar todos estos comandos para un
implementación, pero no se puede ignorar para un rendimiento óptimo.
comando: obtener hsp
Respuesta: hspset: { }
O bien: hspset: vacío
El comando get hsps es el comando principal para obtener conjuntos de hsps. El servidor
puede devolver varios hspsets. Los campos devueltos son:
La identificación interna de la secuencia objetivo para estos HSPsets.
La posición de inicio de la consulta hsp
La posición de inicio objetivo del hsp
La longitud del hsp
Los últimos tres campos representan un HSP y pueden repetirse muchas veces en una
conjunto hsp: línea de respuesta.
A simples ejemplo cliente servidor diálogo.
% servidor local telnet 12886
Tratando 127.0.0.1 ...
Conectado a localhost.localdomain.
El carácter de escape es '^]'.
% versión
versión: exonerate-server 2.0.0
% información db
dbinfo: adn softmasked 100000 1701 38113579
% búsqueda AA159529.1
búsqueda: 88065
% obtener información 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (# 937208) ADNc de Homo sapiens
% obtener seq 88065
secuencia: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% obtener subseq 88065 10 20
subsiguiente: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% establecer consulta NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
bien: 62 2028
% obtener hsps
número de líneas: 15
hspset: 12423 1 349
hspset: 44900 1 356
hspset: 61781 1 358 41 36 392
hspset: 70065 1 349 41 36 383
hspset: 88065 1 1
hspset: 91032 1 357 41 36 391
hspset: 91442 1 350 41 36 384
hspset: 92971 1 348 41 36 382
hspset: 94311 1 375
hspset: 95381 1 346 41 36 380
hspset: 96808 10 385 32 36 410
hspset: 88449 18 11
hspset: 91036 6 6
hspset: 93736 36 400
consulta% revcomp
ok: fila de consulta revcomp
% obtener hsps
número de líneas: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83
hspset: 61780 0 266
hspset: 29148 0 116
hspset: 25849 15 445
hspset: 93938 26 265
% Salida
Conexion cerrada por anfitrion desconocido.
MEDIO AMBIENTE
Aún no documentado.
EJEMPLOS
1. Ejemplo de creación de un índice traducido y ejecución de una búsqueda rápida de protein2genome usando
exonerar al servidor
fasta2esd human.genomic.fasta humano.genomic.esd esd2esi --traducir sí human.genomic.esd
genómica.humana.trans.esi exonerar al servidor --puerto 1234 human.genomic.trans.esi exonerar
pep.fasta localhost: 1234 --modelo p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250
VERSIÓN
Esta documentación acompaña a la versión 2.2.0 del paquete exonerado.
Use exonerate-server en línea usando los servicios de onworks.net
