Este es el comando gmx-rmsdist que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-rmsdist: calcula las distancias de pares de átomos promediadas con potencia -2, -3 o -6
SINOPSIS
distrms gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-equivalente [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-media [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-noé [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [-niveles ]
[-máx ] [- [no] sumh] [- [no] pbc]
DESCRIPCIÓN
GMX distrms calcula la desviación cuadrática media de las distancias de los átomos, que tiene la
ventaja de que no se necesita ningún ajuste como en la desviación RMS estándar calculada por GMX rms.
La estructura de referencia se toma del archivo de estructura. El RMSD en el momento t es
calculado como el valor eficaz de las diferencias de distancia entre pares de átomos en la referencia
estructura y la estructura en el tiempo t.
GMX distrms También puede producir matrices de las distancias rms, distancias rms escaladas con el
distancia media y las distancias medias y matrices con distancias medias de RMN (1 / r ^ 3 y
1 / r ^ 6 promediando). Finalmente, listas de pares de átomos con 1 / r ^ 3 y 1 / r ^ 6 distancia promedio
por debajo de la distancia máxima (-máx, que en este caso será 0.6 por defecto) se puede
generado, por defecto promediando sobre hidrógenos equivalentes (todos los tripletes de hidrógenos denominados
* [123]). Además, se puede proporcionar una lista de átomos equivalentes (-equivalente), cada línea
que contiene un conjunto de átomos equivalentes especificados como número de residuo y nombre y nombre del átomo;
p.ej:
MEDIA PENSIÓN* 3 SER HB1 3 SER HB2
Los nombres de residuos y átomos deben coincidir exactamente con los del archivo de estructura, incluido el caso.
La especificación de átomos no secuenciales no está definida.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
-equivalente [<.dat>] (fecha equivalente) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (distrmsd.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-rms [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-scl [<.xpm>] (escalarms.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-media [<.xpm>] (media rms.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-noé [<.dat>] (noe.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-niveles (40)
Discretice RMS en este número de niveles
-máx (-1)
Nivel máximo en matrices
- [no] sumh (si)
Distancia media sobre hidrógenos equivalentes
- [no] pbc (si)
Utilice condiciones de contorno periódicas al calcular distancias
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