Este es el comando gmx-lie que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-lie - Estima la energía libre a partir de combinaciones lineales
SINOPSIS
mentira gmx [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[ahora] [-xvg ] [-Elj ] [-Eqq ]
[-Clj ] [-Cqq ] [-ligando ]
DESCRIPCIÓN
GMX lie calcula una estimación de energía libre basada en un análisis de energía de
energías. Se necesita un archivo de energía con los siguientes componentes: Coul- (AB) LJ-SR (AB)
etc.
Para utilizar g_mentira correctamente, se requieren dos simulaciones: una con la molécula de
interés unido a su receptor y uno con la molécula en el agua. Ambos necesitan utilizar
energiagrps tales que Coul-SR (AB), LJ-SR (AB), etc., los términos se escriben en el .edr .
Los valores de la simulación de molécula en agua son necesarios para proporcionar valores adecuados
para -Elj y -Eqq.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.edr>] (ener.edr)
Archivo de energía
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (mentira.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-Elj (0)
Interacción de Lennard-Jones entre ligando y solvente
-Eqq (0)
Interacción de coulomb entre ligando y disolvente
-Clj (0.181)
Factorizar la ecuación LIE para el componente de energía de Lennard-Jones
-Cqq (0.5)
Factoriza la ecuación LIE para el componente de energía de Coulomb
-ligando (Ninguno)
Nombre del ligando en el archivo de energía
Use gmx-lie en línea usando los servicios de onworks.net
