Este es el comando formatrpsdb que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
formatrpsdb: crea bases de datos para RPS Blast
SINOPSIS
formatorpsdb [-] [-E N] [-G N] [-S X] [-U str] [-b] [-f X] -i nombre de archivo [-l nombre de archivo]
[-n str] [-o] [-t str] [-v N]
DESCRIPCIÓN
formatorpsdb es una utilidad que convierte una colección de secuencias de entrada en una base de datos
Adecuado para su uso con voladura específica de posición inversa (RPS). Cada secuencia de entrada,
junto con su matriz de puntuación específica de posición (PSSM), está codificado en ASN.1 en un
PssmWithParameters (o "scoremat") y reside en un archivo separado. Scoremat
los objetos se pueden crear usando explosiónpgp. formatorpsdb se le da una lista de estos archivos y
produce la base de datos correspondiente.
formatorpsdb está diseñado para realizar el trabajo de formatodb, maquillar y fotocopiadora
simultáneamente, sin generar la gran cantidad de archivos intermedios, estas utilidades
necesitaría crear una base de datos RPS Blast. Además, los objetos Scoremat son en general
uso que el formato binario que requiere makemat. Se espera que la manipulación directa de
Los objetos Scoremat fomentarán la conversión de colecciones de secuencias más diversas en RPS.
Bases de datos explosivas.
Las bases de datos generadas por formatrpsdb son binarias compatibles con las bases de datos generadas por
formatodb/maquillar/fotocopiadora, aunque los archivos de la base de datos en general no serán byte-for-
byte idéntico.
OPCIONES
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
- Mensaje de uso de impresión
-E N La penalización por extensión del espacio (si no se especifica en el marcador; predeterminado = 1)
-G N La penalización de apertura de hueco (si no se especifica en el marcador; por defecto = 11)
-S X Para los marcadores que contienen solo frecuencias de residuos, el factor de escala que se aplicará
al crear PSSM (predeterminado = 100)
-U str Matriz de puntuación subyacente (si no se especifica en la tabla de puntuación; predeterminado = BLOSUM62)
-b Los archivos de Scoremat son ASN1 binarios (frente a texto).
-f X Umbral para extender hits para la base de datos RPS (predeterminado = 11)
-i nombre de archivo
Archivo de entrada que contiene una lista de los nombres de archivo ASN.1 Scoremat
-l nombre de archivo
Nombre del archivo de registro (predeterminado = formatrpsdb.log)
-n str Nombre base de la base de datos de salida (igual que el archivo de entrada si no se especifica)
-o Crear archivos de índice para la base de datos
-t str Título del archivo de la base de datos
-v N Tamaño del volumen de la base de datos en millones de letras (predeterminado = 0, lo que realmente significa que no
límite)
Use formatrpsdb en línea usando los servicios de onworks.net
