genome-music-galaxyp: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

Genome Music Galaxy: ejecute el conjunto completo de herramientas MuSiC de forma secuencial.

VERSIÓN

Este documento describe la versión 0.04 de Genome Music Galaxy (2016-01-01 a las 23:10:18)

SINOPSIS

genoma música galaxy [--output-dir =?] --bam-list =? --output-bundle =? --roi-file =?
--secuencia-de-referencia =? - archivo-maf =? - archivo-ruta =? [- archivo-de-datos-clínicos-numéricos =?]
[--categorical-Clinical-data-file =?] [--mutation-matrix-file =?] [--permutations =?]
[--normal-min-depth =?] [--tumor-min-depth =?] [--min-mapq =?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore =?] [--bmr =?] [--max-proximidad =?] [--bmr-modifier-file =?]
[--método-de-prueba-de-datos-numéricos =?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr =?]
[--genetic-data-type =?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups =?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-code] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path =?] [--glm-model-file =?] [--processors =?] [--aa-range =?]
[--nuc-range =?] [--reference-build =?] [--show-known-hits] [--glm-Clinical-data-file =?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir =?] [--cosmic-dir =?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file =?]

Esta herramienta toma como parámetros toda la información necesaria para ejecutar las herramientas individuales. Un
el uso de ejemplo es:

... reproducción de música \
--bam-list input / bams_to_analyze.txt \
--numeric-Clinical-data-file input / numeric_clinical_data.csv \
- entrada de archivo maf / myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input / pathway_db \
- entrada de secuencia de referencia / refseq / all_sequences.fa \
--roi-file input / all_coding_regions.bed \
--gen de tipo de datos genéticos

REQUERIDO ARGUMENTOS

lista-bam Texto
Lista delimitada por tabuladores de archivos BAM [sample_name normal_bam tumor_bam]

paquete de salida Texto
Ubicación donde Galaxy desea que se guarde el paquete de salidas de música

archivo roi Texto
Lista delimitada por tabuladores de ROI [chr start stop gene_name]

secuencia de referencia Texto
Ruta a la secuencia de referencia en formato FASTA

archivo maf Texto
Lista de mutaciones que utilizan las especificaciones TCGA MAF v2.3

archivo de ruta Texto
Archivo delimitado por tabuladores de información de ruta

OPCIONAL ARGUMENTOS

dir-salida
Directorio donde se escribirán los archivos de salida y los subdirectorios

Valor predeterminado '' si no se especifica

archivo-de-datos-clínicos-numéricos Texto
Tabla de muestras (y) frente a categoría de datos clínicos numéricos (x)

archivo-de-datos-clínicos-categóricos Texto
Tabla de muestras (y) frente a categoría de datos clínicos categóricos (x)

archivo-matriz-de-mutación Texto
De forma opcional, almacene la matriz de muestra frente a gen utilizada durante los cálculos.

permutaciones Número
Número de permutaciones utilizadas para determinar los valores P

profundidad mínima normal Entero
La profundidad de lectura mínima para considerar una base BAM normal como cubierta

profundidad mínima del tumor Entero
La profundidad de lectura mínima para considerar una base de Tumor BAM como cubierta

min-mapq Entero
La calidad de mapeo mínima de las lecturas a considerar para los recuentos de profundidad de lectura

espectáculo saltado Boolean
Informe cada mutación omitida, no solo cuántas

Valor predeterminado 'falso' (--noshow-skipped) si no se especifica

no show-skipped Boolean
Hacer 'falso' omitido

genes para ignorar Texto
Lista delimitada por comas de genes que se deben ignorar para las tasas de mutación de fondo

bmr Número
Tasa de mutación de fondo en las regiones objetivo

proximidad máxima Texto
Distancia AA máxima entre 2 mutaciones

archivo-modificador-bmr Texto
Lista delimitada por tabuladores de valores por gen que modifican la TMB antes de realizar la prueba [gene_name
bmr_modificador]

método-de-prueba-de-datos-numéricos Texto
O 'cor' para la correlación de Pearson o 'wilcox' para la prueba de suma de rangos de Wilcoxon para
datos clínicos numéricos.

Valor predeterminado 'cor' si no se especifica

saltar-bajos-mr-genes Boolean
Omita la prueba de genes con MR más bajos que el MR de fondo

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

genes-noskip-low-mr Boolean
Hacer que skip-low-mr-genes sea 'falso'

max-fdr Número
La tasa máxima permitida de falsos descubrimientos para que un gen sea considerado SMG

Valor predeterminado '0.2' si no se especifica

tipo de datos genéticos Texto
Los datos en el archivo de matriz deben ser datos de tipo "gen" o "variante"

wu-anotación-encabezados Boolean
Use esto para predeterminar los encabezados de formato de anotación wustl

nowu-anotación-encabezados Boolean
Hacer wu-annotation-headers 'false'

grupos-bmr Entero
Número de grupos de muestras con BMR comparables

Valor predeterminado '1' si no se especifica

truncamientos separados Boolean
Agrupar mutaciones truncacionales como una categoría separada

Valor predeterminado 'falso' (--noseparate-truncations) si no se especifica

nariz-truncamientos Boolean
Hacer que los truncamientos separados sean 'falsos'

fusionar-concurrentes-muts Boolean
Varias mutaciones de un gen en la misma muestra se tratan como 1

Valor predeterminado 'falso' (--nomerge-concurrent-muts) si no se especifica

nomerge-concurrentes-muts Boolean
Hacer que merge-concurrent-muts sea 'falso'

omitir sin codificación Boolean
Omitir mutaciones no codificantes del archivo MAF proporcionado

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

noskip-sin-codificación Boolean
Hacer que el salto sin codificación sea 'falso'

saltar-silencioso Boolean
Omitir mutaciones silenciosas del archivo MAF proporcionado

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

noskip-silencioso Boolean
Hacer que el salto silencioso sea 'falso'

min-mut-genes-por-ruta Entero
Se ignorarán las vías con menos genes mutados que este

Valor predeterminado '1' si no se especifica

archivo-modelo-glm Texto
Archivo que describe el tipo de modelo, variable de respuesta, covariantes, etc. para el GLM
análisis. (Ver la descripción).

procesadores Entero
Número de procesadores para usar en SMG (requiere paquetes R 'foreach' y 'doMC')

Valor predeterminado '1' si no se especifica

rango aa Entero
Establecer qué tan cerca está una coincidencia 'cercana' al buscar aminoácidos cercanos a los hits

Valor predeterminado '2' si no se especifica

rango de nuc Entero
Establecer qué tan cerca está una coincidencia 'cercana' cuando se busca la posición de un nucleótido cerca de los impactos

Valor predeterminado '5' si no se especifica

construcción de referencia Texto
Ponga "Build36" o "Build37"

Valor predeterminado 'Build37' si no se especifica

show-conocidos-hits Boolean
Cuando un hallazgo es nuevo, muestra AA conocido en ese gen.

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

no show-conocidos-hits Boolean
Hacer que los éxitos conocidos de los programas sean 'falsos'

archivo-de-datos-clínicos-glm Texto
Rasgos clínicos, perfiles mutacionales, otros datos clínicos mixtos (Ver DESCRIPCIÓN).

use-maf-en-glm Boolean
Configure esta bandera para usar la matriz de variantes creada a partir del archivo MAF como entrada de variante para
Análisis GLM.

Valor predeterminado 'falso' (--nouse-maf-in-glm) si no se especifica

nouse-maf-en-glm Boolean
Hacer use-maf-in-glm 'falso'

omimaa-dir Path
carpeta de base de datos de mutaciones de aminoácidos omim

dir-cósmico Path
carpeta de base de datos de mutaciones de aminoácidos cósmicos

verboso Boolean
enciéndalo para mostrar una salida de trabajo más grande

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

noverbio Boolean
Hacer verboso 'falso'

archivo-matriz-de-correlación-clínica Texto
Opcionalmente, almacene la matriz muestra-vs-gen utilizada internamente durante los cálculos.

DESCRIPCIÓN

Este comando se puede utilizar para ejecutar todas las herramientas de análisis de MuSiC en un conjunto de datos. Por favor
consulte las herramientas individuales para obtener una descripción más detallada de los parámetros.

AUTORES

Thomas B. Mooney, MS

CRÉDITOS

Consulte los créditos de genoma-musica(1).

Use genome-music-galaxyp en línea usando los servicios de onworks.net