Este es el comando fastaq-to_tiling_bam que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastaq_to_tiling_bam: crea un archivo BAM de lecturas distribuidas uniformemente en la entrada
referente
DESCRIPCIÓN
uso: fastaq_to_tiling_bam [opciones]
Toma un archivo de secuencia. Hace un archivo BAM que contiene lecturas perfectas (no emparejadas) ordenando
genoma completo
posicional argumentos:
infile Nombre del archivo fasta / q de entrada
leer_longitud
Longitud de las lecturas
leer_paso
Distancia entre el inicio de cada lectura
leer_prefijo
Prefijo de nombres leídos
archivar
Nombre del archivo BAM de salida
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
--qual_char QUAL_CHAR
Carácter a utilizar para la puntuación de calidad [I]
--read_group LEER_GRUPO
Agregue el ID de grupo de lectura proporcionado a todas las lecturas [42]
Importante: asume que samtools está en tu camino
Utilice fastaq-to_tiling_bam en línea utilizando los servicios de onworks.net
