genome-music-survivalp: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

supervivencia de la música del genoma: cree gráficos de supervivencia y valores P para pruebas clínicas y mutacionales
fenotipos

VERSIÓN

Este documento describe la versión 0.04 de la supervivencia de la música del genoma (2016-01-01 a las 23:10:18)

SINOPSIS

supervivencia de la música del genoma --bam-list =? --output-dir =? [--maf-file =?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type =?] [--numeric-Clinical-data-file =?]
[--categorical-Clinical-data-file =?] [--glm-Clinical-data-file =?]
[--phenotypes-to-include =?] [--legend-position =?] [--skip-non-coding]

... supervivencia musical \
--bam-list /ruta/myBamList.tsv \
--archivomaf /ruta/myMAF.tsv \
--archivo-de-datos-clínicos-numéricos /ruta/myNumericData.tsv \
--archivo-de-datos-clínicos-categóricos /ruta/myClassData.tsv \
--output-dir / ruta / output_directory

... supervivencia musical \
--bam-list /ruta/myBamList.tsv \
--archivomaf /ruta/myMAF.tsv \
--glm-archivo-de-datos-clínicos /ruta/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir / ruta / output_directory

... supervivencia musical \
--bam-list /ruta/myBamList.tsv \
--archivomaf /ruta/myMAF.tsv \
- tipo de datos genéticos 'gen' \
--glm-archivo-de-datos-clínicos /ruta/myGlmClinicalData.tsv \
--fenotipos para incluir 'Raza, Género, TP53' \
--output-dir / ruta / output_directory

REQUERIDO ARGUMENTOS

lista-bam Texto
Lista de nombres de muestras que se incluirán en el análisis. (Ver la descripción)

dir-salida Texto
Directorio donde se escribirán los archivos de salida

OPCIONAL ARGUMENTOS

archivo maf Texto
Lista de mutaciones en formato MAF

saltar-silencioso Boolean
Omitir mutaciones silenciosas del archivo MAF proporcionado

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

noskip-silencioso Boolean
Hacer que el salto silencioso sea 'falso'

tipo de datos genéticos Texto
Correlacionar los datos clínicos con los datos de nivel de "gen" o "variante"

Valor predeterminado 'gene' si no se especifica

archivo-de-datos-clínicos-numéricos Texto
Tabla de muestras (y) frente a categoría de datos clínicos numéricos (x)

archivo-de-datos-clínicos-categóricos Texto
Tabla de muestras (y) frente a categoría de datos clínicos categóricos (x)

archivo-de-datos-clínicos-glm Texto
Rasgos clínicos, perfiles mutacionales, otros datos clínicos mixtos (Ver DESCRIPCIÓN).

fenotipos a incluir Texto
Incluya solo estos genes y / o fenotipos en el análisis. (SEPARADO POR COMAS)

colocación de leyenda Texto
Elija uno de 'abajo a la izquierda', 'arriba a la derecha', 'arriba a la derecha' o 'abajo a la derecha'.

Valor predeterminado 'bottomleft' si no se especifica

omitir sin codificación Boolean
Omitir mutaciones no codificantes del archivo MAF proporcionado

Valor predeterminado 'verdadero' si no se especifica

noskip-sin-codificación Boolean
Hacer que el salto sin codificación sea 'falso'

DESCRIPCIÓN

Este comando realiza análisis de supervivencia y traza curvas de supervivencia para datos mutacionales, como
así como cualquier rasgo clínico de interés especificado a través de la entrada --phenotypes-to-include
parámetro. Los análisis realizados incluyen el estimador de Kaplan-Meier seguido del de Cox
Modelo de riesgos proporcionales. Los resultados para cada gen / rasgo clínico analizado incluyen la supervivencia
curvas, un índice de riesgo (con intervalos de confianza) y valores P y FDR que describen el
importancia de la diferencia entre supervivientes y no supervivientes.

Todos los archivos de datos clínicos se buscan para el "estado_vital" requerido (no distingue entre mayúsculas y minúsculas)
y columnas "days_to_last_followup" que se emparejan con fenotipos a través de ID de muestra para el
análisis de supervivencia. La primera columna de todos los archivos de datos clínicos DEBE contener la muestra
ID, igual que en otras herramientas de MuSiC. De forma predeterminada, el análisis se realiza en todos los genes presentes.
en el MAF. Opcionalmente, el análisis puede limitarse solo a genes específicos enumerándolos
(delimitado por comas) después del parámetro de entrada --phenotypes-to-include. El análisis de supervivencia puede
también se puede realizar en otras columnas del archivo de datos clínicos agregando los encabezados de columna
a la lista de entradas especificadas después del parámetro de entrada --phenotypes-to-include.

Aquí hay algunas pautas generales para crear archivos de entrada de datos clínicos:

· Se requieren encabezados.

· La primera columna de cada archivo de datos clínicos debe contener ID de muestra que coincidan con los
tanto en --bam-list como en la lista de variantes MAF (en MAF, esta es la
Columna Tumor_Sample_Barcode, específicamente).

· En al menos una de las entradas de archivos de datos clínicos, columnas con encabezados "vital_status"
y "days_to_last_followup" (no distingue entre mayúsculas y minúsculas) debe existir. "vital_status" debe ser
delimitado por unos y ceros, donde 1 denota "vivos" y 0 denota "fallecidos".

Tenga en cuenta que todos los archivos de entrada deben estar separados por tabulaciones.

ARGUMENTOS

--bam-lista
Proporcione un archivo que contenga los nombres de las muestras y las ubicaciones de BAM normales / tumorales para cada uno. Usar
el formato delimitado por tabulaciones [sample_name normal_bam tumor_bam] por línea. Esta herramienta solamente
necesita sample_name, por lo que todas las demás columnas se pueden omitir. El sample_name debe ser el
Igual que los nombres de las muestras de tumores utilizados en el archivo MAF (columna 16, con el encabezado
Tumor_Muestra_Código de barras).

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