gmx-energy: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-energy: escribe energías en archivos xvg y muestra promedios

SINOPSIS

energía gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-viola [<.xvg>]] [-pares [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-orto [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-a menudo [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-tornillo [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[ahora] [-xvg ] [-[sin cargo]
[-fetemp ] [-cero ] [- [no] suma] [- [no] dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [- [no] mutot] [-saltar ]
[- [no] aver] [-nmol ] [- [no] fluct_props]
[- [no] driftcorr] [- [no] fluc] [- [no] orinst] [- [no] ovec]
[-acflen ] [- [no] normalizar] [-P ]
[-fitfn ] [-comenzar ] [-ajuste final ]

DESCRIPCIÓN

GMX energía extrae componentes de energía o datos de restricción de distancia de un archivo de energía. los
se solicita al usuario que seleccione interactivamente los términos de energía deseados.

El promedio, RMSD y la deriva se calculan con total precisión a partir de la simulación (ver
manual impreso). La deriva se calcula realizando un ajuste por mínimos cuadrados de los datos a un
línea recta. La deriva total informada es la diferencia del ajuste en la primera y última
punto. Se proporciona una estimación del error del promedio basado en promedios de un bloque de más de 5 bloques
utilizando los promedios de precisión total. La estimación del error se puede realizar en varios bloques.
longitudes con las opciones -nbmin y -nbmax. Note que en la mayoría de los casos los archivos de energía
contiene promedios sobre todos los pasos de MD, o sobre muchos más puntos que el número de fotogramas en
archivo de energía. Esto hace que el GMX energía salida de estadísticas más precisa que la .xvg
producción. Cuando los promedios exactos no están presentes en el archivo de energía, las estadísticas mencionadas
anteriores están simplemente por encima de los valores de energía individuales por cuadro.

El término fluctuación da el RMSD alrededor del ajuste de mínimos cuadrados.

Algunas propiedades dependientes de la fluctuación se pueden calcular siempre que se utilicen los términos energéticos correctos.
están seleccionados, y que la opción de línea de comando -fluct_props es dado. El seguimiento
se calcularán las propiedades:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│Propiedad │ Términos energéticos necesarios │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Capacidad térmica C_p (simulaciones NPT): │ Entalpía, temperatura │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Capacidad térmica C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Coef. De expansión térmica. (NPT): │ Entalpía, Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Compresibilidad isotérmica: │ Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Módulo volumétrico diabático: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

Siempre necesitas establecer el número de moléculas -nmol. Los cálculos C_p / C_v hacen no
incluir cualquier corrección de los efectos cuánticos. Utilizar el GMX de los programa si lo necesita (y
tú haces).

Cuando el -viola se establece la opción, se grafican las infracciones promediadas en el tiempo y se
Se vuelve a calcular la suma instantánea y promediada en el tiempo de las infracciones. Además corriendo
Las distancias instantáneas y promediadas en el tiempo entre pares seleccionados se pueden trazar con el
-pares .

Opciones -ora, -orto, -oda, -odr y -odt se utilizan para analizar los datos de restricción de orientación.
Las dos primeras opciones trazan la orientación, las tres últimas las desviaciones de la
orientaciones de los valores experimentales. Las opciones que terminan en una 'a' trazan el
promedio a lo largo del tiempo en función de la contención. Las opciones que terminan en una 't' solicitan la
usuario para los números de etiqueta de restricción y trazar los datos en función del tiempo. Opción -odr
traza la desviación RMS en función de la restricción. Cuando la carrera usó tiempo o conjunto
restricciones de orientación promediadas, opción -orinst se puede utilizar para analizar lo instantáneo,
no orientaciones y desviaciones promediadas por conjuntos en lugar del tiempo y conjunto
promedios.

Optión -a menudo traza los valores propios del tensor de orden molecular para cada orientación
experimento de moderación. Con opcion -ovec también se trazan los autovectores.

Optión -odh extrae y traza los datos de energía libre (diferencias Amiltoianas y / o la
Derivado hamiltoniano dhdl) del ener.edr archivo.

Con -tarifa se calcula una estimación de la diferencia de energía libre con un gas ideal
estado:

Delta A = A (N, V, T) - A_gases ideales (N, V, T) = kT ln ( )
Delta G = G (N, p, T) - G_idealgas (N, p, T) = kT ln ( )

donde k es la constante de Boltzmann, T se establece por -fetemp y la media está por encima del conjunto
(o tiempo en una trayectoria). Tenga en cuenta que esto, en principio, solo es correcto cuando se promedia
sobre todo el conjunto (Boltzmann) y utilizando la energía potencial. Esto también permite
una estimación de entropía usando:

Delta S (N, V, T) = S (N, V, T) - S_idealgas (N, V, T) = ( - Delta A) / T
Delta S (N, p, T) = S (N, p, T) - S_idealgas (N, p, T) = ( + pV - Delta G) / T

Cuando se especifica un segundo archivo de energía (-f2), se calcula una diferencia de energía libre:

dF = -kT ln ( _A) ,

donde E_A y E_B son las energías del primer y segundo archivo de energía, y el promedio
está sobre el conjunto A. El promedio móvil de la diferencia de energía libre se imprime en un
archivo especificado por -ravg. Note que las energías deben calcularse a partir de la misma
trayectoria.

CAMPUS

Opciones para especificar archivos de entrada:

-f [<.edr>] (ener.edr)
Archivo de energía

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Opcional)
Archivo de energía

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Opcional)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil

Opciones para especificar archivos de salida:

-o [<.xvg>] (energía.xvg)
archivo xvgr / xmgr

-viola [<.xvg>] (violaver.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-pares [<.xvg>] (pares.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-orto [<.xvg>] (orientar.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-a menudo [<.xvg>] (oriten.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tornillo [<.xvg>] (visco.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

Otras opciones

-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

-[sin cargo (no)
Haz una estimación de energía gratis

-fetemp (300)
Temperatura de referencia para el cálculo de energía libre

-cero (0)
Restar una energía de punto cero

- [no] suma (no)
Sume los términos de energía seleccionados en lugar de mostrarlos todos

- [no] dp (no)
Imprime energías con alta precisión

-nbmin (5)
Número mínimo de bloques para estimación de errores

-nbmax (5)
Número máximo de bloques para estimación de errores

- [no] mutot (no)
Calcule el momento dipolar total a partir de los componentes.

-saltar (0)
Omitir el número de fotogramas entre puntos de datos

- [no] aver (no)
También imprima el promedio exacto y rmsd almacenados en los marcos de energía (solo cuando 1 término
se solicita)

-nmol (1)
Número de moléculas en su muestra: las energías se dividen por este número

- [no] fluct_props (no)
Calcular propiedades basadas en fluctuaciones de energía, como la capacidad calorífica.

- [no] driftcorr (no)
Útil solo para cálculos de propiedades de fluctuación. La deriva en el
los observables se restarán antes de calcular las propiedades de fluctuación.

- [no] fluc (no)
Calcule la autocorrelación de las fluctuaciones de energía en lugar de la energía en sí

- [no] orinst (no)
Analizar datos de orientación instantáneos

- [no] ovec (no)
También grafique los autovectores con -a menudo

-acflen (-1)
Longitud del ACF, el valor predeterminado es la mitad del número de fotogramas.

- [no] normalizar (si)
Normalizar ACF

-P (0)
Orden del polinomio de Legendre para ACF (0 indica ninguno): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Ninguno)
Función de ajuste: ninguna, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-comenzar (0)
Momento donde comenzar el ajuste exponencial de la función de correlación

-ajuste final (-1)
Tiempo en el que finalizar el ajuste exponencial de la función de correlación, -1 es hasta que
final

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