gmx_d - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx - suite de simulación de dinámica molecular

SINOPSIS

gmx [-[no h] [- [no] tranquilo] [- [no] versión] [- [no] derechos de autor] [-bonito ]
[-[sin respaldo]

DESCRIPCIÓN

GROMACS es un conjunto completo de programas para realizar simulaciones de dinámica molecular,
es decir, para simular el comportamiento de sistemas con cientos o millones de partículas usando
Ecuaciones de movimiento newtonianas. Se utiliza principalmente para la investigación de proteínas, lípidos y
polímeros, pero se puede aplicar a una amplia variedad de investigaciones químicas y biológicas
preguntas.

CAMPUS

Otras opciones

-[no h (no)
Imprimir ayuda y salir

- [no] tranquilo (no)
No imprima cotizaciones o información de inicio común

- [no] versión (no)
Imprima la información de la versión extendida y salga

- [no] derechos de autor (si)
Imprimir información de derechos de autor al inicio

-bonito (19)
Establecer el nivel agradable (el valor predeterminado depende del comando)

-[sin respaldo (si)
Escriba copias de seguridad si existen archivos de salida

GMX COMANDOS

Están disponibles los siguientes comandos. Consulte sus páginas de manual individuales o GMX
ayuda para más información.

trayectoria análisis
grupo-gmx(1)
Calcular ángulos

distancia gmx(1)
Calcular distancias entre pares de posiciones

volumen libre de gmx(1)
Calcular el volumen libre

parista gmx(1)
Calcular distancias por pares entre grupos de posiciones

gmx-rdf(1)
Calcular funciones de distribución radial

gmx-sasa(1)
Calcular el área de superficie accesible al solvente

gmx-seleccionar(1)
Imprimir información general sobre selecciones

Generación topologías y coordenadas
gmx-editconf(1)
Edite el cuadro y escriba subgrupos

gmx-x2top(1)
Genere una topología primitiva a partir de coordenadas

gmx-solvato(1)
Solvatar un sistema

moléculas-inserto-gmx(1)
Insertar moléculas en vacantes existentes

gmx-genconf(1)
Multiplica una conformación en orientaciones 'aleatorias'

gmx-genion(1)
Genera iones monoatómicos en posiciones energéticamente favorables.

gmx-genrestr(1)
Genere restricciones de posición o restricciones de distancia para grupos de índice

gmx-pdb2gmx(1)
Convierta archivos de coordenadas en topología y archivos de coordenadas compatibles con FF

Correr a simulación
gmx-grompp(1)
Hacer un archivo de entrada de ejecución

gmx-mdrun(1)
Realice una simulación, haga un análisis de modo normal o una minimización de energía

gmx-convertir-tpr(1)
Hacer un archivo de entrada de ejecución modificado

Viendo el trayectorias
gmx-nmtraj(1)
Genere una trayectoria oscilante virtual a partir de un vector propio

vista gmx(1)
Ver una trayectoria en una terminal X-Windows

Procesamiento energías
gmx-enemat(1)
Extraer una matriz energética de un archivo de energía

gmx-energía(1)
Escribe energías en archivos xvg y muestra promedios

gmx-mdrun(1)
(Re) calcular energías para tramas de trayectoria con -rerun

Conversión archivos
gmx-editconf(1)
Convierte y manipula archivos de estructura

gmx-eneconv(1)
Convertir archivos de energía

gmx-sigeps(1)
Convierta combinaciones de c6 / 12 o c6 / cn ay desde sigma / epsilon

gmx-trjcat(1)
Concatenar archivos de trayectoria

gmx-trjconv(1)
Convierte y manipula archivos de trayectoria

gmx-xpm2ps(1)
Convierta matrices XPM (XPixelMap) a postscript o XPM

Herramientas
gmx-analizar(1)
Analizar conjuntos de datos

gmx-dyndom(1)
Interpolar y extrapolar rotaciones de estructuras

filtro gmx(1)
Trayectorias de filtro de frecuencia, útiles para hacer películas fluidas

gmx-mentira(1)
Estimar la energía libre a partir de combinaciones lineales.

gmx-morfo(1)
Interpolar linealmente entre conformaciones

gmx-pme_error(1)
Estimar el error de usar PME con un archivo de entrada dado

gmx-farsa(1)
Calcular energías libres u otros histogramas a partir de histogramas.

gmx-espacial(1)
Calcular la función de distribución espacial

gmx-traj(1)
Graficar x, v, f, caja, temperatura y energía rotacional de las trayectorias

gmx-tune_pme(1)
Tiempo mdrun en función de los rangos de PME para optimizar la configuración

gmx-wham(1)
Realice un análisis de histograma ponderado después del muestreo general

gmx-comprobar(1)
Verificar y comparar archivos

volcado gmx(1)
Hacer que los archivos binarios sean legibles por humanos

gmx-make_ndx(1)
Hacer archivos de índice

gmx-mk_angndx(1)
Genere archivos de índice para 'gmx angle'

orden-gmx(1)
Ordenar moléculas según su distancia a un grupo.

gmx-xpm2ps(1)
Convierta matrices XPM (XPixelMap) a postscript o XPM

Distancias entre estructuras
grupo-gmx(1)
Estructuras de clúster

gmx-confrma(1)
Encaja dos estructuras y calcula el RMSD

gmx-rms(1)
Calcule RMSD con una estructura de referencia y matrices RMSD

gmx-rmsf(1)
Calcular fluctuaciones atómicas

Distancias in estructuras Más de equipo
mentalista-gmx(1)
Calcula la distancia mínima entre dos grupos

gmx-mdmat(1)
Calcular mapas de contacto de residuos

polistato gmx(1)
Calcular propiedades estáticas de polímeros

gmx-rmsdist(1)
Calcule las distancias de los pares de átomos promediadas con potencia -2, -3 o -6

Misa propiedades Más de equipo
gmx-giratorio(1)
Calcule el radio de giro

gmx-msd(1)
Calcula los desplazamientos cuadrados medios

polistato gmx(1)
Calcular propiedades estáticas de polímeros

gmx-rdf(1)
Calcular funciones de distribución radial

gmx-rotacf(1)
Calcular la función de correlación rotacional para moléculas.

gmx-rotmat(1)
Trazar la matriz de rotación para ajustarla a una estructura de referencia

gmx-sans(1)
Calcular espectros de dispersión de neutrones de ángulo pequeño

gmx-saxofones(1)
Calcular espectros de dispersión de rayos X de ángulo pequeño

gmx-traj(1)
Graficar x, v, f, caja, temperatura y energía rotacional de las trayectorias

gmx vanhove(1)
Calcular funciones de correlación y desplazamiento de Van Hove

Analizando garantizado interacciones
ángulo gmx(1)
Calcular distribuciones y correlaciones para ángulos y diedros.

gmx-mk_angndx(1)
Genere archivos de índice para 'gmx angle'

Estructural propiedades
gmx-anadock(1)
Estructuras de clúster de ejecuciones de Autodock

paquete-gmx(1)
Analizar paquetes de ejes, p. Ej., Hélices

tamaño-clust-gmx(1)
Calcular distribuciones de tamaño de grupos atómicos

gmx-disre(1)
Analizar las restricciones de distancia

gmx-hbond(1)
Calcular y analizar enlaces de hidrógeno

orden gmx(1)
Calcule el parámetro de orden por átomo para las colas de carbono

gmx-principal(1)
Calcular ejes principales de inercia para un grupo de átomos

gmx-rdf(1)
Calcular funciones de distribución radial

gmx-saltbr(1)
Calcular puentes de sal

gmx-sorient(1)
Analizar la orientación del solvente alrededor de los solutos

gmx-spol(1)
Analizar la orientación y la polarización del dipolo del disolvente alrededor de los solutos

Cinético propiedades
barra-gmx(1)
Calcule las estimaciones de la diferencia de energía libre a través del índice de aceptación de Bennett

corriente gmx(1)
Calcular las constantes dieléctricas y la función de autocorrelación actual

gmx-dos(1)
Analizar la densidad de estados y propiedades en base a eso

gmx-dycoupl(1)
Extraer la dinámica del tinte de las trayectorias

gmx-principal(1)
Calcular ejes principales de inercia para un grupo de átomos

gmx-tcaf(1)
Calcular viscosidades de líquidos

gmx-traj(1)
Graficar x, v, f, caja, temperatura y energía rotacional de las trayectorias

gmx vanhove(1)
Calcular funciones de correlación y desplazamiento de Van Hove

gmx-velacc(1)
Calcular funciones de autocorrelación de velocidad

Electrostático propiedades
corriente gmx(1)
Calcular las constantes dieléctricas y la función de autocorrelación actual

dieléctrico gmx(1)
Calcular constantes dieléctricas dependientes de la frecuencia

dipolos gmx(1)
Calcule el dipolo total más las fluctuaciones

potencial gmx(1)
Calcule el potencial electrostático en la caja.

gmx-spol(1)
Analizar la orientación y la polarización del dipolo del disolvente alrededor de los solutos

gmx-genion(1)
Genera iones monoatómicos en posiciones energéticamente favorables.

Específico de proteína análisis
gmx-do_dssp(1)
Asignar estructura secundaria y calcular el área de superficie accesible al solvente

gmx-chi(1)
Calcula todo lo que quieras saber sobre el chi y otros diedros.

hélice gmx(1)
Calcular las propiedades básicas de las hélices alfa

gmx-helixorient(1)
Calcule el paso / flexión / rotación / orientación local dentro de las hélices

gmx-rama(1)
Calcular gráficos de Ramachandran

rueda gmx(1)
Trazar ruedas helicoidales

Interfaces
paquete-gmx(1)
Analizar paquetes de ejes, p. Ej., Hélices

densidad gmx(1)
Calcule la densidad del sistema

mapa-dens-gmx(1)
Calcular mapas de densidad planos 2D o axiales-radiales

gmx-densorder(1)
Calcular las fluctuaciones de la superficie

orden gmx-h2(1)
Calcular la orientación de las moléculas de agua.

gmx-hydorder(1)
Calcular los parámetros de tetraédricaidad alrededor de un átomo dado

orden gmx(1)
Calcule el parámetro de orden por átomo para las colas de carbono

potencial gmx(1)
Calcule el potencial electrostático en la caja.

Covarianza análisis
gmx-anaeig(1)
Analizar los autovectores

gmx-covar(1)
Calcular y diagonalizar la matriz de covarianza

gmx-make_edi(1)
Genere archivos de entrada para muestreo de dinámica esencial

NORMAL los modos
gmx-anaeig(1)
Analizar los modos normales

gmx-nmeig(1)
Diagonalice el hessian para el análisis en modo normal

gmx-nmtraj(1)
Genere una trayectoria oscilante virtual a partir de un vector propio

gmx-nmens(1)
Genera un conjunto de estructuras a partir de los modos normales.

gmx-grompp(1)
Hacer un archivo de entrada de ejecución

gmx-mdrun(1)
Encuentre un mínimo de energía potencial y calcule el hessiano

DERECHOS DE AUTOR

2015, equipo de desarrollo de GROMACS

Use gmx_d en línea usando los servicios de onworks.net