Este es el comando gff2ps que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gff2ps: produce una salida gráfica PostScript a partir de archivos GFF.
SINOPSIS
gff2ps [opciones] - gff_files
DESCRIPCIÓN
Este programa dibuja DotPlots llenos de color de archivos con campos de datos con formato gff. los
El programa toma como entrada las características anotadas en una secuencia genómica en formato GFF, y
produce una salida visual en PostScript.
CAMPUS
-h Mostrar resumen de opciones.
-H
Muestra solo ayuda para la opción especificada.
-V En modo detallado, se envía un informe completo a error estándar (el valor predeterminado solo envía
Advertencias).
-v Modo silencioso: deshabilita todas las advertencias, no se envían mensajes de error estándar.
-d Escriba (o vuelva a escribir si existe) el archivo personalizado predeterminado.
-D
Cree un nuevo archivo personalizado predeterminado con el nombre de archivo dado.
-C
Cargue el archivo personalizado dado y añádalo al archivo personalizado predeterminado (.gff2psrc).
-s
Útil para modificar el tamaño de la página (el predeterminado es a4).
-p Cambia la orientación de la página a Vertical (la opción predeterminada es Horizontal).
-G
Establece el color de PRIMER PLANO (el predeterminado es negro).
-g
Establece el color de FONDO (el predeterminado es el blanco).
-P <#> Establece cuántas páginas se necesitan para dividir su salida (la predeterminada es una).
-S <#> Amplíe el primer nucleótido (el valor predeterminado es el origen de la secuencia).
-E <#> Amplíe el último nucleótido (el valor predeterminado es la longitud de la secuencia).
-B <#> Establece bloques por página (el predeterminado es uno).
-N <#> Establece nucleótidos por línea (el valor predeterminado es la posición de secuencia más grande de la entrada gff-
archivos).
-b Bloques de izquierda a derecha y de arriba a abajo (el valor predeterminado es primero de arriba a abajo).
-L Desactive Encabezado (área de título).
-T
Definición de título (el valor predeterminado es input gff filename).
-t
Definición de subtítulos (el valor predeterminado es ninguno).
-l No muestra la numeración de páginas.
-O No muestra la fecha.
-o No muestra el tiempo.
-M <#> Número de marcas de graduación principales por línea (por defecto 10).
-K <#> Las marcas de graduación principales se escalan en los nucleótidos, el valor predeterminado es la longitud de los nucleótidos para las líneas
dividido por el número de marcas de graduación principales (consulte la opción -T).
-m <#> Número de marcas de graduación menores entre marcas de graduación principales (predeterminado 10).
-k <#> Escala de marcas de graduación menores en nucleótidos por defecto es el tamaño de las marcas de graduación principales dividido por
número de marcas de graduación menores (consulte la opción -t).
-w, -f Desactive la visualización de elementos de cadena de avance (Watson).
-C, -r Apague la visualización de elementos de hebra inversa (Crick).
-i Desactive la visualización de elementos independientes de la hebra.
-0
Establece el color del marco "0" (el predeterminado es azul).
-1 Establece el color para el marco "1" (el predeterminado es rojo).
-2 Establece el color para el marco "2" (el predeterminado es verde).
-3 Establece el color del marco "." (el predeterminado es naranja).
-n Apague las etiquetas para las posiciones de los elementos.
-a Desactive la línea CopyRight en el gráfico.
MEDIO AMBIENTE VARIABLES
Hay tres variables ambientales que los usuarios pueden establecer según sus preferencias:
+ Puede especificar la ruta donde GFF2PS puede encontrar los archivos predeterminados con el shell
variable "GFF2PS_CFDIR". El valor predeterminado es la ruta donde está ejecutando GFF2PS.
+ También puede definir el nombre de archivo personalizado predeterminado que le gustará con la variable
"GFF2PS_CUSTOMFILE", el nombre de archivo predeterminado del programa para el archivo personalizado es ".gff2psrc".
+ GFF2PS necesita escribir algunos archivos temporales en un directorio con permisos para actual
usuario para leer y escribir. La ruta de directorio temporal predeterminada está establecida en "/ Tmp /" pero puedes
asigne una ruta de directorio temporal diferente utilizando la variable "GFF2PS_TMP".
Configurando esas vars en Bourne-shell (bash):
exportar GFF2PS_CFDIR = "ruta"
exportar GFF2PS_CUSTOMFILE = "nombre_archivo"
exportar GFF2PS_TMP = "ruta"
Usando un C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "ruta"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "nombre_archivo"
setenv GFF2PS_TMP "ruta"
COMENTARIOS
* Los colores definidos son:
Colores básicos: blanco negro
Colores variables: gris magenta violeta azul celeste cian verde mar verde lima amarillo
naranja rojo marrón
Puede obtener cinco tonos de color de los colores variables con "muy oscuro", "oscuro", "claro" y
prefijos "muy ligeros". Un ejemplo: verydarkseagreen darkseagreen seagreen lightseagreen
muy claro verde mar
* Los tamaños de página definidos son:
De A0 a A10, de B0 a B10, 10x14, ejecutivo, folio, libro mayor, legal, carta, cuarto,
declaración y tabloide.
Use gff2ps en línea usando los servicios de onworks.net
