Este es el comando fastml que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastml - reconstrucción de la secuencia de aminoácidos ancestrales de máxima probabilidad
SINOPSIS
rapido [opciones]
DESCRIPCIÓN
FastML es una herramienta bioinformática para la reconstrucción de secuencias ancestrales basada en la
Relaciones filogenéticas entre secuencias homólogas. FastML ejecuta varios algoritmos que
reconstruir las secuencias ancestrales con énfasis en una reconstrucción precisa de ambos
indeles y personajes. Para la reconstrucción de personajes, el FastML descrito anteriormente
Los algoritmos se utilizan para inferir de manera eficiente las secuencias ancestrales más probables para cada
nodo interno del árbol. Se proporcionan reconstrucciones tanto articulares como marginales. Para
reconstrucción de indel las secuencias se codifican primero de acuerdo con los eventos indel detectados
dentro de la alineación de secuencia múltiple (MSA) y luego un modelo de verosimilitud de última generación
se utiliza para reconstruir estados indels ancestrales. Los resultados son los más probables
secuencias, junto con probabilidades posteriores para cada carácter e indel en cada
posición de secuencia para cada nodo interno del árbol. FastML es genérico y es aplicable
para cualquier tipo de secuencias moleculares (secuencias de nucleótidos, proteínas o codones).
OPCIONES
-h ayuda
-s archivo de entrada de secuencia (por ejemplo, utilice -s emySequences / eseq.txt)
-t archivo de entrada de árbol (si no se proporciona el árbol, se calcula un árbol de unión vecino).
-g Asumir entre el modelo de variación de tasa de sitio (Gamma) [Por defecto, el programa
asumirá un modelo homogéneo. ¡muy rápido, pero menos preciso!]
-m nombre del modelo
-mj [JTT]
-ml LG
-señor mtREV (para genomas mitocondriales)
-Maryland DÍA
-mw WAG
-mc cpREV (para genomas de cloroplastos)
-mamá Jukes y Cantor (JC) para aminoácidos
-Minnesota Jukes y Cantor (JC) para nucleótidos
-mh Modelo HKY para nucleótidos
-mg Nucgtr Modelo para nucleótidos
-monte Tamura92 Modelo para nucleótidos
-mi modelo de codones yang M5
Me matriz empírica de codones
Controlando las opciones de salida:
-x salida del archivo de árbol en formato Newick [tree.newick.txt]
-y salida del archivo de árbol en formato ANCESTOR [tree.ancestor.txt]
-j archivo de salida de secuencias conjuntas [seq.joint.txt]
-k archivo de salida de secuencias marginales [seq.marginal.txt]
-d archivo de salida de probabilidades conjuntas [prob.joint.txt]
-e archivo de salida de probabilidades marginales [prob.marginal.txt]
-q formato de salida de secuencias ancestrales. (-qc = [CLUSTAL], -qf = RÁPIDO,
-qm = MOLFÍA, -qs = MASA, -qp = PHLIYP, -qn = Nexo)
Opciones avanzadas:
-a Umbral para calcular de nuevo probabilidades marginales [0.9]
-b No optimice la longitud de las ramas en el árbol inicial
[de forma predeterminada, las ramas y alfa están optimizados para AA a partir de los datos]
-c número de categorías de gamma discretas para la distribución de gamma [8]
-f no calcula la reconstrucción conjunta (bueno si el algoritmo de bifurcación y cota toma
demasiado tiempo y el objetivo es calcular la reconstrucción marginal con Gamma).
-z El límite utilizado. -zs - consolidado basado en la suma. -zm basado en max. -zb [ambos]
-p parámetro alfa de usuario de la distribución gamma [si no se da alfa, alfa y
Las ramas se evaluarán a partir de los datos (anular -b)
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