Este es el comando fastacmd que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastacmd: recupera secuencias FASTA de una base de datos BLAST
SINOPSIS
fastacmd [-] [-D N] [-I] [-L empezar, parar] [-P N] [-S N] [-T] [-a] [-c] [-d calle] [-i calle]
[-l N] [-o nombre del archivo] [-p escribe] [-s calle] [-t]
DESCRIPCIÓN
fastacmd recupera secuencias formateadas FASTA de un explosión(1) base de datos formateada con el
`-o' opción. Un ejemplo fastacmd la llamada sería
fastacmd -d nr -s p38398
CAMPUS
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
- Mensaje de uso de impresión
-D N Volcar toda la base de datos en algún formato:
1 ayuno
2 lista de IG
3 Lista de versiones de accesión
-I Imprimir solo la información de la base de datos (anula todas las demás opciones)
-L comienzo,detener
Rango de secuencia a extraer (0 en el inicio es el comienzo de la secuencia, 0 en la parada es el final
de secuencia, el valor predeterminado es secuencia completa)
-P N Recuperar secuencias con Protein Identification Group (PIG) N.
-S N Cadena en subsecuencia (solo nucleótido):
1 parte superior (predeterminado)
2 inferior
-T Imprimir información taxonómica para las secuencias solicitadas
-a Recuperar accesiones duplicadas
-c Utilice ^ A (\ 001) como separador defline no redundante
-d str Base de datos (el valor predeterminado es nr)
-i str Archivo de entrada con IG / accesiones / loci para recuperación por lotes
-l N Longitud de línea para secuencia (predeterminado = 80)
-o nombre de archivo
Archivo de salida (predeterminado = stdout)
-p tipo
Tipo de archivo:
G supongo (predeterminado): busque proteína, luego nucleótido
Proteína T
Nucleótido F
-s str Cadena (s) de búsqueda delimitada por comas. Las indicaciones geográficas, las accesiones, los loci o las cadenas de ID de secuencia completa pueden
ser usado, p.ej, 555, AC147927, 'gnl | dbname | etiqueta'
-t La línea de definición debe contener solo el IG objetivo
SALIR ESTADO
0 Completado con éxito.
1 Ocurrió un error (diferente a los siguientes).
2 No se encontró la base de datos BLAST.
3 Falló una búsqueda (accesión, IG o información de taxonomía).
4 No se encontró ninguna base de datos de taxonomía.
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