Este es el comando glam2 que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
glam2 - Alineación local con huecos de motivos
SINOPSIS
glamour2 [opciones] alfabeto my_seqs.fa
Un alfabeto que no sea p or n se interpreta como el nombre de un archivo alfabético.
DESCRIPCIÓN
GLAM2 es un paquete de software para encontrar motivos en secuencias, típicamente aminoácidos o
secuencias de nucleótidos. Un motivo es un patrón de secuencia recurrente: ejemplos típicos son los
Caja TATA y motivo de prenilación CAAX. La principal innovación de GLAM2 es que permite
inserciones y deleciones en motivos.
CAMPUS (DEFECTO AJUSTES)
-h
Muestra todas las opciones y su configuración predeterminada.
-o
Archivo de salida (stdout).
-r
Número de corridas de alineación (10).
-n
Termine cada ejecución después de tantas iteraciones sin mejora (10000).
-2
Examine ambas hebras: complemento hacia adelante y hacia atrás.
-z
Número mínimo de secuencias en la alineación (2).
-a
Número mínimo de columnas alineadas (2).
-b
Número máximo de columnas alineadas (50).
-w
Número inicial de columnas alineadas (20).
-d
Lima de mezcla Dirichlet.
-D
Pseudocuenta de eliminación (0.1).
-E
Seudocuenta sin eliminación (2.0).
-I
Pseudocontento de inserción (0.02).
-J
Seudocuenta sin inserción (1.0).
-q
Peso para abundancias de residuos genéricos versus específicos de conjuntos de secuencias (1e + 99).
-t
Temperatura inicial (1.2).
-c
Factor de enfriamiento por n iteraciones (1.44).
-u
Límite inferior de temperatura (0.1).
-p
Imprime información de progreso en cada iteración.
-m
Movimientos de muestreo de columna por movimiento de muestreo del sitio (1.0).
-x
Algoritmo de muestreo del sitio: 0= RÁPIDO 1= LENTO 2= FFT (0).
-s
Semilla para números pseudoaleatorios (1).
Use glam2 en línea usando los servicios de onworks.net