Este es el comando gamgi que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gamgi - interfaz gráfica de modelado atomístico general
SINOPSIS
gamgi [archivo_1.xml] ... [archivo_n.xml]
DESCRIPCIÓN
gamgi es un paquete informático para construir, visualizar y analizar estructuras atómicas.
CAMPUS
archivo_n.xml es un nombre completo como:
../dat/molécula/sabores/ajo.xml
~ / gamgi / dat / molécula / sabores / ajo.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml
Los datos de objeto y configuración se pueden mezclar, por lo que archivo_1.xml podría ser un archivo de preferencias, cargado
antes de los otros archivos de objeto. Para automatizar el procedimiento, simplemente agregue una línea como esta para
~ / .bashrc:
alias gamgi = 'gamgi ~ / gamgi / my_defaults.xml'
MEDIO AMBIENTE
GAMGI_AYUDA
Establezca esta variable para que GAMGI sepa dónde están los archivos de documentación de ayuda. Para
ejemplo, agregue una línea como esta para ~ / .bashrc :
GAMGI_HELP =~ / gamgi / gamgi / doc; exportar GAMGI_AYUDA
GAMGI_TEXT
Establezca esta variable para que GAMGI sepa dónde están los archivos .ttf DejaVu, para renderizar
fuentes sólidas. Por ejemplo, agregue una línea como esta para ~ / .bashrc:
GAMGI_TEXT =~ / gamgi / gamgi / src / io / fonts; exportar GAMGI_TEXT
NAVEGADOR
Establezca esta variable para que GAMGI sepa qué navegador iniciar, en caso de que se elija esta
para leer la Ayuda. Por ejemplo, agregue una línea como esta para ~ / .bashrc:
NAVEGADOR = firefox; exportar NAVEGADOR
AYUDA
Lea la información introductoria con Ayuda-> Iniciar. Examine la documentación en
http://www.gamgi.org/ o su copia local en gamgi / doc /. Utilice los mecanismos de ayuda reunidos
debajo del botón Ayuda. Suscríbete a la lista de correo[email protected]>.
Póngase en contacto con el autor en[email protected]>.
En todas las interfaces y formatos, las longitudes están en angstrom, los ángulos en grados y
los números decimales se representan con puntos. Cada parámetro que se puede definir en un
La interfaz también se puede definir en un archivo y viceversa.
INTERFACES
Gire, mueva, escale el objeto seleccionado presionando el botón izquierdo, medio, derecho del mouse.
Exporta el objeto seleccionado eligiendo Archivo-> Exportar. La barra de estado muestra el objeto seleccionado
(izquierda) y capa (derecha).
Para seleccionar un objeto, elija Objeto-> Seleccionar y presione sobre el objeto. O elige el objeto
class en el menú de arriba, con el botón central, antes de presionar sobre el objeto. O presione
dos veces Layer, Window o GAMGI en el menú de arriba. Cuando el objeto no tiene visual
representación, presione el ratón sobre el área gráfica para que aparezca un menú.
Para seleccionar una capa, elija Capa-> Seleccionar y presione el mouse sobre el área gráfica, para que aparezca
hasta un menú. O elija la clase de capa en el menú de arriba, con el botón central, antes
presionando el mouse sobre el área gráfica, para que aparezca un menú.
Los objetos sólidos generalmente requieren luces con componentes difusos y especulares para ser correctamente
representados en el espacio 3D, de lo contrario se ven planos. Los objetos cableados no tienen 3D.
representación, por lo que las luces difusas y especulares no se reflejan, volviéndose poco visibles
al usar luces, a menos que se use un componente ambiental significativo. A menudo vale la pena
dibuja objetos sólidos y con cables en diferentes capas, con y sin luces.
Cuando se abre un cuadro de diálogo de tarea, para saber cómo funciona, simplemente seleccione Ayuda-> Actual y otro
Aparecerá un cuadro de diálogo que explica el significado de todos los parámetros en el cuadro de diálogo de la tarea.
Para ver explicaciones detalladas de las interfaces GAMGI, consulte el manual de referencia en
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc / interfaces / reference.html or
Ayuda-> Tema-> Interfaces.
FORMATOS
GAMGI puede importar archivos en .xyz y .xml formato nativo, seleccionado automáticamente por el archivo
extensión. GAMGI puede exportar archivos en .PD, .ppm, .jp [e] g, .png, .pelea], .x3d y nativo
.xml formatos, seleccionados automáticamente por la extensión del archivo.
En el formato XML nativo de GAMGI, una molécula de agua se puede describir como:
Para ver explicaciones detalladas de los formatos GAMGI, consulte el manual de referencia en
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc / formatos / reference.html or
Ayuda-> Tema-> Formatos.
EJEMPLOS
Elija Ayuda-> Tutoriales para obtener una lista de procedimientos completamente descritos, ejemplificando la mayoría
aspectos del trabajo con GAMGI.
Usa gamgi en línea usando los servicios de onworks.net
