Este es el comando gff2aplot que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gff2aplot: conversión de archivos GFF para alineaciones por pares a PostScript.
SINOPSIS
gff2aplot [opciones]
DESCRIPCIÓN
Esta página de manual documenta brevemente la gff2aplot mando.
gff2aplot es un programa que dibuja trazados de alineación llenos de color de archivos GFF para eso
alineación y anotaciones de dos secuencias.
OPCIONES
Un guión doble sobre sí mismo "-" indica el final de las opciones y el comienzo de los nombres de archivo (si
regalo). Puede utilizar un solo guión "-" como marcador de posición STDIN. Opciones disponibles y un
Aquí se enumeran una breve descripción:
-h, --ayuda
Mostrar resumen de opciones.
--versión
Muestra la versión actual y las salidas.
-v, --verboso
Modo detallado, se envía un informe completo a error estándar (el valor predeterminado está configurado para mostrar
solo ADVERTENCIAS).
-V, --logs-nombre de archivo
El informe se escribe en un archivo de registro.
-q, --tranquilo
Modo silencioso, no muestra ningún mensaje / advertencia de error estándar (solo informes
ERRORES).
-pag, --tamaño de página
Establecer un tamaño de página entre los predefinidos, consulte a continuación para obtener una lista de las páginas disponibles
formatos).
--margen-izquierda
- margen derecho
- margen superior
- margen inferior
Establecer cada margen de página en . Si no se proporcionan unidades, se asumen puntos,
puede utilizar puntos, milímetros, centímetros o pulgadas (pt, mm, cm o in,
respectivamente).
-B, --color de fondo
Color de fondo.
-F, --color de primer plano
Color de primer plano.
-T, --título
Definición del título de la trama.
-t, --subtitular
Definición de subtítulos de la trama.
-X, - etiqueta x
Definición de etiqueta del eje X.
-Y, --etiqueta y
Definición de etiqueta del eje Y.
-l, --etiqueta de caja de porcentaje
Definición de etiqueta de cuadro de porcentaje.
-yo, --etiqueta-caja-extra
Definición de etiqueta de caja adicional.
-X, --x-secuencia-coords
-S, --start-x-secuencia
Establece el primer nucleótido de la secuencia X.
-MI, - fin-x-secuencia
Establece el último nucleótido de la secuencia X.
-y, --- Coordenadas de secuencia y
-s, - inicio-secuencia-y
Establece el primer nucleótido de la secuencia Y.
-mi, --end-y-secuencia
Establece el último nucleótido de la secuencia Y.
- zoom de secuencia x
--y-secuencia-zoom
-Z, --zoom [ [-S ] [-MI ] [-s ] [-mi ] ]
Esta opción amplía un área que ha seleccionado con -S, -E, -s, -e (los 4 son opcionales).
-z, --zona de zoom [ [-S ] [-MI ] [-s ] [-mi ] ]
Esta opción marca un área de zoom en su gráfico, pero no hace un zoom.
-UN, --nombre-alineación
Definir qué alineación se trazará si tiene más de una alineación
en su entrada de gff.
-NORTE, --x-nombre-secuencia
Definir qué secuencia se trazará en el eje X.
-norte, --y-nombre-secuencia
Definir qué secuencia se trazará en el eje Y.
-r, --aplot-xy-noteq
Por defecto, los ejes X e Y tienen la misma longitud, esta opción deshabilita dicho comportamiento, por lo que X
y la secuencia Y tendrá longitudes de ejes proporcionales a sus longitudes de nucleótidos.
-R, --xy-ejes-escala <X/Y relación>
Esta opción permite establecer una escala diferente entre las longitudes de los ejes X e Y (por
el predeterminado es '1'). Los valores inferiores a 1 hacen que Y sea mayor que X, y mayores que 1 dan como resultado
haciendo X más grande que Y. # Debe explicarse mejor.
-W, --aln-escala-ancho
Puntuación de escala en el ancho de las líneas Aplot.
-w, --aln-escala-color
Puntuación de escala en color para líneas Aplot.
-K, - mostrar-cintas
Forzar cintas para todas las características en los ejes para que sean: (N) uno, (L) ines, (R) ibbons, (B) oth.
-GRAMO, --Mostrar cuadrícula
Activa la cuadrícula (el valor predeterminado es "desactivado").
-gramo, - rejilla de cuero
Apaga la cuadrícula (si está activada desde archivos de personalización).
-YO, --mostrar-cuadro-de-porcentaje
Activa el cuadro de porcentaje (el valor predeterminado es "desactivado").
-I, - ocultar-cuadro-por ciento
Desactiva la casilla de porcentaje (si está activada en archivos personalizados).
-Oh, --mostrar-caja-extra
Activa la casilla adicional (la opción predeterminada es "desactivada").
-Oh, - ocultar-caja-extra
Desactiva la casilla Extra (si está activada en archivos personalizados).
-RE, - color de la caja de la trama
Un color de fondo del cuadro principal de lote.
-D, - porcentaje de color de caja
Color de fondo del cuadro de porcentaje.
-B, --color-caja-extra
Color de fondo de caja adicional.
--nopsadvertencias
Desactive las advertencias que pueden aparecer en la figura PostScript final cuando la secuencia X,
Faltan datos de entrada de secuencia y / o alineación Y.
-a - ocultar-créditos
Apague la línea de créditos gff2aplot en la trama.
--depurar
Informar los contenidos de las variables al probar el programa. Requiere ese archivo de informe de registro
También se activó la opción.
--diseño-var ' '
--secuencia-var ' '
--fuente-var ' '
--strand-var ' '
--grupo-var ' '
- característica-var ' '
Cargando una variable de personalización de característica / grupo / cadena / fuente / secuencia / diseño de
línea de comando. Puede establecer varias variables repitiendo cualquiera de estas opciones,
es decir:
... --feature-var 'cds :: feature_shape = box'
--feature-var 'cds :: feature_color = blue' ...
-VS, --nombre-archivo-personalizado
Carga de parámetros de personalización de un archivo determinado (si el valor predeterminado es ".gff2aplotrc"
existe se carga antes).
Esos son los colores definidos en gff2aplot:
+ Colores predeterminados: blanco negro.
+ Paleta de colores:
gris rosa magenta violeta azul cielo azul cian verde mar
verde verde lima amarillo naranja rojo marrón
Puede obtener hasta nueve tonos de color de Variable Colors con "verydeep",
prefijos "profundo", "muy oscuro", "oscuro", "claro", "muy claro", "pálido" y "muy pálido",
como ejemplo:
azul muy profundo, azul profundo, azul muy oscuro, azul oscuro, azul, azul claro, azul muy claro,
azul pálido y azul muy pálido.
+ Colores dinámicos: arco iris degradado.
Están disponibles los siguientes tamaños de página: de A0 a A10, de B0 a B10, 10x14,
ejecutivo, folio, libro mayor, legal, carta, cuarto, estado de cuenta y tabloide.
MEDIO AMBIENTE VARIABLES
Hay dos variables ambientales que los usuarios pueden configurar según sus preferencias:
+ Puede especificar la ruta donde gff2aplot puede encontrar los archivos predeterminados con el shell
variable "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". El valor predeterminado es la ruta donde se está ejecutando
gff2aplot.
+ También puede definir el nombre de archivo personalizado predeterminado que le gustará con la variable
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", el nombre de archivo predeterminado del programa para el archivo personalizado es ".gff2aplotrc".
+ Ahora gff2aplot no necesita escribir ningún archivo temporal, por lo que las versiones anteriores
La variable de ruta de directorio temporal predeterminada ("GFF2APLOT_TMP") ya no se usa.
+ Configurando esas vars en Bourne-shell y C-shell:
o Usando un Bourne-Shell (por ejemplo, bash):
exportar GFF2APLOT_CUSTOMPATH = "ruta" exportar GFF2APLOT_CUSTOMFILE = "nombre_archivo"
o Usando un C-Shell:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "ruta" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "nombre_archivo"
Use gff2aplot en línea usando los servicios de onworks.net
