Este es el comando gmod_fasta2gff3.plp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
$ O - Convierta FASTA en GFF3 simple
SINOPSIS
% $ O [opciones]
LÍNEA DE COMANDO CAMPUS
--fasta_dir El directorio contiene archivos fasta
(predeterminado: ./fasta)
--gfffilename Nombre del archivo GFF3 que se creará
(predeterminado: ./out.gff)
- tipo SO tipo para asignar a cada característica
(predeterminado: EST)
- texto de origen que aparecerá en la columna de origen
(defecto: .)
--attributes Etiqueta adicional = pares de valores que aparecerán en la columna 9
--nosequence Suprime la sección ## FASTA (es decir, no
imprimir secuencias de ADN)
DESCRIPCIÓN
Este script simplemente toma una colección de archivos fasta y los convierte a GFF3 simple
adecuado para cargar en el chado.
AUTORES
Scott Cain[email protected]>
Copyright (c) 2006
Esta biblioteca es software gratuito; puedes redistribuirlo y / o modificarlo bajo el mismo
términos como el propio Perl.
Use gmod_fasta2gff3.plp en línea usando los servicios de onworks.net