Este es el comando gmx-densorder que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-densorder - Calcular las fluctuaciones de la superficie
SINOPSIS
densorder gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-O [<.out> [...]]] [-y [<.xpm> [...]]]
[-Especta [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [- [no] 1d] [-bw ]
[-bwn ] [-pedido ] [-eje ]
[-método ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tbloque ] [-nivel ]
DESCRIPCIÓN
GMX densor reduce una distribución de densidad de dos fases a lo largo de un eje, calculada sobre un MD
trayectoria, a superficies 2D que fluctúan en el tiempo, por un ajuste a un perfil funcional para
densidades interfaciales. Una representación espacial promediada en el tiempo de las interfaces se puede
salida con la opción -tavg.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.dat>] (Densidad4D.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
-O [<.out> [...]] (hola fuera) (Opcional)
Archivo de salida genérico
-y [<.xpm> [...]] (interfaz.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-Especta [<.out> [...]] (intfspect.fuera) (Opcional)
Archivo de salida genérico
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
- [no] 1d (no)
Geometría de interfaz pseudo-1d
-bw (0.2)
Binwidth de distribución de densidad tangencial a la interfaz
-bwn (0.05)
Binwidth de distribución de densidad normal a la interfaz
-pedido (0)
Orden del filtro gaussiano, el orden 0 equivale a NO filtrado
-eje (Z)
Dirección del eje: X, Y o Z
-método (bisecar)
Método de ubicación de la interfaz: bisecta, funcional
-d1 (0)
Densidad aparente fase 1 (en z pequeña)
-d2 (1000)
Densidad aparente fase 2 (en z grande)
-tbloque (100)
Número de fotogramas en un promedio de bloque de tiempo
-nivel (100)
Número de niveles de altura en 2D - XPixMaps
Use gmx-densorder en línea usando los servicios de onworks.net
