Este es el comando gmx-anaeig que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-anaeig - Analizar vectores propios / modos normales
SINOPSIS
anaeig gmx [-v [<.trr / .cpt / ...>]] [-v2 [<.trr / .cpt / ...>]]
[-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [-eig [<.xvg>]] [-eig2 [<.xvg>]]
[-comp [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-proyecto [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>]] [-3d [<.gro / .g96 / ...>]]
[-filtro [<.xtc / .trr / ...>]] [-extr [<.xtc / .trr / ...>]]
[-encima [<.xvg>]] [-inpr [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [tu ] [-[ahora] [-xvg ]
[-primero ] [-último ] [-saltar ] [-máx ]
[-nframes ] [- [no] dividir] [- [no] entropía]
[-temperatura ] [-nevskip ]
DESCRIPCIÓN
GMX Anaeig analiza los autovectores. Los vectores propios pueden ser de una matriz de covarianza (GMX
covar) o de un análisis de modos normales (GMX nmeig).
Cuando se proyecta una trayectoria en vectores propios, todas las estructuras se ajustan a la estructura
en el archivo de vector propio, si está presente, de lo contrario a la estructura en el archivo de estructura.
Cuando no se proporciona un archivo de entrada de ejecución, no se tendrá en cuenta la periodicidad. La mayoría
los análisis se realizan en autovectores -primero a -último, pero cuando -primero está configurado en -1 tú
se le pedirá una selección.
-comp: grafica los componentes vectoriales por átomo de vectores propios -primero a -último.
-rmsf: trazar la fluctuación RMS por átomo de autovectores -primero a -último (requiere -eig).
-proyecto: calcular proyecciones de una trayectoria en vectores propios -primero a -último.
Las proyecciones de una trayectoria en los vectores propios de su matriz de covarianza se denominan
componentes principales (pc). Suele ser útil comprobar el contenido de coseno de la PC,
dado que los pc de difusión aleatoria son cosenos con el número de períodos igual a la mitad
el índice de pc. El contenido de coseno de las PC se puede calcular con el programa GMX
analizar.
-2d: calcular una proyección 2d de una trayectoria en vectores propios -primero y -último.
-3d: calcula una proyección 3D de una trayectoria en los tres primeros vectores propios seleccionados.
-filtro: filtra la trayectoria para mostrar solo el movimiento a lo largo de los vectores propios -primero a -último.
-extr: calcular las dos proyecciones extremas a lo largo de una trayectoria en la estructura promedio
e interpolar -nframes marcos entre ellos, o establezca sus propios extremos con -máx.
vector propio -primero será escrito a menos que -primero y -último se han establecido explícitamente, en
cuyo caso todos los vectores propios se escribirán en archivos separados. Los identificadores de cadena serán
agregado al escribir un .pdb archivo con dos o tres estructuras (puede utilizar rasmol -nmrpdb a
ver tal .pdb de archivo).
superposición cálculos entre covarianza de clientes
Nota: el análisis debe utilizar la misma estructura de ajuste
-encima: calcula la superposición del subespacio de los autovectores en el archivo -v2 con vectores propios
-primero a -último en archivo -v.
-inpr: calcula una matriz de productos internos entre vectores propios en archivos -v y -v2. Todos
se utilizarán los vectores propios de ambos archivos a menos que -primero y -último se han establecido explícitamente.
¿Cuándo? -v, -eig, -v2 y -eig2 se dan, un solo número para la superposición entre los
Se generan matrices de covarianza. Las fórmulas son:
diferencia = sqrt (tr ((sqrt (M1) - sqrt (M2)) ^ 2))
superposición normalizada = 1 - diferencia / raíz cuadrada (tr (M1) + tr (M2))
superposición de forma = 1 - sqrt (tr ((sqrt (M1 / tr (M1)) - sqrt (M2 / tr (M2))) ^ 2))
donde M1 y M2 son las dos matrices de covarianza y tr es el rastro de una matriz. los
los números son proporcionales a la superposición de la raíz cuadrada de las fluctuaciones. los
la superposición normalizada es el número más útil, es 1 para matrices idénticas y 0 cuando
los subespacios muestreados son ortogonales.
Cuando el -entropía La bandera recibe una estimación de entropía que se calculará en función de la
Enfoque cuasi-armónico y basado en la fórmula de Schlitter.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng
-v2 [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec2.trr) (Opcional)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
-eig [<.xvg>] (valor propio.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-eig2 [<.xvg>] (eigenval2.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Opciones para especificar archivos de salida:
-comp [<.xvg>] (eigcomp.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-rmsf [<.xvg>] (eigrmsf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-proyecto [<.xvg>] (proy.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-2d [<.xvg>] (2dproj.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-3d [<.gro / .g96 / ...>] (3dproj.pdb) (Opcional)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp
-filtro [<.xtc / .trr / ...>] (filtrado.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-extr [<.xtc / .trr / ...>] (extremo.pdb) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-encima [<.xvg>] (superposición.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-inpr [<.xpm>] (inprod.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-primero (1)
Primer vector propio para el análisis (se selecciona -1)
-último (-1)
Último vector propio para el análisis (-1 es hasta el último)
-saltar (1)
Analice solo cada nr-ésimo fotograma
-máx (0)
Máximo para la proyección del vector propio en la estructura promedio, max = 0 da el
extremos
-nframes (2)
Número de fotogramas para la salida de extremos
- [no] dividir (no)
Proyecciones de vectores propios divididos donde el tiempo es cero
- [no] entropía (no)
Calcule la entropía de acuerdo con la fórmula cuasiarmónica o el método de Schlitter.
-temperatura (298.15)
Temperatura para cálculos de entropía
-nevskip (6)
Número de valores propios que se deben omitir al calcular la entropía debido al cuasi armónico
aproximación. Cuando realiza un ajuste rotacional y / o traslacional antes de la
análisis de covarianza, obtiene 3 o 6 valores propios que están muy cerca de cero, y
que no debe tenerse en cuenta al calcular la entropía.
Utilice gmx-anaeig en línea utilizando los servicios de onworks.net
