Este es el comando gmx-rotacf que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-rotacf - Calcula la función de correlación rotacional para moléculas
SINOPSIS
rotacf gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[ahora] [-xvg ] [-[asentir] [- [no] aver]
[-acflen ] [- [no] normalizar] [-P ]
[-fitfn ] [-comenzar ] [-ajuste final ]
DESCRIPCIÓN
GMX rotacf calcula la función de correlación rotacional para moléculas. Trillizos de átomos
(i, j, k) se debe dar en el archivo de índice, definiendo dos vectores ij y jk. El rotacional
ACF se calcula como la función de autocorrelación del vector n = ij x jk, es decir, el
producto cruzado de los dos vectores. Dado que tres átomos abarcan un plano, el orden de los tres
los átomos no importan. Opcionalmente, invocando el -d interruptor, puede calcular el
función de correlación rotacional para moléculas lineales especificando pares de átomos (i, j) en el
archivo de índice.
EJEMPLOS
GMX rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n índice -o rotacf-x-P1 -fa Expfit-x-P1 -comenzar 2.5
-ajuste final 20.0
Esto calculará la función de correlación rotacional usando un Legendre de primer orden.
polinomio del ángulo de un vector definido por el archivo de índice. La función de correlación
se ajustará desde 2.5 ps hasta 20.0 ps a una exponencial de dos parámetros.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-[asentir (no)
Use dobletes de índice (vectores) para la función de correlación en lugar de tripletes (planos)
- [no] aver (si)
Promedio sobre moléculas
-acflen (-1)
Longitud del ACF, el valor predeterminado es la mitad del número de fotogramas.
- [no] normalizar (si)
Normalizar ACF
-P (0)
Orden del polinomio de Legendre para ACF (0 indica ninguno): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Ninguno)
Función de ajuste: ninguna, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-comenzar (0)
Momento donde comenzar el ajuste exponencial de la función de correlación
-ajuste final (-1)
Tiempo en el que finalizar el ajuste exponencial de la función de correlación, -1 es hasta que
final
Use gmx-rotacf en línea usando los servicios de onworks.net
