Este es el comando genome-music-bmr-calc-wig-covgp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
genoma music bmr calc-wig-covg: cuenta las bases cubiertas por gen para cada pista de movimiento dada
formato de archivo
VERSIÓN
Este documento describe genoma music bmr calc-wig-covg versión 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)
SINOPSIS
genoma música bmr calc-wig-covg --roi-file =? --secuencia-de-referencia =? --lista-de-peluca =?
--output-dir =?
Uso general:
... música bmr calc-wig-covg \
--lista de peluca dir_entrada / lista_peluca \
--output-dir dir_salida / \
--secuencia de referencia dir_entrada / todas_secuencias.fa \
--roi-file input_dir / all_coding_exons.tsv
REQUERIDO ARGUMENTOS
archivo roi Texto
Lista delimitada por tabuladores de ROI [chr start stop gene_name] (ver descripción)
secuencia de referencia Texto
Ruta a la secuencia de referencia en formato FASTA
lista de pelucas Texto
Lista delimitada por tabuladores de archivos WIG [sample_name wig_file] (ver descripción)
dir-salida Texto
Directorio donde se escribirán los archivos de salida y los subdirectorios
DESCRIPCIÓN
Este script cuenta bases con cobertura suficiente en las ROI de cada gen de una determinada
mover archivos de formato de seguimiento y clasificarlos en: conteos AT, CG (no CpG) y CpG.
También suma estos recuentos de bases en todos los ROI de cada gen para cada muestra, pero
las bases cubiertas que se encuentran dentro de ROI superpuestas no se cuentan más de una vez para
estos recuentos totales.
ARGUMENTOS
--archivo roi
Las regiones de interés (ROI) de cada gen suelen ser regiones destinadas a
secuenciación o se fusionan exón loci (de múltiples transcripciones) de genes con 2-bp
flancos (empalmes). Para los recuentos de bases por gen, una base superpuesta será
contados cada vez que aparece en un ROI del mismo gen. Para evitar esto, asegúrese de
fusionar las ROI superpuestas del mismo gen. MergeBed de BEDtools puede ayudar si se usa
por gen.
--secuencia de referencia
La secuencia de referencia en formato FASTA. Si no se encuentra un índice de secuencia de referencia
junto a este archivo (un archivo .fai), se creará.
- lista de pelucas
Proporcione un archivo que contenga nombres de muestra y las ubicaciones de los archivos de formato de pista de movimiento para
cada. Utilice el formato delimitado por tabulaciones [sample_name wig_file] por línea. Columnas adicionales
como los datos clínicos están permitidos, pero ignorados. El sample_name debe ser el mismo que el
nombres de muestras de tumores utilizados en el archivo MAF (columna 16, con el encabezado
Tumor_Muestra_Código de barras).
--salida-dir
Especifique un directorio de salida donde se creará / escribirá lo siguiente: roi_covgs:
Subdirectorio que contiene los recuentos básicos cubiertos por ROI para cada muestra. gene_covgs:
Subdirectorio que contiene recuentos de bases cubiertos por gen para cada muestra. total_covgs:
Archivo que contiene las coberturas generales no superpuestas por muestra.
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