Este es el comando gmap_build que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmap_build: herramienta para la creación de bases de datos genómicas para GMAP o GSNAP
SINOPSIS
gmap_build [opciones...] -d
DESCRIPCIÓN
gmap_build: construye una base de datos gmap para un genoma que será utilizado por GMAP o GSNAP. Parte de GMAP
paquete, versión 2015-12-31.
Una alternativa simplificada al uso del programa gmap_setup, que crea un Makefile.
OPCIONES
-D, --dir=CADENA
Directorio de destino para la instalación (por defecto es el directorio gmapdb especificado en
configurar el tiempo)
-d, --db=CADENA
Nombre del genoma
-n, --nombres=CADENA
Nombres sustitutos de los cromosomas, proporcionados en un archivo. El archivo debe tener uno
línea para cada nombre de cromosoma que se va a cambiar, con el nombre FASTA original en la columna
1 y el nombre del cromosoma deseado en la columna 2. Esto proporciona una manera fácil de cambiar
los nombres de los cromosomas, por ejemplo, para agregar o quitar el prefijo "chr". Columna 2
puede estar en blanco, lo que indica que no hay cambio de nombre. Este archivo también se puede combinar con
--clasificar=nombres para proporcionar un orden particular para los cromosomas en el índice del genoma.
-M, --mdbandera=CADENA
Utilice el archivo MD de NCBI para mapear contigs a coordenadas cromosómicas
-C, --contigs-are-mapeados
Busque una región cromosómica en cada línea de encabezado FASTA. Útil para contigs que tienen
ha sido mapeado en coordenadas cromosómicas. Ignorado si el --mdbandera está provisto.
-z, --compresión=CADENA
Utilice los tipos de compresión dados (separados por comas; el predeterminado es bitpack64) bitpack64 -
optimizado para computadoras modernas con instrucciones SIMD (recomendado) todo - crear
todos los tipos de compresión disponibles, actualmente bitpack64 ninguno - no comprime el desplazamiento
archivos (creo que esto ya no es compatible)
-k, --kmer=INT
valor k-mer para el índice genómico (permitido: 15 o menos, el valor predeterminado es 15)
-q Intervalo de muestreo INT para genomoe (permitido: 1-3, predeterminado 3)
-s, --clasificar=CADENA
Clasifique los cromosomas usando el método dado: ninguno - use los cromosomas como se encuentran en FASTA
archivo (s) alfa - ordenar los cromosomas alfabéticamente (chr10 antes de chr 1) numérico-alfa
- chr1, chr1U, chr2, chrM, chrU, chrX, chrY cromo - chr1, chr2, chrM, chrX, chrY,
nombres chr1U, chrU: ordena los cromosomas según el archivo proporcionado --nombres bandera
-g, --cremallera
Los archivos están comprimidos con gzip, por lo que primero debe comprimir cada archivo
-E, --pipa-fasta=CADENA
Interprete el argumento como un comando, en lugar de una lista de archivos FASTA
-w INT Espere (duerma) tantos segundos después de cada paso (predeterminado 2)
-c, --circular=CADENA
Cromosomas circulares (ya sea una lista de cromosomas separados por una coma o un
nombre de archivo que contiene cromosomas circulares, uno por línea). Si usa el --nombres
característica, entonces debe usar el nombre original del cromosoma, no el
nombre sustituto, para esta opción.
-e, --nmensajes=INT
Número máximo de mensajes (advertencias, informes contig) para informar (predeterminado 50)
--construir-sarray=INT
Ya sea para construir una matriz de sufijos: 0 = no, 1 = sí (predeterminado)
Obsoleto opciones:
-T CADENA
Directorio de compilación temporal (es posible que deba especificar si se queda sin espacio en su
directorio actual) Esto ya no es necesario, ya que gmap_build ahora compila
directamente en el destino (o -D) directorio.
Otras herramientas de la suite GMAP se encuentran en / usr / lib / gmap
Use gmap_build en línea usando los servicios de onworks.net
