Este es el comando geom que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
geom: analiza una entrada de geometría molecular en coordenadas cartesianas.
DESCRIPCIÓN
El programa geom Lee un conjunto de coordenadas cartesianas y determina a partir de ellas el vínculo
distancias (Bohr y angstrom), ángulos de enlace, ángulos de torsión, ángulos fuera del plano
(opcional), momentos de inercia y constantes de rotación.
ARCHIVOS REQUERIDO
input.dat - Archivo de entrada
y uno de los siguientes:
geom.dat - archivo de geometría
file11.dat: archivo de geometría / degradado en formato PSI
ARCHIVOS GENERADO
geom.out - archivo que contiene el análisis
ENTRADA CAMPUS
El geom programa tiene las siguientes opciones:
-h Imprima la información de ayuda (estas opciones).
-ases [nombre de archivo]
Lea la entrada en un formato de salida ACES, con cada línea que consta de atómica
símbolo, número atómico y coordenadas cartesianas (en Bohr). El argumento opcional
es el nombre del archivo de entrada de geometría, que por defecto es geom.dat.
-qchem [nombre de archivo]
Lea la entrada en un formato de salida QCHEM, con cada línea formada por el átomo
número, el símbolo atómico y coordenadas cartesianas (en Angstroms). El opcional
argumento es el nombre del archivo de entrada de geometría, que por defecto es geom.dat.
-xyz [nombre de archivo]
Lea la entrada en un formato de salida XYZ. La primera línea contiene el número de
átomos y la segunda línea es una línea de comentarios. Las líneas subsiguientes contienen cada una la
símbolo atómico y coordenadas cartesianas XY y Z (en Angstroms). El opcional
argumento es el nombre del archivo de entrada de geometría, que por defecto es geom.dat.
-upp Imprimir ángulos fuera del plano, donde el ángulo abcd se define como el ángulo formado
por el vector ad y el plano definido por los átomos b, c y d.
DO_OOP = booleano
Igual que el modificador de línea de comandos -oop descrito anteriormente.
Isótopos = matriz of reales / cadenas
Se utiliza para especificar masas que se utilizarán en el cálculo del centro de masa y
constantes rotacionales. Se proporciona una matriz para cada isotopómero a calcular.
Las matrices pueden mezclar números de punto flotante con cadenas que designan isótopos.
Si esta matriz no se proporciona y file11.dat está presente, entonces las masas serán
obtenido al convertir los números atómicos en file11. Si las masas no se dan por
ISOTOPES o por file11, entonces no se calcularán cantidades relacionadas con la masa.
-g [nombre de archivo]
Lea las coordenadas cartesianas de un archivo que no sea file11.dat. Si un nombre de archivo no es
dado, el valor predeterminado es geom.dat. Se supone que el archivo alternativo tiene un formato
similar al de geom.dat de PSI. Dado que dichos archivos no contienen números atómicos,
los momentos de inercia y las constantes rotacionales no se calculan si esta opción
se utiliza.
LEER_GEOM = booleano
Esta opción en input.dat dice geom para leer la geometría de geom.dat en el PSI
formato geom.dat.
-a Imprimir parámetros para todas las distancias de pares.
IMPRIMIR_TODO_DIST = booleano
Igual que la bandera -a descrita anteriormente.
-d distancia
Solo imprima parámetros que involucren pares de átomos que sean menores que distancia bohr
aparte (el valor predeterminado es 4.0 bohr).
IMPRIMIR_DISTANCIA = propuesta de
Igual que el indicador -d descrito anteriormente.
-angstrom
Las coordenadas de entrada están en angstroms, no en bohr.
Å = booleano
If VERDADERO, las coordenadas de entrada están en angstroms en lugar de bohr. El valor predeterminado es
FALSO.
El siguiente ejemplo es para calcular la información geométrica del agua con
varios isótopos diferentes. La geometría se lee de geom.dat en lugar de
archivo11.dat.
geom: (
read_geom = verdadero
isótopos = (
(OH)
(IMPAR)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 June, 1998 geom(1)
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